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Código de barras genético de especies de anfibios y reptiles de México

Latest version published by Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad on Aug 20, 2018 Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad

El desarrollo del presente proyecto sentará las bases para la creación de una base de datos de secuencias de ADN de referencia, asociadas a la información taxonómica de cada especie de anfibios y reptiles en México. Esta base de datos servirá en un futuro cercano como un sistema de identificación rápida de especies. De esta manera, se abrirá al fin una vía de comunicación ágil entre los generadores de información taxonómica y los usuarios de ésta (ecólogos, conservacionistas, ecoguardias, etc.), poniendo a su alcance información valiosa en la planeación de planes de manejo y conservación. El objetivo general del presente proyecto es caracterizar genéticamente a especies selectas de anfibios y reptiles en México, con secuencias del gen Citocromo Oxidasa I (COI) para generar una herramienta de identificación rápida de dichas especies. Se obtendrán las secuencias parciales del gen COI para 108 especies de anfibios y reptiles de México, amenazadas y/o con problemas taxonómicos. En los casos necesarios se obtendrán las secuencias de otras regiones de ADN para lograr la diferenciación de las especies. Las secuencias se analizarán con metodologías de agrupación filogenética como parsimonia o análisis bayesianos. La información taxonómica, geográfica, la secuencia de COI, la fotografía de los ejemplares, y otras secuencias si es el caso se incorporarán al sistema BOLD (www.boldsystem.org).

Reino: 1 Filo: 1 Clase: 2 Orden: 3 Familia: 15 Género: 36 Especie: 104 Epitetoinfraespecifico: 4

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Keywords

Occurrence; Specimen; Anfibios; Reptiles

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Virginia León Régagnon
Responsable
Universidad Nacional Autónoma de MéxicoInstituto de BiologíaEstación Chamela 48980 San Patricio Melaque Jalisco MX 01 312 3161000 ext. 49003 01 315 35 10200 56229167

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Sonia Alejandra Careaga Olvera
Subcoordinadora en Información y Análisis
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 México Tlalpan MX 50045000
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CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 MÉXICO Tlalpan MX 50045000
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Geographic Coverage

País: COSTA RICA (HEREDIA, SAN JOSE) País: GUATEMALA (ALTA VERAPAZ, HUEHUETENANGO, JALAPA, QUEZALTENANGO, QUICHE, SAN MARCOS) País: HONDURAS (ATLANTIDA, CORTES, FRANCISCO MORAZAN, OCOTEPEQUE) País: MEXICO (CAMPECHE, CHIAPAS, CHIHUAHUA, COLIMA, DISTRITO FEDERAL, DURANGO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MICHOACAN DE OCAMPO, MORELOS, NAYARIT, OAXACA, PUEBLA, QUERETARO, QUINTANA ROO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TABASCO, TAMAULIPAS, TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, YUCATAN, ZACATECAS) País: NICARAGUA (JINOTEGA)

Bounding Coordinates South West [9.567, -110.742], North East [29.928, -83.717]

Taxonomic Coverage

Reino: Animalia Filo: Chordata Clase: Reptilia, Amphibia Orden: Squamata, Testudines, Anura Familia: Colubridae, Kinosternidae, Anguidae, Phrynosomatidae, Ranidae, Hylidae, Bufonidae, Dipsadidae, Iguanidae, Leptotyphlopidae, Craugastoridae, Phyllomedusidae, Natricidae, Leptodactylidae, Microhylidae

Kingdom  Animalia
Phylum  Chordata
Class  Reptilia,  Amphibia
Order  Squamata,  Testudines,  Anura
Family  Colubridae,  Kinosternidae,  Anguidae,  Phrynosomatidae,  Ranidae,  Hylidae,  Bufonidae,  Dipsadidae,  Iguanidae,  Leptotyphlopidae,  Craugastoridae,  Phyllomedusidae,  Natricidae,  Leptodactylidae,  Microhylidae
Genus  Ficimia,  Kinosternon,  Mesaspis,  Sceloporus,  Lithobates,  Dendropsophus,  Incilius,  Abronia,  Geophis,  Imantodes,  Hyla,  Gerrhonotus,  Ctenosaura,  Leptotyphlops,  Tlalocohyla,  Plectrohyla,  Craugastor,  Pseudelaphe,  Diaglena,  Pituophis,  Conophis,  Leptodeira,  Agalychnis,  Bufo,  Thamnophis,  Leptodactylus,  Exerodonta,  Leptophis,  Anaxyrus,  Smilisca,  Lampropeltis,  Gastrophryne,  Hypopachus,  Charadrahyla,  Ecnomiohyla,  Rhinella
Species  Ficimia publia (blotched hooknose snake, culebra naricilla manchada),  Kinosternon leucostomum (abaniquillo de Hidalgo, casquito de labios blancos, pochitoque septentrional, tortuga pecho quebrado labios blancos, white lipped mud turtle),  Sceloporus subpictus (lagartija escamosa pintada, lagartija espinosa de panza pinta, paintbelly spiny lizard),  Lithobates brownorum (Brown's leopard frog, rana de Brown, rana leopardo de Brown, x-túuts´),  Lithobates psilonota (rana espalda lisa, smooth-backed frog),  Dendropsophus sartori (rana de árbol, rana de árbol de Taylor, ranita amarilla de Taylor, ranita rayada, Taylor's yellow treefrog),  Incilius valliceps (Gulf Coast Toad, múuch, sapo, sapo común, sapo costero, sapo del golfo),  Abronia taeniata (bromeliad arboreal alligator lizard, escorpión arborícola de bandas, lagarto alicante de bromelia),  Abronia oaxacae (escorpión arborícola de Oaxaca, lagarto alicante oaxaqueño, oaxacan arboreal alligator lizard),  Geophis sallaei (culebra minadora de Salle, minadora de Sallé, Salle's earth snake),  Kinosternon hirtipes (casquito de pata rugosa, Mexican rough footed mud turtle, tortuga pecho quebrado pata rugosa),  Imantodes cenchoa (blunthead tree snake, cordelilla manchada, culebra cordelilla chata),  Hyla eximia (mountain treefrog, rana de árbol de montaña, rana verde manchada, ranita de montaña),  Gerrhonotus liocephalus (escorpión, lagartija lagarto sureña, lagarto culebra, lagarto escorpión texano),  Lithobates berlandieri (otác, rana leopardo, rana leopardo del río Bravo, Río Grande Leopard frog, ziix hax ano quiij),  Ctenosaura pectinata (iguana de roca, iguana espinosa Mexicana, iguana mexicana de cola espinosa, iguana negra, Mexican spiny tail iguana, western spiny-tailed iguana),  Mesaspis viridiflava (dwarf alligator lizard, lagarto escorpión enano),  Abronia campbelli,  Abronia graminea (escorpión arborícola de Tehuacán, lagarto alicante terrestre, terrestrial arboreal alligator lizard),  Leptotyphlops goudotii (agujilla),  Sceloporus internasalis (lagartija escamosa, lagartija escamosa verde, lagartija espinosa verde),  Mesaspis moreletii (escorpión de Morelet, lagarto escorpión, lagarto escorpión de Morelet, lagarto escorpión sureño),  Lithobates vaillanti (rana, rana de Vaillant, rana verde, Vaillant's frog),  Sceloporus grammicus (chintete de mezquite, lagartija, lagartija escamosa de mezquite, lagartija espinosa del mezquital, mezquite lizard),  Lithobates magnaocularis (Northwest Mexico leopard frog, otác, rana del noroeste mexicano, rana leopardo del noreste, rana leopardo del noreste de México, ziix hax ano quiij),  Lithobates omiltemanus (Guerreran leopard frog, rana guerrerense, rana leopardo de Guerrero, rana leopardo de Omilteme),  Geophis petersii (culebra minera de Peters, minadora de Peters, Peter's earth snake),  Tlalocohyla smithii (rana de árbol mexicana enana, ranita enana mexicana),  Incilius nebulifer (coastal-plain toad, Gulf Coast Toad, sapo nebuloso),  Plectrohyla cyclada (ranita de borde bronceado),  Craugastor rugulosus (Central American rain frog, rana de tierra, rana ladrona centroamericana, rugulose rainfrog),  Lithobates montezumae (rana de Moctezuma, rana leopardo de Moctezuma),  Pseudelaphe flavirufa,  Diaglena spatulata (rana de árbol cabeza de pala, rana pico de pato, rana pico de pato del pacífico, ranita de cabeza espatulada, shovel-headed treefrog),  Craugastor pygmaeus (pigmy free-fingered frog, pigmy robber frog, rana ladradora pigmea, rana ladrona pigmea, rana pigmea de dedos libres, rana pygmea ladradora),  Pituophis melanoleucus,  Lithobates zweifeli (rana de Zweifel, Zweifel's frog),  Mesaspis monticola,  Conophis vittatus (culebra guardacaminos rayada, culebra listada, culebra mexicana de dos líneas),  Leptodeira septentrionalis (culebra ojo de gato norteña, culebra ojo de gato norteña; manchada, escombrera manchada),  Agalychnis dacnicolor (Mexican leaf frog, otác, rana cara de niño, rana verde, ranita verduzca, ziix hax ano quiij),  Geophis mutitorques (culebra minera de tierras altas, highland earth snake, minadora de tierras altas),  Lithobates forreri (Forrer's leopard frog, otác, rana, rana de Forrer, rana del zacate, rana leopardo de Forrer, rana leopardo del zacate, ziix hax ano quiij),  Thamnophis melanogaster (culebra de agua, culebra de agua de panza negra, culebra de agua de panza negra mexicana, culebra negra en Aguascalientes, Mexican blackbelly water snake, Mexican blackbelly watersnake, víbora de agua),  Abronia frosti,  Sceloporus formosus (chintete esmeralda, lagartija escamosa esmeralda norteña, lagartija espinosa esmeralda norteña, northern emerald spiny lizard),  Leptodactylus melanonotus (rana del sabinal, rana nidificadora de sabinal, ranita de pastizal, ranita espumera de dedos marginados, ranita hojarasca),  Leptodeira annulata (culebra escombrera, culebra ojo de gato bandada, escombrera, serpiente escombrera),  Craugastor tarahumaraensis (otác, rana ladradora tarahumara, rana ladrona amarilla, tarahumara barking frog, ziix hax ano quiij),  Exerodonta sumichrasti (rana de árbol, rana de árbol de Sumichrast, ranita de Sumichrast),  Abronia mixteca (escorpión arborícola mixteco, lagarto alicante mixteco, mixtecan Arboreal alligator lizard),  Geophis bicolor (culebra minera del Altiplano, Mexican plateau earth snake, minadora de la meseta mexicana),  Thamnophis mysocephalus,  Mesaspis antauges (lagartija lagarto del Pico de Orizaba, lagarto escorpión de Monte Orizaba, mount Orizaba alligator lizard),  Leptophis mexicanus (culebra perico mexicana, Mexican parrot snake, ranera mexicana),  Lithobates spectabilis (rana manchada, rana vistosa, showy leopard frog),  Craugastor hobartsmithi (rana ladradora de Smith, rana ladradora pigmea, rana ladrona pigmeo de Smith, Smith's pigmy tropical frog, Smith's pigmy robber frog),  Abronia deppii (deppe's arboreal alligator lizard, escorpión arborícola, escorpión arborícola de Deppe, lagarto alicante),  Lithobates neovolcanicus (rana leopardo neovolcánica, rana neovolcánica),  Imantodes gemmistratus (Central American tree snake, cordelilla de la escamuda, culebra, culebra cordelilla centroamericana),  Mesaspis gadovii,  Thamnophis proximus (culebra acuática, culebra listonada occidental, culebra palustre),  Geophis laticinctus (culebra, culebra minera de la Mesa Central, minadora de la meseta central),  Hyla euphorbiacea (rana de árbol de Los Altos del Sur, ranita de alta montaña, Southern highland treefrog),  Mesaspis juarezi (lagarto escorpión de Sierra de Juárez, sierra Juarez alligator lizard),  Anaxyrus kelloggi (little Mexican toad, sapito, sapito mexicano, sapo mexicano, sapo pequeño mexicano),  Thamnophis godmani (culebra listonada, culebra listonada de Godman, culebra rayada, Godman´s garter snake, godman's garder snake, víbora de agua, víbora rayada),  Abronia lythrochila (escorpión arborícola de labios rojos, lagarto alicante labios rojos, red lipped arboreal alligator lizard),  Geophis dubius (culebra minera de la Mesa del Sur, mesa del Sur earth snake, minadora de la meseta del sur),  Incilius marmoreus (sapo jaspeado, sapo marmoleado),  Hyla arenicolor (rana de árbol color arena, ranita de cañon, ranita de las rocas),  Incilius tutelarius (Chimalapas toad, sapo de Chimalapas),  Smilisca baudinii (common Mexican treefrog, Mexican smilisca, Mexican treefrogs, otác, quech, rana arbórea de Baudin, rana arborícola mexicana, rana de árbol mexicana, rana de árbol mexicana común, rana trepadora, tooter, x-túuts´, ziix hax ano quiij),  Leptotyphlops tenuis,  Sceloporus mucronatus (chintete, chintete de grieta meridonial, lagartija escamosa de grieta sureña, southern crevise spiny lizard),  Craugastor mexicanus (rana ladradora mexicana, rana ladrona mexicana, ranita de hojarasca),  Kinosternon integrum (casquito de burro, tortuga, tortuga de agua, tortuga de río, tortuga pecho quebrado mexicana),  Ctenosaura similis (black iguana, iguana espinosa rayada, iguana negra, iguana negra de cola espinosa),  Sceloporus horridus (chintete escamoso, lagartija, lagartija escamosa tarasca, lagartija espinosa del pacífico, torosco),  Geophis semidoliatus (coral earth snake, coralillo falso, culebra minadora coralillo, minadora coralilla),  Leptodeira splendida (culebra ojo de gato espléndida, escombrera ojo de gato),  Craugastor rhodopis (rana de hojarasca, rana de selva, rana hojarasquera común, rana ladradora polimorfa, rana ladrona polimorfa),  Leptodeira maculata (culebra ojo de gato del suroeste, escombreara del suroeste mexicano, southwestern cat-eyed snake),  Sceloporus siniferus (lagartija escamosa cola larga, lagartija escamoso castaño, lagartija espinosa de cola larga, longtail spiny lizard),  Incilius mazatlanensis (sapito de Mazatlán, sapito pinto de Mazatlán, sapo pinto, sapo sinaloense),  Lithobates sierramadrensis (rana de la Sierra Madre Occidental, rana Sierra Madre),  Lampropeltis triangulum (culebra real coralillo, milk snake),  Pituophis deppei (alicante, cincuate, cincuate mexicana, culebra casera, culebra sorda mexicana, ratonera),  Gastrophryne olivacea (great plains narrowmouth toad, otác, rana pajarito, ranita olivo, sapo boca angosta oliváceo, Western narrow-mouthed toad, ziix hax ano quiij),  Dendropsophus microcephalus (quech, rana arborícola grillo amarilla, rana de árbol amarilla, rana grillo, ranita amarilla, ranita arborícola, small-headed treefrog, x-túuts´, yellow treefrog),  Thamnophis eques (culebra de agua, culebra de agua nómado mexicano, culebra listonada del sur Mexicano, víbora rayada),  Sceloporus variabilis (lagartija escamosa panza rosada, lagartija espinosa panza rosada),  Hypopachus variolosus (chacmuch, múuch, otác, rana manglera, rana oveja común, rana ovejera, rana termitera, sheep frog, termitero balador, ziix hax ano quiij),  Charadrahyla taeniopus (calate jarocho, porthole treefrog, rana de árbol jarocha),  Exerodonta smaragdina (rana de árbol esmeralda, ranita de pastizal, ranita esmeralda),  Craugastor rupinius (cliffy stream frog, rana de arroyo escarpado),  Ecnomiohyla miotympanum (calate, calate arborícola, rana de árbol orejas chicas, small-eared treefrog),  Abronia fimbriata,  Sceloporus jalapae (chintete, Jalapa spiny lizard, lagartija escamosa jalapeña, lagartija espinosa de Jalapa, lagartija espinosa del Valle de Tehuacán),  Abronia martindelcampoi (escorpión arborícola, escorpión arborícola de Martin del Campo),  Incilius perplexus (sapo confuso, sapo de la cuenca del rio Tepalcatepec, sapo perplejo),  Thamnophis chrysocephalus (culebra de agua nómada cabeza dorada, culebra listonada cabeza dorada, golden-headed garder snake),  Leptophis diplotropis (culebra perico gargantilla, culebra verde, güirotillera, Pacific Coast parrot snake, ranera del litoral del Pacífico, ranera verde),  Rhinella marina (bezmuch, cane toad, giant toad, marine toad, múuch, sapo común, sapo gigante, sapo grande, sapo lechero, sapo verrugoso, totmuch)
Infraspecificname  Mesaspis moreleti subsp. fulvus,  Mesaspis moreleti subsp. salvadorensis,  Mesaspis moreletii subsp. temporalis,  Mesaspis moreletii subsp. moreletii

Temporal Coverage

Start Date / End Date 1976-01-30 / 2010-02-02

Project Data

El desarrollo del presente proyecto sentará las bases para la creación de una base de datos de secuencias de ADN de referencia, asociadas a la información taxonómica de cada especie de anfibios y reptiles en México. Esta base de datos servirá en un futuro cercano como un sistema de identificación rápida de especies. De esta manera, se abrirá al fin una vía de comunicación ágil entre los generadores de información taxonómica y los usuarios de ésta (ecólogos, conservacionistas, ecoguardias, etc.), poniendo a su alcance información valiosa en la planeación de planes de manejo y conservación. El objetivo general del presente proyecto es caracterizar genéticamente a especies selectas de anfibios y reptiles en México, con secuencias del gen Citocromo Oxidasa I (COI) para generar una herramienta de identificación rápida de dichas especies. Se obtendrán las secuencias parciales del gen COI para 108 especies de anfibios y reptiles de México, amenazadas y/o con problemas taxonómicos. En los casos necesarios se obtendrán las secuencias de otras regiones de ADN para lograr la diferenciación de las especies. Las secuencias se analizarán con metodologías de agrupación filogenética como parsimonia o análisis bayesianos. La información taxonómica, geográfica, la secuencia de COI, la fotografía de los ejemplares, y otras secuencias si es el caso se incorporarán al sistema BOLD (www.boldsystem.org).

Title Código de barras genético de especies de anfibios y reptiles de México
Identifier SNIB-HE010-HE0101412F-ND
Funding Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Study Area Description Anfibios Reptiles culebras acuáticas; semiacuáticas; pardas culebras; serpientes iguanas; garrobos lagartijas espinosas lagartijas lagarto; alicantes ranas arborícolas ranas de hojarasca ranas espumeras ranas manchadas sapos bufos sapos termiteros; ranas ovejas serpientes; agujillas tortugas terrestres

The personnel involved in the project:

Virginia León Régagnon

Collection Data

Collection Name Colección Nacional de Anfibios y Reptiles;CNAR;Instituto de Biología, Universidad Nacional Autónoma de México;IBUNAM
Collection Identifier SNIB-HE010-HE0101412F-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Colección Herpetológica;MZFC;Museo de Zoología Alfonso L. Herrera, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México;FC-UNAM
Collection Identifier SNIB-HE010-HE0101412F-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Herpetological Collection;MVZ;Museum of Vertebrate Zoology, University of California, Berkeley;MVZ-UCB
Collection Identifier SNIB-HE010-HE0101412F-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Colección Herpetológica;EBUAP;Escuela de Biología, Benemérita Universidad Autónoma de Puebla;EB-BUAP
Collection Identifier SNIB-HE010-HE0101412F-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Collection of Herpetology;UTA;University of Texas, Arlington;UTA
Collection Identifier SNIB-HE010-HE0101412F-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Curatorial Units Between 1 and 528 Ejemplar

Additional Metadata

Alternative Identifiers cf6ee0a4-cde8-4983-882c-a6e4d2f7de7e
http://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-HE010