Actualización de la Colección de Microorganismos de importancia acuática

Occurrence
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Descrição

La colección CAIM ya gozó de un proyecto de computarización por parte de la CONABIO (CC007). Durante este proyecto se computarizó la Colección, pero varias de las cepas (261) quedaron incompletas en su identificación. De las 1813 cepas (registros) faltan por identificar 210 (11.6 %) y otros 51 sólo están a nivel de género; además se han adquirido varios nuevos ejemplares. Para poder llevar a cabo la actualización de la base de datos (BIOTICA), uno de los objetivos que no se pudo satisfacer plenamente en la propuesta anterior, es necesario identificar esas cepas. Para cumplir con este objetivo, en la presenta propuesta se realizarán secuenciaciones de genes útiles ("housekeeping") para poder llegar a una identificación correcta de las cepas bacterianas faltantes. Debido a que éstos genes ya se encuentran secuenciados y disponibles en bases de datos públicas (GenBank), los resultados que se ajusten con una similitud muy elevada (superior al 97-98% para el caso del 16S rARN, por ejemplo), será el criterio para identificar la cepa como perteneciente a esa especie. En caso de que el índice de similitud sea menor, se catalogará como potencial nueva especie y sujeta a posterior análisis. Con estos datos, se actualizará la base de datos para reflejar estas nuevas determinaciones y adicionar las bacterias que se han adquirido recientemente.Reino: 1 Filo: 5 Clase: 4 Orden: 14 Familia: 22 Género: 39 Especie: 120 Epitetoinfraespecifico: 4

Registros de Dados

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Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Direitos

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O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: bc9f6237-f373-493a-a783-11b0c5eca844.  Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Biodiversity Information System of Mexico.

Palavras-chave

Occurrence; Bacterias; Occurrence

Dados externos

Os dados de recurso também estão disponíveis em outros formatos

SNIB-HA013-CSV.zip http://www.snib.mx/proyectos/HA013/SNIB-HA013-CSV.zip UTF-8 CSV
SNIB-HA013-BD.zip http://www.snib.mx/proyectos/HA013/SNIB-HA013-BD.zip UTF-8 MDB MicrosoftAccess2007

Contatos

Bruno Gómez Gil Rodríguez Sala
  • Originador
  • Responsable
Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo ACCoordinación de Acuicultura y Manejo Ambiental (Mazatlán, Sinaloa)
82100 Mazatlán
Sinaloa
MX
  • Tel 01(669) 989 8700 xt 245 o 221
CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
  • Provedor Dos Metadados
  • Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
  • Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
14010 MÉXICO
Tlalpan
MX
  • 50045000
Patricia Ramos Rivera
  • Ponto De Contato
  • Directora General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
  • Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
14010 México
Tlalpan
MX
  • 50045000

Cobertura Geográfica

País: País: ALEMANIA País: ARGENTINA (BUENOS AIRES) País: AUSTRALIA (NO DISPONIBLE, QUEENSLAND, TASMANIA, VICTORIA) País: BANGLADESH (DHAKA BIBHAG) País: BELGICA (FLEMISH) País: BRASIL (NO DISPONIBLE, SANTA CATARINA, SAO PAULO) País: CANADA País: CHILE País: CHINA (, SHANDONG, TAIWAN, ZHEJIANG) País: COLOMBIA País: COREA DEL SUR (, CHUNG-NAM, GYEONGGI, JEJUDO) País: DINAMARCA País: ECUADOR (GUAYAS) País: EGIPTO (SOUTH SINAI) País: ENGLAND País: ESPAÑA (, ANDALUCIA, CANARIAS, CATALUÑA, GALICIA, ILLES BALEARS, NAVARRA, VALENCIA, VALENCIANA) País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (, CALIFORNIA, CONNECTICUT, FLORIDA, GEORGIA, HAWAII, MARYLAND, MASSACHUSETTS, NEW YORK, NORTH CAROLINA, OHIO, OREGON, SOUTH CAROLINA, TEXAS, VIRGINIA, WASHINGTON) País: FRANCIA (, AQUITAINE, BASSE-NORMANDIE, BRETAGNE, CORSICA, LIMOUSIN, LORRAINE, POITOU-CHARENTES) País: GRECIA País: GUATEMALA (RETALHULEU) País: GUERNSEY (VALE) País: HOLANDA (ZUID-HOLLAND) País: INDIA (TAMIL NADU) País: INDONESIA País: IRAN (FARS) País: ISRAEL (, MERIDIONAL) País: ITALIA (CAMPANIA) País: JAPON (, HOKKAIDO, IWATE, KAGOSHIMA, KANAGAWA, KOCHI, NAGASAKI, SIZUOKA, TOKYO) País: MEXICO (, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, COLIMA, HIDALGO, NAYARIT, SINALOA, SONORA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE) País: NEW CALEDONIA País: NORUEGA (, HORDALAND) País: NUEVA ZELANDA (WELLINGTON) País: PAPUA NUEVA GUINEA País: PHILIPINES País: PORTUGAL País: REINO UNIDO (GREATER LONDON, WALES) País: SCOTLAND (HIGHLAND) País: TAILANDIA (, BANGKOK) País: TANZANIA (ZANZIBAR) País: WALES

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [14,279, -117,255], Norte Leste [32,867, -91,892]

Cobertura Taxonômica

Reino: Bacteria Filo: Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Tenericutes, Actinobacteria Clase: Gammaproteobacteria, Bacilli, Alphaproteobacteria, Flavobacteriia Orden: Vibrionales, Bacillales, Alteromonadales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Enterobacteriales, Aeromonadales, Rhizobiales, Oceanospirillales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Entomoplasmatales, Rhodobacterales, Actinomycetales Familia: Vibrionaceae, Bacillaceae, Alteromonadaceae, Staphylococcaceae, Shewanellaceae, Streptococcaceae, Moraxellaceae, Enterobacteriaceae, Enterococcaceae, Pseudoalteromonadaceae, Pseudomonadaceae, Aeromonadaceae, Brucellaceae, Oceanospirillaceae, Flavobacteriaceae, Halomonadaceae, Alcanivoracaceae, Caulobacteraceae, Micrococcaceae, Spiroplasmataceae, Rhodobacteraceae, Microbacteriaceae

Reino Bacteria
Filo Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Tenericutes, Actinobacteria
Class Gammaproteobacteria, Bacilli, Alphaproteobacteria, Flavobacteriia
Ordem Vibrionales, Bacillales, Alteromonadales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Enterobacteriales, Aeromonadales, Rhizobiales, Oceanospirillales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Entomoplasmatales, Rhodobacterales, Actinomycetales
Família Vibrionaceae, Bacillaceae, Alteromonadaceae, Staphylococcaceae, Shewanellaceae, Streptococcaceae, Moraxellaceae, Enterobacteriaceae, Enterococcaceae, Pseudoalteromonadaceae, Pseudomonadaceae, Aeromonadaceae, Brucellaceae, Oceanospirillaceae, Flavobacteriaceae, Halomonadaceae, Alcanivoracaceae, Caulobacteraceae, Micrococcaceae, Spiroplasmataceae, Rhodobacteraceae, Microbacteriaceae
Gênero Vibrio, Bacillus, Marinobacter, Photobacterium, Staphylococcus, Oceanobacillus, Shewanella, Streptococcus, Listonella, Psychrobacter, Escherichia, Exiguobacterium, Enterococcus, Alteromonas, Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Grimontia, Aeromonas, Pantoea, Agarivorans, Ochrobactrum, Marinomonas, Acinetobacter, Tenacibaculum, Enterobacter, Halomonas, Aliivibrio, Alcanivorax, Brevundimonas, Vagococcus, Micrococcus, Spiroplasma, Yersinia, Enterovibrio, Roseobacter, Salmonella, Edwardsiella, Microbacterium, Salinivibrio
Espécie Vibrio fortis, Vibrio alginolyticus, Vibrio harveyi, Bacillus safensis, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio ponticus, Vibrio campbellii, Vibrio mediterranei, Vibrio rotiferianus, Staphylococcus saprophyticus, Oceanobacillus sojae, Vibrio chagasii, Streptococcus iniae, Vibrio owensii, Vibrio crassostreae, Photobacterium damselae, Vibrio inusitatus, Listonella pelagia, Vibrio azureus, Vibrio cyclitrophicus, Vibrio coralliilyticus, Vibrio brasiliensis, Psychrobacter maritimus, Shewanella baltica, Vibrio communis, Photobacterium leiognathi, Bacillus tequilensis, Vibrio orientalis, Vibrio natriegens, Bacillus aryabhattai, Psychrobacter marincola, Photobacterium swingsii, Vibrio navarrensis, Vibrio proteolyticus, Vibrio splendidus, Vibrio kanaloae, Vibrio xuii, Escherichia coli, Vibrio ichthyoenteri, Bacillus infantis, Vibrio gigantis, Vibrio tubiashii, Shewanella xiamenensis, Oceanobacillus profundus, Exiguobacterium profundum, Vibrio sinaloensis, Staphylococcus gallinarum, Enterococcus hirae, Staphylococcus xylosus, Staphylococcus sciuri, Exiguobacterium mexicanum, Bacillus thioparans, Shewanella haliotis, Vibrio rumoiensis, Alteromonas macleodii, Pseudoalteromonas spongiae, Vibrio alfacsensis, Photobacterium indicum, Vibrio halioticoli, Vibrio cholerae, Pseudomonas beteli, Vibrio artabrorum, Vibrio vulnificus, Grimontia hollisae, Pseudomonas otitidis, Vibrio hepatarius, Vibrio neptunius, Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas hydrophila, Pantoea dispersa, Vibrio mimicus, Agarivorans albus, Ochrobactrum lupini, Vibrio nereis, Marinomonas communis, Vibrio fluvialis, Vibrio ordalii, Pseudomonas taiwanensis, Staphylococcus arlettae, Listonella anguillarum, Acinetobacter baumannii, Photobacterium lutimaris, Aeromonas punctata, Pseudoalteromonas piscicida, Pseudoalteromonas prydzensis, Tenacibaculum mesophilum, Enterobacter cloacae, Halomonas alimentaria, Bacillus circulans, Vibrio cincinnatiensis, Shewanella loihica, Aliivibrio fischeri, Alcanivorax dieselolei, Bacillus cereus, Photobacterium gaetbulicola, Photobacterium jeanii, Acinetobacter schindleri, Brevundimonas terrae, Enterococcus gallinarum, Vagococcus lutrae, Micrococcus yunnanesis, Vibrio diabolicus, Aliivibrio logei, Spiroplasma penaei, Enterobacter hormaechei, Yersinia enterocolitica, Vibrio aestuarianus, Enterovibrio nigricans, Vibrio gazogenes, Vibrio pomeroyi, Vibrio rarus, Enterovibrio norvegicus, Edwardsiella tarda, Aeromonas veronii, Aeromonas jandaei, Pseudomonas anguilliseptica, Microbacterium paraoxydans, Pseudomonas mosselii, Photobacterium angustum
Infraspecificname Photobacterium damselae subsp. damselae, Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila, Salmonella enterica subsp. enterica, Salinivibrio costicola subsp. vallismortis

Cobertura Temporal

Data Inicial / Data final 1964-09-08 / 2011-02-17

Dados Sobre o Projeto

La colección CAIM ya gozó de un proyecto de computarización por parte de la CONABIO (CC007). Durante este proyecto se computarizó la Colección, pero varias de las cepas (261) quedaron incompletas en su identificación. De las 1813 cepas (registros) faltan por identificar 210 (11.6 %) y otros 51 sólo están a nivel de género; además se han adquirido varios nuevos ejemplares. Para poder llevar a cabo la actualización de la base de datos (BIOTICA), uno de los objetivos que no se pudo satisfacer plenamente en la propuesta anterior, es necesario identificar esas cepas. Para cumplir con este objetivo, en la presenta propuesta se realizarán secuenciaciones de genes útiles ("housekeeping") para poder llegar a una identificación correcta de las cepas bacterianas faltantes. Debido a que éstos genes ya se encuentran secuenciados y disponibles en bases de datos públicas (GenBank), los resultados que se ajusten con una similitud muy elevada (superior al 97-98% para el caso del 16S rARN, por ejemplo), será el criterio para identificar la cepa como perteneciente a esa especie. En caso de que el índice de similitud sea menor, se catalogará como potencial nueva especie y sujeta a posterior análisis. Con estos datos, se actualizará la base de datos para reflejar estas nuevas determinaciones y adicionar las bacterias que se han adquirido recientemente.

Título Actualización de la Colección de Microorganismos de importancia acuática
Identificador SNIB-HA013-HA0131301F_corregida-ND
Financiamento Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Descrição da Área de Estudo Bacterias no patógenas no patógenas y patógenas patógenas

O pessoal envolvido no projeto:

Bruno Gómez Gil Rodríguez Sala
  • Content Provider

Dados de Coleção

Nome da Coleção Colección de Microorganismos de Importancia Acuática;CAIM;Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo A. C.;CIAD
Identificador da Coleção SNIB-HA013-HA0131301F_corregida-ND
Identificador da Coleção Parental NO APLICA
Unidades de Curadoria Entre 1 e 1.311 Ejemplar

Metadados Adicionais

Identificadores alternativos bc9f6237-f373-493a-a783-11b0c5eca844
https://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-HA013