Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular

Dernière version Publié par Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad le May 30, 2020 Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad

La diversidad microbiana es un recurso poco estudiado en México. En zonas como Sinaloa en donde la agricultura es un importante motor socioeconómico, la mayor parte de la superficie es empleada para cultivos agrícolas. Este es el caso del municipio de Guasave, en donde la zona de preservación ecológica de centro de población La Uva constituye el único relicto de vegetación original preservada. Es de vital importancia iniciar esfuerzos a nivel local y nacional para conocer y conservar la diversidad microbiana presente en los suelos de esta región y del país en general. Una de las dificultades en el estudio de la diversidad microbiana es que se calcula que sólo se pueden cultivar en el laboratorio del 1 al 5% de la diversidad total de microorganismos. Por lo tanto, la utilización de técnicas moleculares de identificación en las que no se involucre el aislamiento de microorganismos resulta una estrategia que permite describir de manera más real la diversidad de los microorganismos presentes en un ecosistema tan diverso como lo es el suelo. En nuestro grupo iniciamos un primer esfuerzo a partir del 2006 a través de la generación de un banco de germoplasma vivo de microorganismos de suelo asociados a la rizosfera de plantas de tomate en un campo agrícola de la región, el cual consiste de cerca de 750 aislados de microorganismos preservados en ultracongelación a -70°C. Del mismo modo se generó información de la diversidad microbiana total a través del aislamiento de ADN genómico de suelo, y la posterior generación y secuenciación de bibliotecas de ADNr. Mediante esta estrategia se identificaron 500 fragmentos de ADN de origen procariote y 500 de origen eucariote. En el presente proyecto primeramente se propone concluir la identificación de los microorganismos existentes en el banco de tomate para posteriormente utilizar la misma estrategia de generación de un banco de microorganismos vivos y un banco de DNA de suelo a partir de muestras de rizosfera de Datura stramonium, la cual es una planta solanácea silvestre común en la zona de reserva. Posteriormente esta información será utilizada para realizar estudios comparativos entre tipo de organismos presentes en la rizosfera de solanáceas en zonas de cultivo, tal como el tomate, y solanáceas en zonas preservadas. El objetivo del trabajo en la zona de reserva incluirá el análisis de la diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera de D. stramonium a través de la secuenciación masiva de 1,000 fragmentos de ADN ribosomal de una biblioteca generada a partir de ADN genómico de suelo y la generación de un banco de germoplasma vivo de 750 especimenes criopreservados a -70°C. Finalmente se propone elaborar una base de datos compatible con el sistema Biótica con los datos recabados para cada espécimen del banco, el cual incluirá los datos de colecta, georeferencias, características físicas y químicas de los suelos, fotografías que muestren la morfología colonial y microscópica de cada aislado, los datos del procedimiento de identificación molecular y análisis de secuencias. Además se pondrán a disposición los datos de las listas de las especies identificadas en los dos bancos de germoplasma vivos y en los bancos generados a partir de los datos de secuenciación masiva de ADN ribosomal tanto de los suelos de la zona de cultivo como los de la zona de reserva.

Reino: 5 Filo: 18 Clase: 31 Orden: 58 Familia: 95 Género: 146 Especie: 185 Epitetoinfraespecifico: 1

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 2,284 enregistrements.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées des ressources sont disponibles au téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Téléchargements

Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :

Données sous forme de fichier DwC-A (zip) télécharger 2,284 enregistrements dans Espagnol (424 KB) - Fréquence de mise à jour: non planifié
Métadonnées sous forme de fichier EML télécharger dans Espagnol (127 KB)
Métadonnées sous forme de fichier RTF télécharger dans Espagnol (34 KB)

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Maldonado-Mendoza I. E, López-Rivera R. y J. D. Cordero-Ramírez. 2014. Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular. Unidad Sinaloa. Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional. Instituto Politécnico Nacional. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto IE001. México, D. F.

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : bbedc129-ddc2-4651-b64d-f9d7666e4b74.  Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Biodiversity Information System of Mexico.

Mots-clé

Occurrence; Specimen; Bacterias; Hongos; Invertebrados; NO DISPONIBLE; Plantas; Protoctistas

Données externes

Les données de la ressource sont disponibles dans d'autres formats

SNIB-IE001-CSV.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/IE001/SNIB-IE001-CSV.zip UTF-8 CSV
SNIB-IE001-BD.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/IE001/SNIB-IE001-BD.zip UTF-8 MDB MicrosoftAccess2007

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:

Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza
Responsable
Instituto Politécnico NacionalCentro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional-Sinaloa 81101 Guasave Sinaloa MX (687) 87 29626 y 29625

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Sonia Alejandra Careaga Olvera
Subcoordinadora en Información y Análisis
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 México Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Personne ayant renseigné les métadonnées:

CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 MÉXICO Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Couverture géographique

País: MEXICO (SINALOA)

Enveloppe géographique Sud Ouest [25.495, -108.503], Nord Est [25.525, -108.453]

Couverture taxonomique

Reino: Prokaryotae, Protoctista, Fungi, Plantae, Animalia Filo: Firmicutes, Ciliophora, Acidobacteria, Ascomycota, Cyanobacteria, Proteobacteria, Chytridiomycota, Actinobacteria, Chlorophyta, Zygomycota, Gemmatimonadetes, Basidiomycota, Tracheophyta, Nematoda, Bacteroidetes, Chloroflexi, Planctomycetes, Glomeromycota Clase: Bacilli, Oligotrichea, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, Cyanophyceae, Deltaproteobacteria, Chytridiomycetes, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Dothideomycetes, Incertae sedis, Chlorophyceae, Entomophthoromycetes, Gemmatimonadetes, Betaproteobacteria, Agaricomycetes, Trebouxiophyceae, Equisetopsida, Pezizomycetes, Secernentea, Microbotryomycetes, Oligohymenophorea, Cytophagia, Alphaproteobacteria, Sphingobacteriia, Planctomycetacia, Flavobacteriia, Mortierellomycetes, Hypotrichea, Glomeromycetes, Tremellomycetes Orden: Bacillales, Halteriida, Hypocreales, Eurotiales, Pseudanabaenales, Olpidiales, Vibrionales, Xanthomonadales, Onygenales, Pleosporales, Incertae sedis, Entomophthorales, Pseudomonadales, Sphaeropleales, Sordariales, Gemmatimonadales, Enterobacteriales, Solirubrobacterales, Burkholderiales, Agaricales, Prasiolales, Solanales, Pezizales, Capnodiales, Rhabditida, Lactobacillales, Actinomycetales, Sporidiobolales, Peniculida, Cytophagales, Oscillatoriales, Sapindales, Geastrales, Rhodospirillales, Sphingobacteriales, Myxococcales, Caryophyllales, Planctomycetales, Chroococcales, Russulales, Mucorales, Leucosporidiales, Sphingomonadales, Flavobacteriales, Thelephorales, Chlamydomonadales, Mortierellales, Oxytrichida, Poales, Stichotrichida, Cantharellales, Caulobacterales, Glomerales, Nostocales, Acidobacteriales, Rhizobiales, Tremellales, Rhizophlyctidales Familia: Bacillaceae, Halteriidae, Nectriaceae, Trichocomaceae, Paenibacillaceae, Pseudanabaenaceae, Olpidiaceae, Vibrionaceae, Xanthomonadaceae, Onygenaceae, Pleosporaceae, Incertae sedis, Acholeplasmataceae, Oedogoniaceae, Ancylistaceae, Moraxellaceae, Scenedesmaceae, Sporormiaceae, Chaetomiaceae, Rhizobiaceae, Gemmatimonadaceae, Enterobacteriaceae, Patulibacteraceae, Oxalobacteraceae, Pleurotaceae, Koliellaceae, Solanaceae, Pyronemataceae, Davidiellaceae, Burkholderiaceae, Cortinariaceae, Cephalobidae, Enterococcaceae, Mycobacteriaceae, Lophiostomataceae, Agaricaceae, Parameciidae, Cytophagaceae, Bolbitiaceae, Hoplolaimidae, Ajellomycetaceae, Streptomycetaceae, Microcoleaceae, Didymellaceae, Basidiobolaceae, Psathyrellaceae, Meliaceae, Geastraceae, Acetobacteraceae, Sphingobacteriaceae, Cystobacteraceae, Chenopodiaceae, Pseudomonadaceae, Montagnulaceae, Micrococcaceae, Pluteaceae, Cyanobacteriaceae, Stephanosporaceae, Mucoraceae, Leucosporidiaceae, Myxococcaceae, Geodermatophilaceae, Sphingomonadaceae, Sordariaceae

Kingdom  Prokaryotae,  Protoctista,  Fungi,  Plantae,  Animalia
Phylum  Firmicutes,  Ciliophora,  Acidobacteria,  Ascomycota,  Cyanobacteria,  Proteobacteria,  Chytridiomycota,  Actinobacteria,  Chlorophyta,  Zygomycota,  Gemmatimonadetes,  Basidiomycota,  Tracheophyta,  Nematoda,  Bacteroidetes,  Chloroflexi,  Planctomycetes,  Glomeromycota
Class  Bacilli,  Oligotrichea,  Sordariomycetes,  Eurotiomycetes,  Cyanophyceae,  Deltaproteobacteria,  Chytridiomycetes,  Gammaproteobacteria,  Actinobacteria,  Dothideomycetes,  Incertae sedis,  Chlorophyceae,  Entomophthoromycetes,  Gemmatimonadetes,  Betaproteobacteria,  Agaricomycetes,  Trebouxiophyceae,  Equisetopsida,  Pezizomycetes,  Secernentea,  Microbotryomycetes,  Oligohymenophorea,  Cytophagia,  Alphaproteobacteria,  Sphingobacteriia,  Planctomycetacia,  Flavobacteriia,  Mortierellomycetes,  Hypotrichea,  Glomeromycetes,  Tremellomycetes
Order  Bacillales,  Halteriida,  Hypocreales,  Eurotiales,  Pseudanabaenales,  Olpidiales,  Vibrionales,  Xanthomonadales,  Onygenales,  Pleosporales,  Incertae sedis,  Entomophthorales,  Pseudomonadales,  Sphaeropleales,  Sordariales,  Gemmatimonadales,  Enterobacteriales,  Solirubrobacterales,  Burkholderiales,  Agaricales,  Prasiolales,  Solanales,  Pezizales,  Capnodiales,  Rhabditida,  Lactobacillales,  Actinomycetales,  Sporidiobolales,  Peniculida,  Cytophagales,  Oscillatoriales,  Sapindales,  Geastrales,  Rhodospirillales,  Sphingobacteriales,  Myxococcales,  Caryophyllales,  Planctomycetales,  Chroococcales,  Russulales,  Mucorales,  Leucosporidiales,  Sphingomonadales,  Flavobacteriales,  Thelephorales,  Chlamydomonadales,  Mortierellales,  Oxytrichida,  Poales,  Stichotrichida,  Cantharellales,  Caulobacterales,  Glomerales,  Nostocales,  Acidobacteriales,  Rhizobiales,  Tremellales,  Rhizophlyctidales
Family  Bacillaceae,  Halteriidae,  Nectriaceae,  Trichocomaceae,  Paenibacillaceae,  Pseudanabaenaceae,  Olpidiaceae,  Vibrionaceae,  Xanthomonadaceae,  Onygenaceae,  Pleosporaceae,  Incertae sedis,  Acholeplasmataceae,  Oedogoniaceae,  Ancylistaceae,  Moraxellaceae,  Scenedesmaceae,  Sporormiaceae,  Chaetomiaceae,  Rhizobiaceae,  Gemmatimonadaceae,  Enterobacteriaceae,  Patulibacteraceae,  Oxalobacteraceae,  Pleurotaceae,  Koliellaceae,  Solanaceae,  Pyronemataceae,  Davidiellaceae,  Burkholderiaceae,  Cortinariaceae,  Cephalobidae,  Enterococcaceae,  Mycobacteriaceae,  Lophiostomataceae,  Agaricaceae,  Parameciidae,  Cytophagaceae,  Bolbitiaceae,  Hoplolaimidae,  Ajellomycetaceae,  Streptomycetaceae,  Microcoleaceae,  Didymellaceae,  Basidiobolaceae,  Psathyrellaceae,  Meliaceae,  Geastraceae,  Acetobacteraceae,  Sphingobacteriaceae,  Cystobacteraceae,  Chenopodiaceae,  Pseudomonadaceae,  Montagnulaceae,  Micrococcaceae,  Pluteaceae,  Cyanobacteriaceae,  Stephanosporaceae,  Mucoraceae,  Leucosporidiaceae,  Myxococcaceae,  Geodermatophilaceae,  Sphingomonadaceae,  Sordariaceae,  Nocardioidaceae,  Micromonosporaceae,  Flavobacteriaceae,  Thelephoraceae,  Dunaliellaceae,  Mortierellaceae,  Oxytrichidae,  Oscillatoriaceae,  Poaceae,  Strophariaceae,  Testudinaceae,  Comamonadaceae,  Marasmiaceae,  Ceratobasidiaceae,  Leptosphaeriaceae,  Caulobacteraceae,  Lasiosphaeriaceae,  Microbacteriaceae,  Glomeraceae,  Nostocaceae,  Acidobacteriaceae,  Brucellaceae,  Tremellaceae,  Spiromastigaceae,  Propionibacteriaceae,  Carnobacteriaceae,  Solirubrobacteraceae,  Rhodobacteraceae,  Pezizaceae,  Flexibacteraceae,  Rhizophlyctidaceae
Genus  Bacillus,  Halteria,  Nectria,  Aspergillus,  Brevibacillus,  Leptolyngbya,  Olpidium,  Vibrio,  Stenotrophomonas,  Emmonsia,  Alternaria,  Paenibacillus,  Heydenia,  Candidatus Phytoplasma,  Oedogonium,  Virgibacillus,  Conidiobolus,  Acinetobacter,  Scenedesmus,  Berkleasmium,  Humicola,  Emericella,  Acremonium,  Agrobacterium,  Gemmatimonas,  Pantoea,  Patulibacter,  Massilia,  Calonectria,  Hohenbuehelia,  Pseudochlorella,  Lycium,  Cheilymenia,  Chaetomium,  Fusarium,  Pyrenochaeta,  Cladosporium,  Burkholderia,  Enterobacter,  Cortinarius,  Zeldia,  Enterococcus,  Mycobacterium,  Rhodosporidium,  Lophiostoma,  Tulostoma,  Paramecium,  Ochroconis,  Aporospora,  Dyadobacter,  Ralstonia,  Conocybe,  Pratylenchus,  Paracoccidioides,  Streptomyces,  Microcoleus,  Chrysosporium,  Phoma,  Basidiobolus,  Coprinellus,  Entandrophragma,  Geastrum,  Eurotium,  Granulibacter,  Stegelleta,  Sphingobacterium,  Anaeromyxobacter,  Xenobotrytis,  Lentibacillus,  Atriplex,  Psathyrella,  Pseudomonas,  Archangium,  Paraconiothyrium,  Arthrobacter ,  Chamaeota,  Rhizopycnis,  Terribacillus,  Cyanobacterium,  Panaeolus,  Lindtneria,  Rhizopus,  Leucosporidium,  Myxococcus,  Blastococcus,  Rhodotorula,  Sphingomonas,  Kribbella,  Micromonospora,  Flavobacterium,  Pseudorobillarda,  Pedobacter,  Dunaliella,  Halobacillus,  Leucoagaricus,  Acrobeles,  Mortierella,  Pontibacter,  Kluyvera,  Cyrtohymena,  Stagonosporopsis,  Rummeliibacillus,  Oscillatoria,  Echinochloa,  Gymnopilus,  Lepidosphaeria,  Sphingosinicella,  Delftia,  Gymnopus,  Acrobeloides,  Scolecobasidium,  Candidatus Entotheonella,  Geobacillus,  Paecilomyces,  Rhizoctonia,  Leptosphaeria,  Cochliobolus,  Caulobacter,  Cladorrhinum,  Microbacterium,  Neosartorya,  Arthrospira,  Cephalosporium,  Glomus,  Stachybotrys,  Nostoc,  Heterocephalobellus,  Ochrobactrum,  Sphingopyxis,  Cryptococcus,  Spiromastix,  Friedmanniella,  Carnobacterium,  Absidia,  Anoxybacillus,  Agaricus,  Corynascus,  Solirubrobacter,  Paracoccus,  Calymmatobacterium,  Terfezia,  Hyalangium,  Rhizophlyctis,  Oxytricha,  Chlorophyllum,  Coprinopsis
Species  Halteria grandinella,  Nectria mauritiicola,  Bacillus subtilis,  Aspergillus variecolor,  Brevibacillus brevis,  Olpidium brassicae,  Vibrio splendidus,  Emmonsia parva,  Alternaria tenuissima,  Heydenia alpina,  Oedogonium tenerum,  Conidiobolus coronatus,  Bacillus megaterium,  Bacillus cereus,  Acinetobacter baumannii,  Emericella dentata,  Acremonium strictum,  Agrobacterium vitis,  Bacillus pumilus,  Bacillus flexus,  Pantoea eucrina,  Patulibacter minatonensis,  Calonectria hawksworthii,  Bacillus firmus,  Paenibacillus validus,  Hohenbuehelia portegna,  Pseudochlorella pyrenoidosa,  Lycium ruthenicum,  Cheilymenia stercorea,  Paenibacillus popilliae,  Chaetomium globosum,  Cladosporium oxysporum,  Burkholderia phenazinium,  Virgibacillus marismortui,  Cortinarius olearioides,  Alternaria alternata,  Paenibacillus chondroitinus,  Paenibacillus illinoisensis,  Enterococcus avium,  Burkholderia graminis,  Mycobacterium gordonae,  Lophiostoma cynaroidis,  Paramecium tetraurelia,  Ochroconis calidifluminalis,  Aspergillus tamarii,  Zeldia punctatus,  Aporospora terricola,  Emericella nidulans,  Dyadobacter fermentans,  Ralstonia solanacearum,  Paenibacillus polymyxa,  Alternaria mali,  Conocybe crispa,  Alternaria longipes,  Pratylenchus goodeyi,  Paracoccidioides brasiliensis,  Paenibacillus fujiensis,  Tulostoma melanocyclum,  Emericella variecolor,  Microcoleus vaginatus,  Chrysosporium pilosum,  Emmonsia crescens,  Bacillus licheniformis,  Basidiobolus meristosporus,  Bacillus maroccanus,  Coprinellus bisporus,  Bacillus endophyticus,  Acinetobacter calcoaceticus,  Entandrophragma cylindricum,  Geastrum fimbriatum,  Mycobacterium avium,  Geastrum triplex (estrella de tierra, hongo estrella),  Eurotium chevalieri,  Conocybe rickenii,  Bacillus thuringiensis,  Granulibacter bethesdensis,  Fusarium oxysporum,  Bacillus fusiformis,  Cladosporium cladosporioides,  Sphingobacterium spiritivorum,  Anaeromyxobacter dehalogenans,  Alternaria longissima,  Paenibacillus lautus,  Bacillus amyloliquefaciens,  Xenobotrytis acaducospora,  Lentibacillus salinarum,  Pantoea ananatis,  Atriplex centralasiatica,  Bacillus aryabhattai,  Bacillus sonorensis,  Psathyrella candolleana,  Scenedesmus obliquus,  Archangium gephyra,  Paraconiothyrium hawaiiense,  Pseudomonas fluorescens,  Chamaeota sinica,  Rhizopycnis vagum,  Bacillus funiculus,  Pseudomonas mendocina,  Terribacillus goriensis,  Panaeolus cambodginiensis,  Lindtneria trachyspora,  Cladosporium sphaerospermum,  Rhizopus oryzae,  Leucosporidium scottii,  Myxococcus xanthus,  Alternaria gaisen,  Hohenbuehelia tremula,  Panaeolus sphinctrinus (cabeza de víbora, borrachito, mulitas, hongo de los corrales),  Paenibacillus alginolyticus,  Bacillus psychrosaccharolyticus,  Bacillus lentus,  Blastococcus jejuensis,  Rhodotorula ingeniosa,  Bacillus azotoformans,  Humicola fuscoatra,  Scenedesmus naegelii,  Bacillus marisflavi,  Micromonospora echinospora,  Fusarium chlamydosporum,  Emericella undulata,  Pseudorobillarda sojae,  Terribacillus saccharophilus,  Halobacillus kuroshimensis,  Leucoagaricus littoralis,  Mortierella wolfii,  Cyrtohymena citrina,  Bacillus sphaericus,  Stagonosporopsis cucurbitacearum,  Mycobacterium interjectum,  Echinochloa colona (arroz de monte, zacate, arrocillo, arroz del monte, pasto, zacate de agua, zacate gordura),  Gymnopilus junonius,  Emericella corrugata,  Bacillus simplex,  Lepidosphaeria nicotiae,  Acrobeles complexus,  Sphingosinicella microcystinivorans,  Pseudomonas putida,  Delftia tsuruhatensis,  Alternaria arborescens,  Paenibacillus harenae,  Fusarium lunatum,  Terribacillus halophilus,  Geobacillus toebii,  Leptosphaeria senegalensis,  Cochliobolus lunatus,  Virgibacillus dokdonensis,  Caulobacter crescentus,  Cladorrhinum samala,  Neosartorya glabra,  Rhodotorula glutinis,  Paenibacillus lentimorbus,  Arthrospira platensis,  Bacillus oleronius,  Mycobacterium gilvum,  Cephalosporium curtipes,  Atriplex lentiformis,  Bacillus niabensis,  Stachybotrys echinata,  Nostoc muscorum,  Pantoea agglomerans,  Paenibacillus larvae,  Ochrobactrum cytisi,  Sphingopyxis alaskensis,  Bacillus oceanisediminis,  Myxococcus fulvus,  Spiromastix warcupii,  Aspergillus dimorphicus,  Absidia corymbifera,  Streptomyces djakartensis,  Cryptococcus magnus,  Agaricus xanthodermus (champiñón malo, llanero loco),  Corynascus verrucosus,  Acinetobacter junii,  Streptomyces aculeolatus,  Calymmatobacterium granulomatis,  Hyalangium minutum,  Chrysosporium lobatum,  Rhizophlyctis rosea,  Oxytricha longigranulosa,  Cortinarius fulvocitrinus,  Chlorophyllum molybdites (corralito, hongo malo de jardín, paragüas verdecitos, falso champiñón),  Phoma medicaginis,  Vibrio fluvialis,  Coprinopsis cinerea
Infraspecificname  Bacillus circulans subsp. subtilis

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2006-03-22 / 2009-12-02

Données sur le projet

La diversidad microbiana es un recurso poco estudiado en México. En zonas como Sinaloa en donde la agricultura es un importante motor socioeconómico, la mayor parte de la superficie es empleada para cultivos agrícolas. Este es el caso del municipio de Guasave, en donde la zona de preservación ecológica de centro de población La Uva constituye el único relicto de vegetación original preservada. Es de vital importancia iniciar esfuerzos a nivel local y nacional para conocer y conservar la diversidad microbiana presente en los suelos de esta región y del país en general. Una de las dificultades en el estudio de la diversidad microbiana es que se calcula que sólo se pueden cultivar en el laboratorio del 1 al 5% de la diversidad total de microorganismos. Por lo tanto, la utilización de técnicas moleculares de identificación en las que no se involucre el aislamiento de microorganismos resulta una estrategia que permite describir de manera más real la diversidad de los microorganismos presentes en un ecosistema tan diverso como lo es el suelo. En nuestro grupo iniciamos un primer esfuerzo a partir del 2006 a través de la generación de un banco de germoplasma vivo de microorganismos de suelo asociados a la rizosfera de plantas de tomate en un campo agrícola de la región, el cual consiste de cerca de 750 aislados de microorganismos preservados en ultracongelación a -70°C. Del mismo modo se generó información de la diversidad microbiana total a través del aislamiento de ADN genómico de suelo, y la posterior generación y secuenciación de bibliotecas de ADNr. Mediante esta estrategia se identificaron 500 fragmentos de ADN de origen procariote y 500 de origen eucariote. En el presente proyecto primeramente se propone concluir la identificación de los microorganismos existentes en el banco de tomate para posteriormente utilizar la misma estrategia de generación de un banco de microorganismos vivos y un banco de DNA de suelo a partir de muestras de rizosfera de Datura stramonium, la cual es una planta solanácea silvestre común en la zona de reserva. Posteriormente esta información será utilizada para realizar estudios comparativos entre tipo de organismos presentes en la rizosfera de solanáceas en zonas de cultivo, tal como el tomate, y solanáceas en zonas preservadas. El objetivo del trabajo en la zona de reserva incluirá el análisis de la diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera de D. stramonium a través de la secuenciación masiva de 1,000 fragmentos de ADN ribosomal de una biblioteca generada a partir de ADN genómico de suelo y la generación de un banco de germoplasma vivo de 750 especimenes criopreservados a -70°C. Finalmente se propone elaborar una base de datos compatible con el sistema Biótica con los datos recabados para cada espécimen del banco, el cual incluirá los datos de colecta, georeferencias, características físicas y químicas de los suelos, fotografías que muestren la morfología colonial y microscópica de cada aislado, los datos del procedimiento de identificación molecular y análisis de secuencias. Además se pondrán a disposición los datos de las listas de las especies identificadas en los dos bancos de germoplasma vivos y en los bancos generados a partir de los datos de secuenciación masiva de ADN ribosomal tanto de los suelos de la zona de cultivo como los de la zona de reserva.

Titre Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular
Identifiant SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Financement Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Description du domaine d'étude / de recherche Bacterias Hongos Invertebrados NO DISPONIBLE Plantas Protoctistas algas con flores, con semillas, con frutos como acelgas, amarantos, betabeles, biznagas, bugambilias, claveles, epazotes, espinacas, huauhzontles, jojobas, nopales, quelites, quinoas, saguaros, trigos serracenos, tunas, verdolagas, xoconostles con flores, con semillas, con frutos como berenjena, camotes, chiles, floripondios, jitomates, papas, petunias, pimientos, tabacos, toloaches, tomates con flores, con semillas, con frutos como caobas, copales, limas, limones, naranjas, mandarinas, mangos, maples, nueces de la India, pirúles, pistaches, rudas, toronjas, zapotes blancos con flores, con semillas, con frutos como cereales, heno, juncos, pastos terrestres, piña, tules eubacterias fotosintéticas gusanos hongos de saco, levaduras hongos de sombrerito, gelatinosos, setas, tizones micorrizas mohos NO DISPONIBLE protozoarios: ciliados quitridios

Les personnes impliquées dans le projet:

Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza

Données de collection

Nom de la collection Colección de microorganismos asociados a la rizósfera de Datura;CIIDIR-004;Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional;CIIDIR-IPN
Identifiant de collection SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Identifiant de la collection parente NO APLICA
Nom de la collection Colección de microorganismos asociados a la rizósfera de Tomate;CIIDIR-001;Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional;CIIDIR-IPN
Identifiant de collection SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Identifiant de la collection parente NO APLICA
Méthode de conservation des spécimens Deep frozen
Unités de conservation Entre (nombre minimal) 1 et (nombre maximal) 1 Ejemplar

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs bbedc129-ddc2-4651-b64d-f9d7666e4b74
http://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-IE001