Integrated Publishing Toolkit(IPT)

free and open access to biodiversity data

Actualización de la Colección de Microorganismos de importancia acuática

Latest version published by Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad on Aug 20, 2018 Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad

La colección CAIM ya gozó de un proyecto de computarización por parte de la CONABIO (CC007). Durante este proyecto se computarizó la Colección, pero varias de las cepas (261) quedaron incompletas en su identificación. De las 1813 cepas (registros) faltan por identificar 210 (11.6 %) y otros 51 sólo están a nivel de género; además se han adquirido varios nuevos ejemplares. Para poder llevar a cabo la actualización de la base de datos (BIOTICA), uno de los objetivos que no se pudo satisfacer plenamente en la propuesta anterior, es necesario identificar esas cepas. Para cumplir con este objetivo, en la presenta propuesta se realizarán secuenciaciones de genes útiles ("housekeeping") para poder llegar a una identificación correcta de las cepas bacterianas faltantes. Debido a que éstos genes ya se encuentran secuenciados y disponibles en bases de datos públicas (GenBank), los resultados que se ajusten con una similitud muy elevada (superior al 97-98% para el caso del 16S rARN, por ejemplo), será el criterio para identificar la cepa como perteneciente a esa especie. En caso de que el índice de similitud sea menor, se catalogará como potencial nueva especie y sujeta a posterior análisis. Con estos datos, se actualizará la base de datos para reflejar estas nuevas determinaciones y adicionar las bacterias que se han adquirido recientemente.

Reino: 1 Filo: 4 Clase: 6 Orden: 13 Familia: 26 Género: 43 Especie: 183 Epitetoinfraespecifico: 7

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 1,877 records.

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Downloads

Download the latest version of this resource data as a Darwin Core Archive (DwC-A) or the resource metadata as EML or RTF:

Data as a DwC-A file download 1,877 records in Spanish (224 KB) - Update frequency: not planned
Metadata as an EML file download in Spanish (70 KB)
Metadata as an RTF file download in Spanish (22 KB)

Versions

The table below shows only published versions of the resource that are publicly accessible.

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: bc9f6237-f373-493a-a783-11b0c5eca844.  Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Biodiversity Information System of Mexico.

Keywords

Occurrence; Specimen; Bacterias

External data

The resource data is also available in other formats

SNIB-HA013-CSV.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/HA013/SNIB-HA013-CSV.zip UTF-8 CSV
SNIB-HA013-BD.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/HA013/SNIB-HA013-BD.zip UTF-8 MDB MicrosoftAccess2007

Contacts

Who created the resource:

Bruno Gómez Gil Rodríguez Sala
Responsable
Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo ACCoordinación de Acuicultura y Manejo Ambiental (Mazatlán, Sinaloa) 82010 Mazatlán Sinaloa MX Tel 01(669) 989 8700 xt 245 o 221

Who can answer questions about the resource:

Sonia Alejandra Careaga Olvera
Subcoordinadora en Información y Análisis
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 México Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Who filled in the metadata:

CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 MÉXICO Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Geographic Coverage

País: ALEMANIA País: ARGENTINA (BUENOS AIRES) País: AUSTRALIA (NO DISPONIBLE, QUEENSLAND, TASMANIA, VICTORIA) País: BANGLADESH (DHAKA BIBHAG) País: BELGICA (FLEMISH) País: BRASIL (NO DISPONIBLE, SANTA CATARINA, SAO PAULO) País: CANADA País: CHILE País: CHINA (SHANDONG, TAIWAN, ZHEJIANG) País: COLOMBIA País: COREA DEL SUR (CHUNG-NAM, GYEONGGI, JEJUDO) País: DINAMARCA País: ECUADOR (GUAYAS) País: EGIPTO (SOUTH SINAI) País: ENGLAND País: ESPAÑA (ANDALUCIA, CANARIAS, CATALUÑA, GALICIA, ILLES BALEARS, NAVARRA, VALENCIA, VALENCIANA) País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (CALIFORNIA, CONNECTICUT, FLORIDA, GEORGIA, HAWAII, MARYLAND, MASSACHUSETTS, NEW YORK, NO DISPONIBLE, NORTH CAROLINA, OHIO, OREGON, SOUTH CAROLINA, TEXAS, VIRGINIA, WASHINGTON) País: FRANCIA (AQUITAINE, BASSE-NORMANDIE, BRETAGNE, CORSICA, LIMOUSIN, LORRAINE, POITOU-CHARENTES) País: GRECIA País: GUATEMALA (SUROCCIDENTAL) País: GUERNSEY (VALE) País: HOLANDA (ZUID-HOLLAND) País: INDIA (TAMIL NADU) País: INDONESIA País: IRAN (FARS) País: ISRAEL (MERIDIONAL) País: ITALIA (CAMPANIA) País: JAPON (HOKKAIDO, IWATE, KAGOSHIMA, KANAGAWA, KOCHI, NAGASAKI, SIZUOKA, TOKYO) País: MEXICO (BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, COLIMA, HIDALGO, NAYARIT, SINALOA, SONORA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE) País: NEW CALEDONIA País: NORUEGA (HORDALAND) País: NUEVA ZELANDA (WELLINGTON) País: PAPUA NUEVA GUINEA País: PHILIPINES País: PORTUGAL País: REINO UNIDO (GREATER LONDON, WALES) País: SCOTLAND (HIGHLAND) País: TAILANDIA (BANGKOK) País: TANZANIA (ZANZIBAR) País: WALES

Bounding Coordinates South West [-41.475, -157.508], North East [60.088, 174.832]

Taxonomic Coverage

Reino: Prokaryotae Filo: Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes Clase: Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacilli, Mollicutes, Alphaproteobacteria, Flavobacteria Orden: Vibrionales, Enterobacteriales, Pseudomonadales, Alteromonadales, Actinomycetales, Lactobacillales, Bacillales, Aeromonadales, Oceanospirillales, Entomoplasmatales, Rhodobacterales, Flavobacteriales, Rhizobiales Familia: Vibrionaceae, Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae, Pseudoalteromonadaceae, Propionibacteriaceae, Shewanellaceae, Streptococcaceae, Moraxellaceae, Enterococcaceae, Bacillaceae, Aeromonadaceae, Staphylococcaceae, Planococcaceae, Caulobacteraceae, Alteromonadaceae, NO DISPONIBLE, Alcanivoracaceae, Not assigned, Spiroplasmataceae, Oceanospirillaceae, Rhodobacteraceae, Flavobacteriaceae, Micrococcaceae, Halomonadaceae, Brucellaceae, Microbacteriaceae

Kingdom  Prokaryotae
Phylum  Proteobacteria,  Actinobacteria,  Firmicutes,  Bacteroidetes
Class  Gammaproteobacteria,  Actinobacteria,  Bacilli,  Mollicutes,  Alphaproteobacteria,  Flavobacteria
Order  Vibrionales,  Enterobacteriales,  Pseudomonadales,  Alteromonadales,  Actinomycetales,  Lactobacillales,  Bacillales,  Aeromonadales,  Oceanospirillales,  Entomoplasmatales,  Rhodobacterales,  Flavobacteriales,  Rhizobiales
Family  Vibrionaceae,  Enterobacteriaceae,  Pseudomonadaceae,  Pseudoalteromonadaceae,  Propionibacteriaceae,  Shewanellaceae,  Streptococcaceae,  Moraxellaceae,  Enterococcaceae,  Bacillaceae,  Aeromonadaceae,  Staphylococcaceae,  Planococcaceae,  Caulobacteraceae,  Alteromonadaceae,  NO DISPONIBLE,  Alcanivoracaceae,  Not assigned,  Spiroplasmataceae,  Oceanospirillaceae,  Rhodobacteraceae,  Flavobacteriaceae,  Micrococcaceae,  Halomonadaceae,  Brucellaceae,  Microbacteriaceae
Genus  Vibrio,  Salinivibrio,  Pantoea,  Pseudomonas,  Pseudoalteromonas,  Edwardsiella,  Tessaracoccus,  Shewanella,  Salmonella,  Streptococcus,  Photobacterium,  Enterovibrio,  Psychrobacter,  Aliivibrio,  Enterobacter,  Escherichia,  Enterococcus,  Bacillus,  Acinetobacter,  Grimontia,  Aeromonas,  Staphylococcus,  Planomicrobium,  Brevundimonas,  Listonella,  Alteromonas,  NO DISPONIBLE,  Alcanivorax,  Agarivorans,  Oceanobacillus,  Spiroplasma,  Marinomonas,  Yersinia,  Marinobacterium,  Roseobacter,  Tenacibaculum,  Marinobacter,  Exiguobacterium,  Micrococcus,  Vagococcus,  Halomonas,  Ochrobactrum,  Microbacterium
Species  Vibrio orientalis,  Vibrio inusitatus,  Vibrio vulnificus,  Vibrio fortis,  Vibrio halioticoli,  Pantoea dispersa,  Pseudomonas anguilliseptica,  Vibrio parahaemolyticus,  Pseudoalteromonas piscicida,  Edwardsiella tarda,  Vibrio ichthyoenteri,  Vibrio ponticus,  Pseudomonas mosselii,  Shewanella loihica,  Vibrio hippocampi,  Pseudomonas otitidis,  Vibrio harveyi,  Vibrio rarus,  Pseudomonas aeruginosa,  Vibrio comitans,  Vibrio navarrensis,  Vibrio tubiashii,  Vibrio marinus,  Streptococcus iniae,  Vibrio agarivorans,  Photobacterium sanguinicancer,  Vibrio superstes,  Vibrio tapetis,  Enterovibrio nigricans,  Vibrio neonatus,  Psychrobacter marincola,  Vibrio tasmaniensis,  Photobacterium aquimaris,  Pseudomonas beteli,  Aliivibrio logei,  Enterobacter hormaechei,  Escherichia coli,  Vibrio natriegens,  Enterococcus gallinarum,  Photobacterium profundum,  Bacillus circulans,  Vibrio nigripulchritudo,  Vibrio owensii,  Vibrio pectenicida,  Vibrio aestuarianus,  Vibrio pacinii,  Vibrio brasiliensis,  Pseudomonas taiwanensis,  Photobacterium jeanii,  Vibrio porteresiae,  Vibrio splendidus,  Acinetobacter baumannii,  Vibrio ordalii,  Vibrio mimicus,  Grimontia hollisae,  Vibrio campbellii,  Vibrio furnissii,  Vibrio kanaloae,  Vibrio casei,  Aeromonas veronii,  Enterococcus hirae,  Enterovibrio coralii,  Vibrio mytili,  Shewanella baltica,  Photobacterium indicum,  Vibrio proteolyticus,  Enterovibrio calviensis,  Aliivibrio salmonicida,  Photobacterium rosenbergii,  Acinetobacter schindleri,  Vibrio alginolyticus,  Vibrio rhizosphaerae,  Vibrio gazogenes,  Photobacterium damselae,  Photobacterium swingsii,  Vibrio atlanticus,  Vibrio mediterranei,  Aeromonas jandaei,  Vibrio metschnikovii,  Photobacterium frigidiphilum,  Vibrio nereis,  Vibrio cholerae,  Staphylococcus sciuri,  Planomicrobium okeanokoites,  Pseudoalteromonas spongiae,  Vibrio coralliilyticus,  Vibrio hangzhouensis,  Brevundimonas terrae,  Listonella pelagia,  Pseudoalteromonas prydzensis,  Aeromonas hydrophila,  Shewanella xiamenensis,  Photobacterium aplysiae,  Listonella anguillarum,  Alcanivorax dieselolei,  Photobacterium ganghwense,  Vibrio gigantis,  Bacillus infantis,  Agarivorans albus,  Salinivibrio proteolyticus,  Oceanobacillus sojae,  Spiroplasma penaei,  Vibrio crassostreae,  Vibrio sinaloensis,  Vibrio rotiferianus,  Aliivibrio finisterrensis,  Photobacterium leiognathi,  Photobacterium iliopiscarium,  Vibrio chagasii,  Marinomonas communis,  Vibrio plantisponsor,  Photobacterium phosphoreum,  Vibrio jasicida,  Vibrio cincinnatiensis,  Yersinia enterocolitica,  Vibrio hispanicus,  Psychrobacter submarinus,  Bacillus safensis,  Vibrio xuii,  Vibrio pomeroyi,  Marinobacterium coralii,  Vibrio litoralis,  Shewanella haliotis,  Vibrio variabilis,  Tenacibaculum mesophilum,  Vibrio azureus,  Vibrio aerogenes,  Photobacterium gaetbulicola,  Vibrio neptunius,  Vibrio celticus,  Vibrio fluvialis,  Photobacterium kishitanii,  Oceanobacillus profundus,  Vibrio ezurae,  Aliivibrio fischeri,  Exiguobacterium mexicanum,  Bacillus tequilensis,  Vibrio gallicus,  Vibrio scophthalmi,  Vibrio rumoiensis,  Vibrio diazotrophicus,  Vibrio diabolicus,  Photobacterium halotolerans,  Micrococcus yunnanesis,  Staphylococcus gallinarum,  Enterobacter cloacae,  Vibrio breoganii,  Alteromonas macleodii,  Vibrio lentus,  Bacillus thioparans,  Vibrio alfacsensis,  Enterovibrio norvegicus,  Vagococcus lutrae,  Vibrio penaeicida,  Vibrio ruber,  Halomonas alimentaria,  Photobacterium lipolyticum,  Vibrio hepatarius,  Staphylococcus epidermidis,  Vibrio maja,  Vibrio artabrorum,  Staphylococcus xylosus,  Vibrio sagamiensis,  Aeromonas salmonicida,  Acinetobacter calcoaceticus,  Vibrio areninigrae,  Ochrobactrum lupini,  Vibrio communis,  Photobacterium angustum,  Vibrio gallaecicus,  Aeromonas punctata,  Bacillus cereus,  Exiguobacterium profundum,  Psychrobacter maritimus,  Bacillus aryabhattai,  Photobacterium aphoticum,  Vibrio mangrovi,  Photobacterium lutimaris,  Staphylococcus arlettae,  Staphylococcus saprophyticus,  Vibrio cyclitrophicus,  Microbacterium paraoxydans,  Marinomonas brasilensis
Infraspecificname  Salinivibrio costicola subsp. costicola,  Salmonella enterica subsp. enterica,  Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida,  Photobacterium damselae subsp. damselae,  Salinivibrio costicola subsp. alcaliphilus,  Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila,  Salinivibrio costicola subsp. vallismortis

Temporal Coverage

Start Date / End Date 1964-09-08 / 2011-02-17

Project Data

La colección CAIM ya gozó de un proyecto de computarización por parte de la CONABIO (CC007). Durante este proyecto se computarizó la Colección, pero varias de las cepas (261) quedaron incompletas en su identificación. De las 1813 cepas (registros) faltan por identificar 210 (11.6 %) y otros 51 sólo están a nivel de género; además se han adquirido varios nuevos ejemplares. Para poder llevar a cabo la actualización de la base de datos (BIOTICA), uno de los objetivos que no se pudo satisfacer plenamente en la propuesta anterior, es necesario identificar esas cepas. Para cumplir con este objetivo, en la presenta propuesta se realizarán secuenciaciones de genes útiles ("housekeeping") para poder llegar a una identificación correcta de las cepas bacterianas faltantes. Debido a que éstos genes ya se encuentran secuenciados y disponibles en bases de datos públicas (GenBank), los resultados que se ajusten con una similitud muy elevada (superior al 97-98% para el caso del 16S rARN, por ejemplo), será el criterio para identificar la cepa como perteneciente a esa especie. En caso de que el índice de similitud sea menor, se catalogará como potencial nueva especie y sujeta a posterior análisis. Con estos datos, se actualizará la base de datos para reflejar estas nuevas determinaciones y adicionar las bacterias que se han adquirido recientemente.

Title Actualización de la Colección de Microorganismos de importancia acuática
Identifier SNIB-HA013-HA0131301F_corregida-ND
Funding Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Study Area Description Bacterias bacterias (gram-negativas) bacterias (gram-positivas) endobacteria endobacteria; bacterias (gram-positivas) enterobacteria; bacterias (gram-negativas)

The personnel involved in the project:

Bruno Gómez Gil Rodríguez Sala

Collection Data

Collection Name Colección de Microorganismos de Importancia Acuática;CAIM;Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo A. C.;CIAD
Collection Identifier SNIB-HA013-HA0131301F_corregida-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Curatorial Units Between 1 and 1,687 Ejemplar

Additional Metadata

Alternative Identifiers bc9f6237-f373-493a-a783-11b0c5eca844
http://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-HA013