Occurrence

Elaboración de la base de datos de la colección de cepas de bacterias fitopatógenas de la Dirección General de Sanidad Vegetal

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11 April 2024
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Description

El Centro Nacional de Referencia Fitosanitaria, del Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria (SENASICA), tiene la misión de preservar la sanidad vegetal de nuestro país. Para el área de diagnóstico, el centro cuenta con laboratorios especializados, entre los cuales se encuentra el laboratorio de Bacteriología La Colección Bacteriológica de la Dirección General de Sanidad Vegetal (CNRF-B-DGSV), se encuentra en estado inicial, por su importancia biológica y económica, las cepas que se tienen se han aislado de material vegetal de importación, así como recientemente de material nacional, son de importancia para la agricultura, por ser consideradas como plagas. Por su distribución y presencia en el territorio se les conoce como plagas de importancia económica, cuando no están presente en país se les nombra como plaga cuarentenada, siendo esta última la de mayor relevancia por el costo económico y como contaminante biológico. El aumento del intercambio de productos con otros países y la actividad turística, favorecen la posible entrada de plagas cuarentenadas, por consiguiente, es importante tener información relacionada con la biología, distribución, hospedantes, además de tener ejemplares debidamente identificados que sirvan como material de referencia o como consulta para los investigadores. La CNRF-B-DGSV cuenta con 25 cepas, de diverso origen. La forma de preservación de la colección es a través del uso de agua destilada estéril a temperatura ambiente, agua destilada estéril a 4°C y en medio de cultivo con aceite mineral. Con la intención de contribuir al conocimiento cada vez más preciso de las bacterias que afectan a los vegetales, sus productos y subproductos, la Dirección General de Sanidad Vegetal-SAGARPA, ha fijado las bases para establecer un Sistema de Diagnóstico Fitosanitario, cuyas acciones básicas es la caracterización de bacterias fitopatógenas y de aquí la importancia de una Colección de Cepas Bacterianas organizada para permitir un eficiente sistema de consulta. De ahí la importancia de crear una base de datos adecuada para facilitar la ubicación exacta de cada ejemplar y la información básica y esencial para corroboraciones posteriores de bacterias fitopatógenas. Para el desarrollo de la base de datos de la Colección Bacteriológica de la DGSV, por el número de ejemplares que la integran, el proyecto se desarrollara en cuatro etapas, Acervo de la Colección La colección cuenta hasta el momento con un total de 25 cepas bacterianas. La colección está enfocada principalmente a bacterias de importancia cuarentenaria y económica de origen nacional e internacional La Colección está compuesta por los siguientes géneros de importancias agrícola: Clavibacter Curtobacterium Dickeya Pantoea Pseudomonas Ralstonia Stenotrophomonas Xanthomonas

Reino: 1 Filo: 3 Clase: 3 Orden: 7 Familia: 8 Género: 19 Especie: 41 Epitetoinfraespecifico: 6

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'Hernández-Macías B. 2017. Elaboración de la base de datos de la colección de cepas de bacterias fitopatógenas de la Dirección General de Sanidad Vegetal. Colección CNRF-B. Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria (SENASICA). Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA). Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto JC004. Ciudad de México'

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Keywords

Occurrence; Bacterias; Occurrence

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Contacts

Bárbara Hernández Macías
  • Originator
Responsable
Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y AlimentaciónServicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad AgroalimentariaDirección General de Sanidad Vegetal
Guillermo Pérez Valenzuela # 127
04100 de México
Distrito Federal
MX
(55) 50 90 30 00 Ext. 51333
CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
  • Metadata Provider
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
14010 MÉXICO
Tlalpan
MX
50045000
https://www.gob.mx/conabio
Patricia Ramos Rivera
  • Point Of Contact
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
14010 México
Tlalpan
MX
50045000
https://www.gob.mx/conabio

Geographic Coverage

País: COLOMBIA País: COSTA RICA País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (CALIFORNIA, FLORIDA, GEORGIA, NEBRASKA, OREGON, WASHINGTON) País: MEXICO (BAJA CALIFORNIA, CAMPECHE, CHIAPAS, CHIHUAHUA, CIUDAD DE MEXICO, COLIMA, DISTRITO FEDERAL, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MICHOACAN DE OCAMPO, MORELOS, NAYARIT, NUEVO LEON, OAXACA, PUEBLA, QUINTANA ROO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TABASCO, TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, YUCATAN, ZACATECAS)

Bounding Coordinates South West [15.358, -109.91], North East [27.318, -87.046]

Taxonomic Coverage

Reino: Prokaryotae Filo: Proteobacteria, Actinobacteria, Tenericutes Clase: Gammaproteobacteria, Betaproteobacteria, Alphaproteobacteria Orden: Xanthomonadales, Actinomycetales, Pseudomonadales, Enterobacteriales, Burkholderiales, Rhizobiales, Entomoplasmatales Familia: Xanthomonadaceae, Microbacteriaceae, Pseudomonadaceae, Enterobacteriaceae, Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Rhizobiaceae, Spiroplasmataceae

Kingdom Prokaryotae
Phylum Proteobacteria, Actinobacteria, Tenericutes
Class Gammaproteobacteria, Betaproteobacteria, Alphaproteobacteria
Order Xanthomonadales, Actinomycetales, Pseudomonadales, Enterobacteriales, Burkholderiales, Rhizobiales, Entomoplasmatales
Family Xanthomonadaceae, Microbacteriaceae, Pseudomonadaceae, Enterobacteriaceae, Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Rhizobiaceae, Spiroplasmataceae
Genus Xanthomonas, Clavibacter, Pseudomonas, Pantoea, Burkholderia, Acidovorax, Rhizobium, Erwinia, Ralstonia, Curtobacterium, Tatumella, Dickeya, Serratia, Spiroplasma, Brenneria, Xylella, Gibbsiella, Pectobacterium, Stenotrophomonas
Species Xanthomonas fragariae, Pseudomonas marginalis, Pseudomonas aeruginosa, Xanthomonas axonopodis, Pantoea agglomerans, Pseudomonas fluorescens, Burkholderia cepacia, Acidovorax citrulli, Rhizobium radiobacter, Xanthomonas campestris, Pseudomonas viridiflava, Erwinia amylovora, Pantoea ananatis, Ralstonia solanacearum, Curtobacterium flaccumfaciens, Curtobacterium luteum, Pseudomonas argentinensis, Tatumella citrea, Dickeya chrysanthemi, Rhizobium rhizogenes, Xanthomonas albilineans, Xanthomonas arboricola, Pantoea anthophila, Xanthomonas translucens, Serratia marcescens, Spiroplasma citri, Pseudomonas syringae, Xanthomonas sacchari, Pseudomonas cichorii, Xanthomonas euvesicatoria, Pseudomonas taiwanensis, Xanthomonas melonis, Pseudomonas entomophila, Brenneria rubrifaciens, Pseudomonas rizosphaerae, Pantoea dispersa, Pectobacterium carotovorum, Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas lundensis, Pseudomonas putida, Spiroplasma kunkelii
Infraspecificname Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis, Pantoea stewartii subsp. stewartii, Pantoea stewartii subsp. indologenes, Xylella fastidiosa subsp. multiplex, Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa

Temporal Coverage

Start Date / End Date 1996-01-01 / 2016-07-27

Project Data

El Centro Nacional de Referencia Fitosanitaria, del Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria (SENASICA), tiene la misión de preservar la sanidad vegetal de nuestro país. Para el área de diagnóstico, el centro cuenta con laboratorios especializados, entre los cuales se encuentra el laboratorio de Bacteriología La Colección Bacteriológica de la Dirección General de Sanidad Vegetal (CNRF-B-DGSV), se encuentra en estado inicial, por su importancia biológica y económica, las cepas que se tienen se han aislado de material vegetal de importación, así como recientemente de material nacional, son de importancia para la agricultura, por ser consideradas como plagas. Por su distribución y presencia en el territorio se les conoce como plagas de importancia económica, cuando no están presente en país se les nombra como plaga cuarentenada, siendo esta última la de mayor relevancia por el costo económico y como contaminante biológico. El aumento del intercambio de productos con otros países y la actividad turística, favorecen la posible entrada de plagas cuarentenadas, por consiguiente, es importante tener información relacionada con la biología, distribución, hospedantes, además de tener ejemplares debidamente identificados que sirvan como material de referencia o como consulta para los investigadores. La CNRF-B-DGSV cuenta con 25 cepas, de diverso origen. La forma de preservación de la colección es a través del uso de agua destilada estéril a temperatura ambiente, agua destilada estéril a 4°C y en medio de cultivo con aceite mineral. Con la intención de contribuir al conocimiento cada vez más preciso de las bacterias que afectan a los vegetales, sus productos y subproductos, la Dirección General de Sanidad Vegetal-SAGARPA, ha fijado las bases para establecer un Sistema de Diagnóstico Fitosanitario, cuyas acciones básicas es la caracterización de bacterias fitopatógenas y de aquí la importancia de una Colección de Cepas Bacterianas organizada para permitir un eficiente sistema de consulta. De ahí la importancia de crear una base de datos adecuada para facilitar la ubicación exacta de cada ejemplar y la información básica y esencial para corroboraciones posteriores de bacterias fitopatógenas. Para el desarrollo de la base de datos de la Colección Bacteriológica de la DGSV, por el número de ejemplares que la integran, el proyecto se desarrollara en cuatro etapas, Acervo de la Colección La colección cuenta hasta el momento con un total de 25 cepas bacterianas. La colección está enfocada principalmente a bacterias de importancia cuarentenaria y económica de origen nacional e internacional La Colección está compuesta por los siguientes géneros de importancias agrícola: Clavibacter Curtobacterium Dickeya Pantoea Pseudomonas Ralstonia Stenotrophomonas Xanthomonas

Title Elaboración de la base de datos de la colección de cepas de bacterias fitopatógenas de la Dirección General de Sanidad Vegetal
Identifier SNIB-JC004-JC0041707F_SIB_2017.08.10-ND
Funding Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Study Area Description Bacterias NO DISPONIBLE no patógenas no patógenas y patógenas patógenas proteobacterias beta pseudomonadales

The personnel involved in the project:

Bárbara Hernández Macías
  • Content Provider

Collection Data

Collection Name Colección de Cepas de Bacterias Fitopatógenas;CNRF-B;Centro Nacional de Referencia Fitosanitaria, Dirección General de Sanidad Vegetal, Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria;CNRF-DGSV-SENASICA
Collection Identifier SNIB-JC004-JC0041707F_SIB_2017.08.10-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Specimen preservation methods
FreeMarker template error (HTML_DEBUG mode; use RETHROW in production!)

The following has evaluated to null or missing:
==> preservationMethods[item]  [in template "WEB-INF/pages/portal/resource_new.ftl" at line 966, column 59]

----
Tip: It's the final [] step that caused this error, not those before it.
----
Tip: If the failing expression is known to legally refer to something that's sometimes null or missing, either specify a default value like myOptionalVar!myDefault, or use <#if myOptionalVar??>when-present<#else>when-missing</#if>. (These only cover the last step of the expression; to cover the whole expression, use parenthesis: (myOptionalVar.foo)!myDefault, (myOptionalVar.foo)??
----

----
FTL stack trace ("~" means nesting-related):
	- Failed at: ${preservationMethods[item]?cap_first...  [in template "WEB-INF/pages/portal/resource_new.ftl" at line 966, column 57]
----

Java stack trace (for programmers):
----
freemarker.core.InvalidReferenceException: [... Exception message was already printed; see it above ...]
	at freemarker.core.InvalidReferenceException.getInstance(InvalidReferenceException.java:134)
	at freemarker.core.EvalUtil.coerceModelToTextualCommon(EvalUtil.java:481)
	at freemarker.core.EvalUtil.coerceModelToStringOrUnsupportedMarkup(EvalUtil.java:434)
	at freemarker.core.Expression.evalAndCoerceToStringOrUnsupportedMarkup(Expression.java:139)
	at freemarker.core.BuiltInForString.getTargetString(BuiltInForString.java:34)
	at freemarker.core.BuiltInForString._eval(BuiltInForString.java:29)
	at freemarker.core.Expression.eval(Expression.java:101)
	at freemarker.core.DefaultToExpression._eval(DefaultToExpression.java:96)
	at freemarker.core.Expression.eval(Expression.java:101)
	at freemarker.core.BuiltInForLegacyEscaping._eval(BuiltInForLegacyEscaping.java:33)
	at freemarker.core.Expression.eval(Expression.java:101)
	at freemarker.core.DollarVariable.calculateInterpolatedStringOrMarkup(DollarVariable.java:100)
	at freemarker.core.DollarVariable.accept(DollarVariable.java:63)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:383)
	at freemarker.core.IteratorBlock$IterationContext.executedNestedContentForCollOrSeqListing(IteratorBlock.java:291)
	at freemarker.core.IteratorBlock$IterationContext.executeNestedContent(IteratorBlock.java:271)
	at freemarker.core.IteratorBlock$IterationContext.accept(IteratorBlock.java:244)
	at freemarker.core.Environment.visitIteratorBlock(Environment.java:657)
	at freemarker.core.IteratorBlock.acceptWithResult(IteratorBlock.java:108)
	at freemarker.core.IteratorBlock.accept(IteratorBlock.java:94)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:347)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:353)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:353)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:353)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:353)
	at freemarker.core.Environment.visit(Environment.java:353)
	at freemarker.core.Environment.process(Environment.java:326)
	at freemarker.template.Template.process(Template.java:383)
	at org.apache.struts2.views.freemarker.FreemarkerResult.doExecute(FreemarkerResult.java:184)
	at org.apache.struts2.result.StrutsResultSupport.execute(StrutsResultSupport.java:206)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.executeResult(DefaultActionInvocation.java:375)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:279)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.DefaultWorkflowInterceptor.doIntercept(DefaultWorkflowInterceptor.java:179)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:99)
	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
	at org.gbif.ipt.struts2.CsrfLoginInterceptor.intercept(CsrfLoginInterceptor.java:91)
	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
	at com.opensymphony.xwork2.validator.ValidationInterceptor.doIntercept(ValidationInterceptor.java:263)
	at org.apache.struts2.interceptor.validation.AnnotationValidationInterceptor.doIntercept(AnnotationValidationInterceptor.java:49)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:99)
	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.ConversionErrorInterceptor.doIntercept(ConversionErrorInterceptor.java:142)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:99)
	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.ParametersInterceptor.doIntercept(ParametersInterceptor.java:140)
	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:99)
	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
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	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.ParametersInterceptor.doIntercept(ParametersInterceptor.java:140)
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	at org.apache.struts2.interceptor.MultiselectInterceptor.intercept(MultiselectInterceptor.java:67)
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	at org.apache.struts2.interceptor.DateTextFieldInterceptor.intercept(DateTextFieldInterceptor.java:133)
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	at com.opensymphony.xwork2.interceptor.ExceptionMappingInterceptor.intercept(ExceptionMappingInterceptor.java:196)
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	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
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	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
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	at com.google.inject.struts2.Struts2Factory$ProvidedInterceptor.intercept(Struts2Factory.java:236)
	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
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	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
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	at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:249)
	at org.apache.struts2.factory.StrutsActionProxy.execute(StrutsActionProxy.java:48)
	at org.apache.struts2.dispatcher.Dispatcher.serviceAction(Dispatcher.java:574)
	at org.apache.struts2.dispatcher.ExecuteOperations.executeAction(ExecuteOperations.java:79)
	at org.apache.struts2.dispatcher.filter.StrutsPrepareAndExecuteFilter.doFilter(StrutsPrepareAndExecuteFilter.java:141)
	at com.google.inject.servlet.FilterChainInvocation.doFilter(FilterChainInvocation.java:82)
	at org.gbif.ipt.struts2.CorsFilter.doFilter(CorsFilter.java:37)
	at com.google.inject.servlet.FilterChainInvocation.doFilter(FilterChainInvocation.java:82)
	at com.google.inject.servlet.ManagedFilterPipeline.dispatch(ManagedFilterPipeline.java:120)
	at com.google.inject.servlet.GuiceFilter.doFilter(GuiceFilter.java:133)
	at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:193)
	at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:166)
	at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:198)
	at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:96)
	at org.apache.catalina.authenticator.AuthenticatorBase.invoke(AuthenticatorBase.java:478)
	at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:140)
	at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke(ErrorReportValve.java:80)
	at org.apache.catalina.valves.AbstractAccessLogValve.invoke(AbstractAccessLogValve.java:624)
	at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke(StandardEngineValve.java:87)
	at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:342)
	at org.apache.coyote.http11.Http11Processor.service(Http11Processor.java:799)
	at org.apache.coyote.AbstractProcessorLight.process(AbstractProcessorLight.java:66)
	at org.apache.coyote.AbstractProtocol$ConnectionHandler.process(AbstractProtocol.java:861)
	at org.apache.tomcat.util.net.NioEndpoint$SocketProcessor.doRun(NioEndpoint.java:1455)
	at org.apache.tomcat.util.net.SocketProcessorBase.run(SocketProcessorBase.java:49)
	at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
	at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
	at org.apache.tomcat.util.threads.TaskThread$WrappingRunnable.run(TaskThread.java:61)
	at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)