Integrated Publishing Toolkit(IPT)

free and open access to biodiversity data

Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular

Latest version published by Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad on Aug 20, 2018 Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad

La diversidad microbiana es un recurso poco estudiado en México. En zonas como Sinaloa en donde la agricultura es un importante motor socioeconómico, la mayor parte de la superficie es empleada para cultivos agrícolas. Este es el caso del municipio de Guasave, en donde la zona de preservación ecológica de centro de población La Uva constituye el único relicto de vegetación original preservada. Es de vital importancia iniciar esfuerzos a nivel local y nacional para conocer y conservar la diversidad microbiana presente en los suelos de esta región y del país en general. Una de las dificultades en el estudio de la diversidad microbiana es que se calcula que sólo se pueden cultivar en el laboratorio del 1 al 5% de la diversidad total de microorganismos. Por lo tanto, la utilización de técnicas moleculares de identificación en las que no se involucre el aislamiento de microorganismos resulta una estrategia que permite describir de manera más real la diversidad de los microorganismos presentes en un ecosistema tan diverso como lo es el suelo. En nuestro grupo iniciamos un primer esfuerzo a partir del 2006 a través de la generación de un banco de germoplasma vivo de microorganismos de suelo asociados a la rizosfera de plantas de tomate en un campo agrícola de la región, el cual consiste de cerca de 750 aislados de microorganismos preservados en ultracongelación a -70°C. Del mismo modo se generó información de la diversidad microbiana total a través del aislamiento de ADN genómico de suelo, y la posterior generación y secuenciación de bibliotecas de ADNr. Mediante esta estrategia se identificaron 500 fragmentos de ADN de origen procariote y 500 de origen eucariote. En el presente proyecto primeramente se propone concluir la identificación de los microorganismos existentes en el banco de tomate para posteriormente utilizar la misma estrategia de generación de un banco de microorganismos vivos y un banco de DNA de suelo a partir de muestras de rizosfera de Datura stramonium, la cual es una planta solanácea silvestre común en la zona de reserva. Posteriormente esta información será utilizada para realizar estudios comparativos entre tipo de organismos presentes en la rizosfera de solanáceas en zonas de cultivo, tal como el tomate, y solanáceas en zonas preservadas. El objetivo del trabajo en la zona de reserva incluirá el análisis de la diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera de D. stramonium a través de la secuenciación masiva de 1,000 fragmentos de ADN ribosomal de una biblioteca generada a partir de ADN genómico de suelo y la generación de un banco de germoplasma vivo de 750 especimenes criopreservados a -70°C. Finalmente se propone elaborar una base de datos compatible con el sistema Biótica con los datos recabados para cada espécimen del banco, el cual incluirá los datos de colecta, georeferencias, características físicas y químicas de los suelos, fotografías que muestren la morfología colonial y microscópica de cada aislado, los datos del procedimiento de identificación molecular y análisis de secuencias. Además se pondrán a disposición los datos de las listas de las especies identificadas en los dos bancos de germoplasma vivos y en los bancos generados a partir de los datos de secuenciación masiva de ADN ribosomal tanto de los suelos de la zona de cultivo como los de la zona de reserva.

Reino: 5 Filo: 19 Clase: 33 Orden: 60 Familia: 93 Género: 147 Especie: 185 Epitetoinfraespecifico: 1

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 2,284 records.

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Downloads

Download the latest version of this resource data as a Darwin Core Archive (DwC-A) or the resource metadata as EML or RTF:

Data as a DwC-A file download 2,284 records in Spanish (195 KB) - Update frequency: not planned
Metadata as an EML file download in Spanish (127 KB)
Metadata as an RTF file download in Spanish (34 KB)

Versions

The table below shows only published versions of the resource that are publicly accessible.

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: bbedc129-ddc2-4651-b64d-f9d7666e4b74.  Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Biodiversity Information System of Mexico.

Keywords

Occurrence; Specimen; Bacterias; Hongos; Invertebrados; Plantas; Protoctistas

External data

The resource data is also available in other formats

SNIB-IE001-CSV.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/IE001/SNIB-IE001-CSV.zip UTF-8 CSV
SNIB-IE001-BD.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/IE001/SNIB-IE001-BD.zip UTF-8 MDB MicrosoftAccess2007

Contacts

Who created the resource:

Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza
Responsable
Instituto Politécnico NacionalCentro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional-Sinaloa 81101 Guasave Sinaloa MX (687) 87 29626 y 29625

Who can answer questions about the resource:

Sonia Alejandra Careaga Olvera
Subcoordinadora en Información y Análisis
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 México Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Who filled in the metadata:

CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 MÉXICO Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Geographic Coverage

País: MEXICO (SINALOA)

Bounding Coordinates South West [25.495, -108.503], North East [25.525, -108.453]

Taxonomic Coverage

Reino: Fungi, Prokaryotae, Protoctista, Plantae, Animalia Filo: Ascomycota, Actinobacteria, Ciliophora, Firmicutes, Zygomycota, Basidiomycota, Chlorophyta, Proteobacteria, Chytridiomycota, Tracheophyta, Planctomycetes, Bacteroidetes, Acidobacteria, Cyanobacteria, Nematoda, Glomeromycota, Nemata, Gemmatimonadetes, Chloroflexi Clase: Dothideomycetes, Actinobacteria, Hypotrichea, Bacilli, Sordariomycetes, Incertae sedis, Tremellomycetes, Chlorophyceae, Eurotiomycetes, Mollicutes, Gammaproteobacteria, Chytridiomycetes, Alphaproteobacteria, Equisetopsida, Planctomycetacia, Microbotryomycetes, Sphingobacteria, Trebouxiophyceae, Agaricomycetes, Cyanophyceae, Betaproteobacteria, Secernentea, Deltaproteobacteria, Glomeromycetes, Zygomycetes, Gemmatimonadetes, Chloroflexi, Flavobacteria, Oligohymenophorea, Acidobacteria, Oligotrichea, Pezizomycetes, Bacteroidetes Orden: Actinomycetales, Oxytrichida, Bacillales, Hypocreales, Rubrobacterales, Mucorales, Tremellales, Chlamydomonadales, Eurotiales, Acholeplasmatales, Pseudomonadales, Incertae sedis, Onygenales, Sphingomonadales, Pleosporales, Solanales, Sordariales, Planctomycetales, Sporidiobolales, Poales, Sphingobacteriales, Prasiolales, Agaricales, Oscillatoriales, Xanthomonadales, Rhizobiales, Enterobacteriales, Burkholderiales, Rhabditida, Pseudanabaenales, Oedogoniales, Capnodiales, Myxococcales, Glomerales, Sphaeropleales, Rhodobacterales, Lactobacillales, Entomophthorales, Geastrales, Gemmatimonadales, Sapindales, Russulales, Flavobacteriales, Peniculida, Stichotrichida, Thelephorales, Acidobacteriales, Tylenchida, Cantharellales, Nostocales, Chroococcales, Vibrionales, Halteriida, Spizellomycetales, Pezizales, Caryophyllales, Bacteroidales, Caulobacterales, Leucosporidiales, Rhodospirillales Familia: NO DISPONIBLE, Streptomycetaceae, Oxytrichidae, Bacillaceae, Nectriaceae, Patulibacteraceae, Mucoraceae, Tremellaceae, Dunaliellaceae, Trichocomaceae, Acholeplasmataceae, Pseudomonadaceae, Mycobacteriaceae, Paenibacillaceae, Umbelopsidaceae, Olpidiaceae, Moraxellaceae, Onygenaceae, Sphingomonadaceae, Leptosphaeriaceae, Solanaceae, Geodermatophilaceae, Pleosporaceae, Chaetomiaceae, Incertae sedis, Poaceae, Sphingobacteriaceae, Koliellaceae, Pleurotaceae, Microbacteriaceae, Oscillatoriaceae, Xanthomonadaceae, Brucellaceae, Enterobacteriaceae, Psathyrellaceae, Burkholderiaceae, Cephalobidae, Pseudanabaenaceae, Oedogoniaceae, Lophiostomataceae, Montagnulaceae, Davidiellaceae, Rhizobiaceae, Testudinaceae, Cystobacteraceae, Flexibacteraceae, Glomeraceae, Scenedesmaceae, Rhodobacteraceae, Marasmiaceae, Phormidiaceae, Enterococcaceae, Carnobacteriaceae, Agaricaceae, Sporormiaceae, Ancylistaceae, Geastraceae, Micrococcaceae, Basidiobolaceae, Gemmatimonadaceae, Meliaceae, Stephanosporaceae, Comamonadaceae, Cortinariace

Kingdom  Fungi,  Prokaryotae,  Protoctista,  Plantae,  Animalia
Phylum  Ascomycota,  Actinobacteria,  Ciliophora,  Firmicutes,  Zygomycota,  Basidiomycota,  Chlorophyta,  Proteobacteria,  Chytridiomycota,  Tracheophyta,  Planctomycetes,  Bacteroidetes,  Acidobacteria,  Cyanobacteria,  Nematoda,  Glomeromycota,  Nemata,  Gemmatimonadetes,  Chloroflexi
Class  Dothideomycetes,  Actinobacteria,  Hypotrichea,  Bacilli,  Sordariomycetes,  Incertae sedis,  Tremellomycetes,  Chlorophyceae,  Eurotiomycetes,  Mollicutes,  Gammaproteobacteria,  Chytridiomycetes,  Alphaproteobacteria,  Equisetopsida,  Planctomycetacia,  Microbotryomycetes,  Sphingobacteria,  Trebouxiophyceae,  Agaricomycetes,  Cyanophyceae,  Betaproteobacteria,  Secernentea,  Deltaproteobacteria,  Glomeromycetes,  Zygomycetes,  Gemmatimonadetes,  Chloroflexi,  Flavobacteria,  Oligohymenophorea,  Acidobacteria,  Oligotrichea,  Pezizomycetes,  Bacteroidetes
Order  Actinomycetales,  Oxytrichida,  Bacillales,  Hypocreales,  Rubrobacterales,  Mucorales,  Tremellales,  Chlamydomonadales,  Eurotiales,  Acholeplasmatales,  Pseudomonadales,  Incertae sedis,  Onygenales,  Sphingomonadales,  Pleosporales,  Solanales,  Sordariales,  Planctomycetales,  Sporidiobolales,  Poales,  Sphingobacteriales,  Prasiolales,  Agaricales,  Oscillatoriales,  Xanthomonadales,  Rhizobiales,  Enterobacteriales,  Burkholderiales,  Rhabditida,  Pseudanabaenales,  Oedogoniales,  Capnodiales,  Myxococcales,  Glomerales,  Sphaeropleales,  Rhodobacterales,  Lactobacillales,  Entomophthorales,  Geastrales,  Gemmatimonadales,  Sapindales,  Russulales,  Flavobacteriales,  Peniculida,  Stichotrichida,  Thelephorales,  Acidobacteriales,  Tylenchida,  Cantharellales,  Nostocales,  Chroococcales,  Vibrionales,  Halteriida,  Spizellomycetales,  Pezizales,  Caryophyllales,  Bacteroidales,  Caulobacterales,  Leucosporidiales,  Rhodospirillales
Family  NO DISPONIBLE,  Streptomycetaceae,  Oxytrichidae,  Bacillaceae,  Nectriaceae,  Patulibacteraceae,  Mucoraceae,  Tremellaceae,  Dunaliellaceae,  Trichocomaceae,  Acholeplasmataceae,  Pseudomonadaceae,  Mycobacteriaceae,  Paenibacillaceae,  Umbelopsidaceae,  Olpidiaceae,  Moraxellaceae,  Onygenaceae,  Sphingomonadaceae,  Leptosphaeriaceae,  Solanaceae,  Geodermatophilaceae,  Pleosporaceae,  Chaetomiaceae,  Incertae sedis,  Poaceae,  Sphingobacteriaceae,  Koliellaceae,  Pleurotaceae,  Microbacteriaceae,  Oscillatoriaceae,  Xanthomonadaceae,  Brucellaceae,  Enterobacteriaceae,  Psathyrellaceae,  Burkholderiaceae,  Cephalobidae,  Pseudanabaenaceae,  Oedogoniaceae,  Lophiostomataceae,  Montagnulaceae,  Davidiellaceae,  Rhizobiaceae,  Testudinaceae,  Cystobacteraceae,  Flexibacteraceae,  Glomeraceae,  Scenedesmaceae,  Rhodobacteraceae,  Marasmiaceae,  Phormidiaceae,  Enterococcaceae,  Carnobacteriaceae,  Agaricaceae,  Sporormiaceae,  Ancylistaceae,  Geastraceae,  Micrococcaceae,  Basidiobolaceae,  Gemmatimonadaceae,  Meliaceae,  Stephanosporaceae,  Comamonadaceae,  Cortinariaceae,  Flavobacteriaceae,  Parameciidae,  Bolbitiaceae,  Sordariaceae,  Ajellomycetaceae,  Nocardioidaceae,  Thelephoraceae,  Acidobacteriaceae,  Myxococcaceae,  Pratylenchidae,  Pluteaceae,  Ceratobasidiaceae,  Nostocaceae,  Lasiosphaeriaceae,  Cyanobacteriaceae,  Vibrionaceae,  Halteriidae,  Spizellomycetaceae,  Micromonosporaceae,  Oxalobacteraceae,  Pyronemataceae,  Strophariaceae,  Chenopodiaceae,  Bacteroidaceae,  Caulobacteraceae,  Leucosporidiaceae,  Rubrobacteraceae,  Pezizaceae,  Acetobacteraceae
Genus  NO DISPONIBLE,  Streptomyces,  Oxytricha,  Bacillus,  Fusarium,  Patulibacter,  Absidia,  Cryptococcus,  Dunaniella,  Emericella,  Candidatus Phytoplasma,  Pseudomonas,  Mycobacterium,  Calonectria,  Paenibacillus,  Mortierella,  Olpidium,  Acinetobacter,  Chrysosporium,  Sphingosinicella,  Leptosphaeria,  Lycium,  Blastococcus,  Alternaria,  Eurotium,  Chaetomium,  Rhodotorula,  Echinochloa,  Sphingobacterium,  Pseudochlorella,  Anoxybacillus,  Hohenbuehelia,  Microbacterium,  Oscillatoria,  Stenotrophomonas,  Ochrobactrum,  Pantoea,  Kluyvera,  Coprinopsis,  Phoma,  Ralstonia,  Stegelleta,  Leptolyngbya,  Aspergillus,  Xenobotrytis,  Oedogonium,  Pseudorobillarda,  Virgibacillus,  Lophiostoma,  Paraconiothyrium,  Cladosporium,  Agrobacterium,  Entotheonella,  Lepidosphaeria,  Neosartorya,  Anaeromyxobacter,  Sphingopyxis,  Glomus,  Scenedesmus,  Paracoccus,  Gymnopus,  Panaeolus,  Scolecobasidium,  Microcoleus,  Enterococcus,  Carnobacterium,  Tulostoma,  Berkleasmium,  Geobacillus,  Chlorophyllum,  Conidiobolus,  Terribacillus,  Brevibacillus,  Cochliobolus,  Geastrum,  Arthrobacter,  Rhizopus,  Basidiobolus,  Psathyrella,  Halobacillus,  Gemmatimonas,  Entandrophragma,  Cephalosporium,  Lindtneria,  Acrobeles,  Delftia,  Stachybotrys,  Cortinarius,  Flavobacterium,  Agaricus,  Paramecium,  Burkholderia,  Stagonosporopsis,  Conocybe,  Nectria,  Sphingomonas,  Spiromastix,  Rhizopycnis,  Corynascus,  Ochroconis,  Kribbella,  Hyalangium,  Archangium,  Myxococcus,  Pratylenchus,  Aporospora,  Acrobeloides,  Chamaeota,  Emmonsia,  Rhizoctonia,  Enterobacter,  Leucoagaricus,  Paracoccidioides,  Pyrenochaeta,  Acremonium,  Nostoc,  Coprinellus,  Lentibacillus,  Heterocephalobellus,  Cladorrhinum,  Cyanobacterium,  Humicola,  Vibrio,  Halteria,  Rhizophlyctis,  Arthrospira,  Micromonospora,  Cyrtohymena,  Massilia,  Cheilymenia,  Gymnopilus,  Dyadobacter,  Rummeliibacillus,  Rhodosporidium,  Atriplex,  Zeldia,  Pontibacter,  Paecilomyces,  Caulobacter,  Leucosporidium,  Heydenia,  Solirubrobacter,  Friedmanniella,  Terfezia,  Calymmatobacterium,  Granulibacter,  Pedobacter
Species  Streptomyces djakartensis,  Oxytricha longigranulosa,  Bacillus psychrosaccharolyticus,  Fusarium lunatum,  Patulibacter minatonensis,  Absidia corymbifera,  Emericella undulata,  Cryptococcus magnus,  Bacillus niabensis,  Pseudomonas putida,  Mycobacterium interjectum,  Calonectria hawksworthii,  Paenibacillus harenae,  Olpidium brassicae,  Chrysosporium pilosum,  Paenibacillus validus,  Sphingosinicella microcystinivorans,  Leptosphaeria senegalensis,  Lycium ruthenicum,  Blastococcus jejuensis,  Alternaria tenuissima,  Paenibacillus lentimorbus,  Eurotium chevalieri,  Chaetomium globosum,  Paenibacillus polymyxa,  Pseudomonas fluorescens,  Echinochloa colona (arrocillo, arroz de monte, arroz del monte, parana, zacate),  Sphingobacterium spiritivorum,  Pseudochlorella pyrenoidosa,  Hohenbuehelia portegna,  Bacillus oceanisediminis,  Ochrobactrum cytisi,  Pantoea agglomerans,  Bacillus sonorensis,  Bacillus simplex,  Rhodotorula ingeniosa,  Bacillus aryabhattai,  Coprinopsis cinerea,  Ralstonia solanacearum,  Paenibacillus larvae,  Aspergillus tamarii,  Emericella dentata,  Xenobotrytis acaducospora,  Oedogonium tenerum,  Fusarium oxysporum,  Pseudorobillarda sojae,  Lophiostoma cynaroidis,  Paraconiothyrium hawaiiense,  Virgibacillus marismortui,  Cladosporium oxysporum,  Agrobacterium vitis,  Aspergillus variecolor,  Lepidosphaeria nicotiae,  Bacillus cereus,  Neosartorya glabra,  Paenibacillus lautus,  Sphingopyxis alaskensis,  Bacillus subtilis,  Panaeolus sphinctrinus (borrachito, cabeza de víbora, hongo de los corrales, mulitas),  Bacillus endophyticus,  Microcoleus vaginatus,  Bacillus marisflavi,  Enterococcus avium,  Bacillus thuringiensis,  Emericella corrugata,  Tulostoma melanocyclum,  Pantoea eucrina,  Chlorophyllum molybdites (corralito, falso champiñón, hongo malo de jardín, paragüas verdecitos),  Acinetobacter calcoaceticus,  Bacillus lentus,  Mortierella wolfii,  Bacillus amyloliquefaciens,  Conidiobolus coronatus,  Terribacillus saccharophilus,  Bacillus flexus,  Cochliobolus lunatus,  Geastrum triplex (chawuk, estrella de tierra, hongo estrella, wuswus lu'),  Rhodotorula glutinis,  Bacillus azotoformans,  Bacillus firmus,  Rhizopus oryzae,  Basidiobolus meristosporus,  Cladosporium cladosporioides,  Psathyrella candolleana,  Halobacillus kuroshimensis,  Entandrophragma cylindricum,  Mycobacterium gilvum,  Cephalosporium curtipes,  Virgibacillus dokdonensis,  Paenibacillus chondroitinus,  Lindtneria trachyspora,  Fusarium chlamydosporum,  Delftia tsuruhatensis,  Stachybotrys echinata,  Scenedesmus obliquus,  Alternaria alternata,  Cortinarius fulvocitrinus,  Paenibacillus illinoisensis,  Chrysosporium lobatum,  Alternaria longissima,  Agaricus xanthodermus (champiñón malo, llanero loco),  Pantoea ananatis,  Paramecium tetraurelia,  Burkholderia phenazinium,  Stagonosporopsis cucurbitacearum,  Conocybe crispa,  Nectria mauritiicola,  Spiromastix warcupii,  Rhizopycnis vagum,  Paenibacillus alginolyticus,  Aspergillus dimorphicus,  Corynascus verrucosus,  Mycobacterium avium,  Bacillus oleronius,  Ochroconis calidifluminalis,  Alternaria arborescens,  Anaeromyxobacter dehalogenans,  Emericella nidulans,  Cortinarius olearioides,  Geastrum fimbriatum,  Hyalangium minutum,  Bacillus megaterium,  Bacillus licheniformis,  Archangium gephyra,  Myxococcus fulvus,  Burkholderia graminis,  Pratylenchus goodeyi,  Aporospora terricola,  Brevibacillus brevis,  Myxococcus xanthus,  Chamaeota sinica,  Emmonsia crescens,  Streptomyces aculeolatus,  Leucoagaricus littoralis,  Paracoccidioides brasiliensis,  Acremonium strictum,  Coprinellus bisporus,  Scenedesmus naegelii,  Hohenbuehelia tremula,  Lentibacillus salinarum,  Alternaria gaisen,  Cladorrhinum samala,  Humicola fuscoatra,  Vibrio fluvialis,  Bacillus maroccanus,  Halteria grandinella,  Panaeolus cambodginiensis,  Conocybe rickenii,  Rhizophlyctis rosea,  Arthrospira platensis,  Micromonospora echinospora,  Emericella variecolor,  Cyrtohymena citrina,  Terribacillus goriensis,  Cheilymenia stercorea,  Terribacillus halophilus,  Acrobeles complexus,  Acinetobacter junii,  Gymnopilus junonius,  Dyadobacter fermentans,  Phoma medicaginis,  Nostoc muscorum,  Atriplex lentiformis,  Geobacillus toebii,  Pseudomonas mendocina,  Bacillus sphaericus,  Vibrio splendidus,  Zeldia punctatus,  Caulobacter crescentus,  Paenibacillus popilliae,  Leucosporidium scottii,  Alternaria mali,  Heydenia alpina,  Bacillus fusiformis,  Mycobacterium gordonae,  Bacillus pumilus,  Atriplex centralasiatica,  Acinetobacter baumannii,  Alternaria longipes,  Bacillus funiculus,  Paenibacillus fujiensis,  Cladosporium sphaerospermum,  Calymmatobacterium granulomatis,  Granulibacter bethesdensis,  Emmonsia parva
Infraspecificname  Bacillus circulans subsp. subtilis

Temporal Coverage

Start Date / End Date 2006-03-22 / 2009-12-02

Project Data

La diversidad microbiana es un recurso poco estudiado en México. En zonas como Sinaloa en donde la agricultura es un importante motor socioeconómico, la mayor parte de la superficie es empleada para cultivos agrícolas. Este es el caso del municipio de Guasave, en donde la zona de preservación ecológica de centro de población La Uva constituye el único relicto de vegetación original preservada. Es de vital importancia iniciar esfuerzos a nivel local y nacional para conocer y conservar la diversidad microbiana presente en los suelos de esta región y del país en general. Una de las dificultades en el estudio de la diversidad microbiana es que se calcula que sólo se pueden cultivar en el laboratorio del 1 al 5% de la diversidad total de microorganismos. Por lo tanto, la utilización de técnicas moleculares de identificación en las que no se involucre el aislamiento de microorganismos resulta una estrategia que permite describir de manera más real la diversidad de los microorganismos presentes en un ecosistema tan diverso como lo es el suelo. En nuestro grupo iniciamos un primer esfuerzo a partir del 2006 a través de la generación de un banco de germoplasma vivo de microorganismos de suelo asociados a la rizosfera de plantas de tomate en un campo agrícola de la región, el cual consiste de cerca de 750 aislados de microorganismos preservados en ultracongelación a -70°C. Del mismo modo se generó información de la diversidad microbiana total a través del aislamiento de ADN genómico de suelo, y la posterior generación y secuenciación de bibliotecas de ADNr. Mediante esta estrategia se identificaron 500 fragmentos de ADN de origen procariote y 500 de origen eucariote. En el presente proyecto primeramente se propone concluir la identificación de los microorganismos existentes en el banco de tomate para posteriormente utilizar la misma estrategia de generación de un banco de microorganismos vivos y un banco de DNA de suelo a partir de muestras de rizosfera de Datura stramonium, la cual es una planta solanácea silvestre común en la zona de reserva. Posteriormente esta información será utilizada para realizar estudios comparativos entre tipo de organismos presentes en la rizosfera de solanáceas en zonas de cultivo, tal como el tomate, y solanáceas en zonas preservadas. El objetivo del trabajo en la zona de reserva incluirá el análisis de la diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera de D. stramonium a través de la secuenciación masiva de 1,000 fragmentos de ADN ribosomal de una biblioteca generada a partir de ADN genómico de suelo y la generación de un banco de germoplasma vivo de 750 especimenes criopreservados a -70°C. Finalmente se propone elaborar una base de datos compatible con el sistema Biótica con los datos recabados para cada espécimen del banco, el cual incluirá los datos de colecta, georeferencias, características físicas y químicas de los suelos, fotografías que muestren la morfología colonial y microscópica de cada aislado, los datos del procedimiento de identificación molecular y análisis de secuencias. Además se pondrán a disposición los datos de las listas de las especies identificadas en los dos bancos de germoplasma vivos y en los bancos generados a partir de los datos de secuenciación masiva de ADN ribosomal tanto de los suelos de la zona de cultivo como los de la zona de reserva.

Title Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular
Identifier SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Funding Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Study Area Description Bacterias Hongos Invertebrados Plantas Protoctistas acidobacterias algas verdes bacterias (gram-negativas) bacterias (gram-positivas) bacterias gram negativas bacterias verdes no sulfurosas cianobacterias; cianófitas; algas verde azules ciliados Con flores; angiospermas (amarantos; quinoas; huauzotles; quelites) Con flores; angiospermas (caobas) Con flores; angiospermas (papas; tomates; jitomates; chiles; pimientos; berenjena; tabaco; toloaches; petunias; floripondios) Con flores; angiospermas (pastos terrestres; bambúes; carrizos; maíz; arroz; trigo; avena; centeno; cebada; sorgo; mijo; alpiste; caña de azúcar; zacates; cortaderia; navajitas; ) endobacteria endobacteria; bacterias (gram-positivas) hongos de saco; levaduras hongos de sombrerito; sombrillas; setas micorrizas mohos nemátodos (gusanos redondos) quitridios

The personnel involved in the project:

Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza

Collection Data

Collection Name Colección de microorganismos asociados a la rizósfera de Tomate;CIIDIR-001;Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional;CIIDIR-IPN
Collection Identifier SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Colección de microorganismos asociados a la rizósfera de Datura;CIIDIR-004;Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional;CIIDIR-IPN
Collection Identifier SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Curatorial Units Between 1 and 48 Ejemplar

Additional Metadata

Alternative Identifiers bbedc129-ddc2-4651-b64d-f9d7666e4b74
http://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-IE001