Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación

Registro biológico
Última versión publicado por Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad el abr 1, 2025 Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad

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Descripción

México es centro de origen y diversificación del género Cucurbita. Dentro de sus límites geográficos se encuentran 15 taxa del género, de los cuales 5 son endémicos de México y otros 5 son taxa domesticados. Sin embargo, estos taxa habían sido poco estudiados desde el punto de vista genético hasta antes del desarrollo de la primera fase del presente proyecto. Durante la primera fase del proyecto se realizaron avances considerables en el análisis filogenético de todos los taxa (excepto C. radicans), así como en estudios poblacionales de tres taxa domesticados (C. argyrosperma ssp. argyrosperma, C. moschata y C. pepo ssp. pepo) y sus parientes silvestres más cercanos (C. argyrosperma ssp. sororia y C. pepo ssp. fraterna). De acuerdo con estos análisis, la diversificación del grupo ocurrió durante el Pleistoceno, siendo los grupos xerofíticos perennes los más basales y observándose una progresión de norte a sur en el área de distribución de los grupos. Adicionalmente, se detectaron niveles de variación genética considerable en los taxa domesticados y señales de flujo génico entre C. argyrosperma ssp. argyrosperma y el taxa silvestre C. argyrosperma ssp. sororia. Por otra parte, se ha avanzado considerablemente en el ensamble y anotación de los genomas de C. argyrosperma ssp. argyrosperma, C. argyrosperma ssp. sororia y C. moschata; datos que permitirán identificar regiones genómicas asociadas con el síndrome de domesticación y con la respuesta a distintas condiciones ambientales. En la presente fase del proyecto se obtendrán datos moleculares de regiones de mitocondria, cloroplasto y microsatélites nucleares para complementar los datos obtenidos durante la primera fase del proyecto en las especies cultivadas y sus parientes cercanos. Además, se obtendrán SNPs con el método tGBS para todas las especies del género distribuidas en México y se secuenciarán y analizarán genomas tanto de taxa domesticados como silvestres con el objetivo de: 1) Estudiar detalladamente la diversidad genética de las especies de Cucurbita que crecen en México y su relación con variables climáticas, incluyendo aspectos genómicos a nivel población; y 2) Avanzar en el estudio genómico de diferentes especies de Cucurbita y sus comparaciones en términos de evolución molecular. Se realizarán análisis de genética y genómica de poblaciones, así como filogenia y filogeografía de taxa silvestres y domesticados y de adaptación local para profundizar en la compresión del proceso de domesticación de las especies del género Cucurbita, su biogeografía y demografía histórica y relaciones de ancestría-descendencia entre especies silvestres y domesticadas. También se van a llevar a cabo análisis de genómica comparativa, que permitan avanzar en la comprensión de los cambios genómicos asociados al síndrome de domesticación y adaptación a distintas condiciones ambientales.Reino: 1 Filo: 1 Clase: 1 Orden: 1 Familia: 1 Género: 2 Especie: 9 Epitetoinfraespecifico: 6

Registros

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Versiones

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Derechos

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Registro GBIF

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Palabras clave

Occurrence; Plantas; Occurrence

Datos externos

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Contactos

Rafael Lira Saade
  • Originador
  • Responsable
Universidad Nacional Autónoma de MéxicoFacultad de Estudios Superiores IztacalaDivisión de Investigación y PosgradoUnidad de Biotecnología y Prototipos
54090 Tlalnepantla
Estado de México
MX
  • Tel 5623 1333 ext. 39780 Fax 5623 1193
CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
  • Proveedor De Los Metadatos
  • Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
  • Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
14010 MÉXICO
Tlalpan
MX
  • 50045000
Patricia Ramos Rivera
  • Punto De Contacto
  • Directora General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
  • Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
14010 México
Tlalpan
MX
  • 50045000

Cobertura geográfica

País: MEXICO (AGUASCALIENTES, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, CAMPECHE, CHIAPAS, CHIHUAHUA, CIUDAD DE MEXICO, COAHUILA DE ZARAGOZA, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MICHOACAN DE OCAMPO, MORELOS, NAYARIT, NUEVO LEON, OAXACA, PUEBLA, QUERETARO, QUINTANA ROO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TABASCO, TAMAULIPAS, TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, YUCATAN, ZACATECAS)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [15,918, -114,123], Latitud Máxima Longitud Máxima [31,293, -87,733]

Cobertura taxonómica

Reino: Plantae Filo: Tracheophyta Clase: Magnoliopsida Orden: Cucurbitales Familia: Cucurbitaceae

Reino Plantae
Filo Tracheophyta
Class Magnoliopsida
Orden Cucurbitales
Familia Cucurbitaceae
Género Cucurbita, Apodanthera
Especie Cucurbita moschata (calabaza de castilla, calabacita amarilla, calabacita italiana, calabaza, calabaza amarilla, calabaza de bola, calabaza de castilla, calabaza de pellejo, calabaza melón, calabaza pipiana, calabaza samalayota, calabaza tamalayota (Zapoteco), calabaza támala, chicamita, flor de calabaza, jogamu (Otomí), k'uum (Maya), macú-te (Huichol), melocotón, nipishi' (Totonaco), nipshi (Totonaco), sequaloa, sikil-k'um (Maya), tamalayoxóchitl (Náhuatl), ts'ol (Maya), ts'umu (Otomí), xete (Zapoteco)), Cucurbita lundelliana (calabacita, calabacilla de monte, calabacita, xbon dzek (Maya), xburut (Maya)), Cucurbita foetidissima (calabacilla loca, oreja de burro, aala, aisiki arisi, alidimai, ara chiki, calabacilla, calabacilla amarga, calabacilla de burro, calabacilla loca, calabacilla silvestre, calabaza, calabaza amargosa, calabaza de burro, calabaza del diablo, calabaza hedionda, calabaza silvestre, chichicamole, chilacayote (Náhuatl), cua-aua (Chontal de Oaxaca), gueeto-lana (Zapoteco), hierba de la víbora, meloncillo), Cucurbita radicans (calabaza cimarrona, calabacilla, calabaza de coyote, chichicamole, meloncillo, yutmú (Otomí)), Cucurbita ficifolia (chilacayote, calabacilla, calabacita, calabaza, calabaza de agua, calabaza melón, calabaza spaguetti, chilacayota (Náhuatl), chilacayote (Náhuatl), chilacayote blanco, chilacayote de cajete, chilacayote de temporal, chilacayote verde, cidra cayote, cidracayote, cyutsi'i (Mixe), gueeto-xiu (Zapoteco), gueto-xembé (Zapoteco), guito-shembe (Zapoteco), guitu-xembe (Zapoteco), ka'y (Totonaco), ka'ya' (Totonaco), kyutsi'i (Mixe), ma-cúa (Chinanteco), mail, meloncillo, mon-a-ua (Chontal de Oaxaca), ndëmi'i (Mazahua), silacayote (Náhuatl), t'scatsu (Tarasco), ticati (Tarasco), ticatsa (Tarasco), ticatz (Tarasco), ticotz (Tarasco), tikatsu (Tarasco), tzalacajoj (Náhuatl), tziquilayojtli (Náhuatl)), Cucurbita cordata (melon de coyote, calabacilla amarga, melón cimarrón), Cucurbita pedatifolia (tetele, calabacilla, calabacilla cimarrona, torito), Cucurbita digitata (calabacilla, chilacayota (Náhuatl), chilacayote (Náhuatl), melón de coyote, sangre de cristo), Apodanthera undulata (arco negro, calabaza hedionda, chulub (Maya), ebano, gubaguinashi (Zapoteco), guye-biche (Zapoteco), lan-uo-shé (Chontal de Oaxaca), matagallina, melón de coyote, melón loco, palo de arco, palo de arco negro, palo mata gallina)
Infraspecificname Cucurbita argyrosperma subsp. sororia (ahuachichi, calabacilla, calabaza de coyote, chicayote, tecomachichi, aguachichi (Náhuatl), agualaxtle, aguichichi (Náhuatl), ahuaxtle, almochete, calabacilla, calabaza amarga, calabaza de burro, calabaza de caballo, calabaza de coyote, chamaco, chicayota (Náhuatl), chichicayota (Náhuatl), chichicayote (Náhuatl), chichicoyota (Náhuatl), coloquinto, coyote, guedu laac, moriche, sicayota (Náhuatl), tecomachichi, tolenche (Náhuatl), tololonche (Náhuatl), tolonche (Náhuatl), tolonchi (Náhuatl)), Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma (arota, chigua, chompa, kuum, patipona, pipiana, calabaza, calabaza criolla, calabaza de casco, calabaza de pepita gruesa, calabaza pinta, calabaza tupona, chiua, chuma, nipxi (Totonaco), pipian, salayota, tecomata, temprana, xka', xtop', zapoma), Cucurbita maxima subsp. maxima (kabocha, semilla blanca, calabacita banana, calabacita de bola, calabacita de castilla, calabaza, calabaza criolla, calabaza de castilla, calabaza pepita, calabaza tamala, calabaza tamalayota (Zapoteco), gueeto goo (Zapoteco), gueto-guu (Zapoteco), guito-gu (Zapoteco), is-k'um (Maya), k'um (Maya), noh-k'um (Maya), queeto-coo (Zapoteco), tamalayota, uajpada (Cuicateco), ualama (Cuicateco), xigaba (Zapoteco)), Cucurbita pepo subsp. pepo (calabacita, calabaza, calabaza de castilla, calabaza de comer, calabaza de temporal, güiche (Zapoteco), huiche (Zapoteco), shikin-iñu (Mixteco)), Cucurbita pepo subsp. fraterna (calabacilla loca, calabacilla, calabacilla loca, calabaza amarga, calabaza amargosa), Cucurbita okeechobeensis subsp. martinezii (calabacilla, calabacilla de monte)

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2013-12-08 / 2020-01-04

Datos del proyecto

México es centro de origen y diversificación del género Cucurbita. Dentro de sus límites geográficos se encuentran 15 taxa del género, de los cuales 5 son endémicos de México y otros 5 son taxa domesticados. Sin embargo, estos taxa habían sido poco estudiados desde el punto de vista genético hasta antes del desarrollo de la primera fase del presente proyecto. Durante la primera fase del proyecto se realizaron avances considerables en el análisis filogenético de todos los taxa (excepto C. radicans), así como en estudios poblacionales de tres taxa domesticados (C. argyrosperma ssp. argyrosperma, C. moschata y C. pepo ssp. pepo) y sus parientes silvestres más cercanos (C. argyrosperma ssp. sororia y C. pepo ssp. fraterna). De acuerdo con estos análisis, la diversificación del grupo ocurrió durante el Pleistoceno, siendo los grupos xerofíticos perennes los más basales y observándose una progresión de norte a sur en el área de distribución de los grupos. Adicionalmente, se detectaron niveles de variación genética considerable en los taxa domesticados y señales de flujo génico entre C. argyrosperma ssp. argyrosperma y el taxa silvestre C. argyrosperma ssp. sororia. Por otra parte, se ha avanzado considerablemente en el ensamble y anotación de los genomas de C. argyrosperma ssp. argyrosperma, C. argyrosperma ssp. sororia y C. moschata; datos que permitirán identificar regiones genómicas asociadas con el síndrome de domesticación y con la respuesta a distintas condiciones ambientales. En la presente fase del proyecto se obtendrán datos moleculares de regiones de mitocondria, cloroplasto y microsatélites nucleares para complementar los datos obtenidos durante la primera fase del proyecto en las especies cultivadas y sus parientes cercanos. Además, se obtendrán SNPs con el método tGBS para todas las especies del género distribuidas en México y se secuenciarán y analizarán genomas tanto de taxa domesticados como silvestres con el objetivo de: 1) Estudiar detalladamente la diversidad genética de las especies de Cucurbita que crecen en México y su relación con variables climáticas, incluyendo aspectos genómicos a nivel población; y 2) Avanzar en el estudio genómico de diferentes especies de Cucurbita y sus comparaciones en términos de evolución molecular. Se realizarán análisis de genética y genómica de poblaciones, así como filogenia y filogeografía de taxa silvestres y domesticados y de adaptación local para profundizar en la compresión del proceso de domesticación de las especies del género Cucurbita, su biogeografía y demografía histórica y relaciones de ancestría-descendencia entre especies silvestres y domesticadas. También se van a llevar a cabo análisis de genómica comparativa, que permitan avanzar en la comprensión de los cambios genómicos asociados al síndrome de domesticación y adaptación a distintas condiciones ambientales.

Título Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación
Identificador SNIB-PE001-PE0012111F_SIB.2022.05.19-ND
Fuentes de Financiación Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Descripción del área de estudio Plantas con flores como begonias, calabazas, chayotes, melones, pepinos, sandías

Personas asociadas al proyecto:

Rafael Lira Saade
  • Content Provider
Salvador Montes Hernández
  • Principal Investigator

Datos de la colección

Nombre de la Colección Banco de Semillas;FESI;Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México;FESI-UNAM
Identificador de la Colección SNIB-PE001-PE0012111F_SIB.2022.05.19-ND
Identificador de la Colección Parental NO APLICA
Unidades curatoriales Entre 1 y 222 Ejemplar

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos 2d3327e9-2d4e-4471-a4c0-a0ffc02a5201
https://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-PE001