Description
Los códigos de barras genéticos consisten en secuencias cortas y estandarizadas de DNA que permiten la identificación de las especies de organismos conocidas y el descubrimiento de especies desconocidas. A diferencia de muchos animales (y otros eucariontes) para los que el gen mitocondrial CO1 es fácil de secuenciar y altamente informativo, las plantas terrestres presentan problemas particulares para la selección de un código de barras. Esto se debe a la baja tasa de substitución y la frecuencia de rearreglos del genoma mitocondrial. También existen problemas debidos a poliploidía y paralogía en los genes nucleares. Aunque existe consenso en que el genoma del cloroplasto es la fuente más prometedora de códigos de barras genéticos para plantas, la tasa de evolución relativamente baja de muchos genes de plástidos hace necesaria la concatenación de varias secuencias para incrementar la resolución. En este proyecto se generarán códigos de barras de DNA de cloroplasto de 319 ejemplares de c. 170 especies pertenecientes a nueve familias de plantas vasculares de gran relevancia biológica, ecológica, económica y cultural en México, incluyendo Agavaceae, Cactaceae, Crassulaceae, Cupressaceae, Orchidaceae, Pinaceae, Podocarpaceae y Taxaceae. En la selección de los grupos de estudio se priorizaron los taxones listados en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-ECOL-2001. Los códigos propuestos consistirán de secuencias concatenadas de cuatro regiones en total. Candidatos por evaluar incluyen las regiones codificantes de los genes matK, rbcL y rpoC1, y los espaciadores intergénicos trnH-psbA, psbK-psbI y dos más hipervariables por definir en el curso de este estudio.
Reino: 1 Filo: 1 Clase: 1 Orden: 7 Familia: 8 Género: 61 Subgénero: 4 Especie: 163 Epitetoinfraespecifico: 4
Data Records
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'Gernandt D., G. Salazar, F. Vergara, S. Arias, V. Sosa, A. García, J. Reyes, L. Cabrera y P. Rosas. 2011. Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México. Instituto de Ecología. Instituto de Biología. Universidad Nacional Autónoma de México. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto GE021. México, D. F.'
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Keywords
Occurrence; Plantas; Occurrence
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Contacts
- Originator
- Metadata Provider
- Point Of Contact
Geographic Coverage
País: EL SALVADOR (CHALATENANGO, SANTA ANA, SONSONATE) País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (OREGON) País: GUATEMALA (ALTA VERAPAZ, GUATEMALA, SONSONATE) País: MEXICO (AGUASCALIENTES, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, CHIAPAS, CHIHUAHUA, CIUDAD DE MEXICO, COAHUILA DE ZARAGOZA, DISTRITO FEDERAL, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MORELOS, NAYARIT, NUEVO LEON, OAXACA, PUEBLA, QUERETARO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TAMAULIPAS, TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, ZACATECAS)
| Bounding Coordinates | South West [13.872, -116.811], North East [32.557, -89.552] |
|---|
Taxonomic Coverage
Reino: Plantae Filo: Tracheophyta Clase: Equisetopsida Orden: Asparagales, Saxifragales, Ephedrales, Pinales, Araucariales, Cupressales, Caryophyllales Familia: Asparagaceae, Crassulaceae, Orchidaceae, Ephedraceae, Pinaceae, Podocarpaceae, Cupressaceae, Cactaceae
| Kingdom | Plantae |
|---|---|
| Phylum | Tracheophyta |
| Class | Equisetopsida |
| Order | Asparagales, Saxifragales, Ephedrales, Pinales, Araucariales, Cupressales, Caryophyllales |
| Family | Asparagaceae, Crassulaceae, Orchidaceae, Ephedraceae, Pinaceae, Podocarpaceae, Cupressaceae, Cactaceae |
| Genus | Agave, Yucca, Echeveria, Rhynchostele, Encyclia, Beschorneria, Ephedra, Pinus, Eurystyles, Furcraea, Sedum, Lepanthes, Oncidium, Manfreda, Galeoglossum, Podocarpus, Sobralia, Abies, Callitropsis, Mammillaria, Laelia, Cumarinia, Mormodes, Rossioglossum, Graptopetalum, Ariocarpus, Corallorhiza, Cyrtochiloides, Bletia, Galeandra, Prosthechea, Taxodium, Clowesia, Papperitzia, Helleriella, Pseudogoodyera, Ortegocactus, Trichopilia, Acharagma, Vanilla, Juniperus, Echinocactus, Tacitus, Lycaste, Epidendrum, Pelexia, Cuitlauzina, Sigmatostalix, Polianthes, Picea, Phragmipedium, Lophophora, Astrophytum, Cypripedium, Masdevallia, Pseudotsuga, Coelia, Geohintonia, Echinocereus, Echinomastus, Plectrophora |
| Subgenus | Agave, Pinus, Littaea, Strobus |
| Species | Agave (Agave) vizcainoensis (maguey, maguey de El Vizcaíno), Yucca lacandonica, Echeveria longissima, Rhynchostele rossii, Encyclia adenocaula, Echeveria setosa, Beschorneria calcicola (ahuimo mixteco), Ephedra compacta (canutillo, cañatilla, comida de víbora, pitamo real, retama real, sanguinaria, tepopote), Pinus (Pinus) attenuata (pino), Eurystyles borealis, Furcraea guatemalensis (ishté (Tojolabal), maguey, maguey cimarrón, ojoyó (Zoque)), Sedum tortuosum, Lepanthes tenuiloba, Oncidium suttonii, Pinus (Pinus) contorta (pino, pino de San Pedro Mártir), Agave (Littaea) striata (estoquillo, maguey, maguey espadín, palmita, peinecillo), Manfreda nanchititlensis (amole de Nanchititla), Rhynchostele aptera, Manfreda guttata, Agave (Littaea) chiapensis (maguey, maguey chamula), Manfreda longiflora, Galeoglossum thysanochilum, Rhynchostele maculata, Galeoglossum cactorum, Podocarpus matudae (cedro blanco, jarilla, lengua de pájaro, olivo, palmilla, palmillo, palmito, peinecillo, sabino), Furcraea pubescens, Echeveria derenbergii, Rhynchostele cervantesii (lirio, mariposa, tigrillo), Sobralia macdougallii, Agave (Littaea) parviflora (amole, maguey, tauta), Abies hickelii, Callitropsis lusitanica (cedro, cedro blanco, cedro rojo, ciprés, pino, sabino, sësa'na (Mazahua), tatzcanti (Náhuatl), táscate), Mammillaria huitzilopochtli (biznaga, biznaga del dios sol y guerra), Rhynchostele cordata (manuelitos, odontoglossum acorazonado, tigrillas), Laelia superbiens (candelaria de la vara larga, flor de la candelaria, laelia de San José, lirios, palo de águila, tanal), Beschorneria rigida, Laelia speciosa (chichiltepetzacuxóchitl (Náhuatl), deuntzá (Otomí), flor de corpus, itzamacua (Tarasco), juritzquiri-tzitzica (Tarasco), lirio), Laelia anceps (camote de San Diego, flor de todos los santos, lipa-nish-nopf-ni (Chontal de Oaxaca), lirio, tekxochitl (Náhuatl), tzicxóchitl (Náhuatl), vara de San Diego), Cumarinia odorata (biznaga, biznaga olorosa, biznaga partida olorosa), Mormodes sotoana, Rossioglossum splendens, Graptopetalum macdougallii, Ariocarpus kotschoubeyanus (biznaga maguey, biznaga maguey pata de venado, falso peyote, pata de venado, peyote, pezuña de venado), Agave (Littaea) titanota (maguey, maguey del sol), Mammillaria crucigera (biznaga con espinas en cruz, biznaguita), Corallorhiza striata, Cyrtochiloides ochmatochila (oncidium de abanico), Callitropsis forbesii (ciprés, ciprés Guadalupe, ciprés brillante, ciprés de Tecate, ciprés negro), Oncidium oliganthum, Bletia urbana (chautle (Náhuatl)), Galeandra greenwoodiana, Corallorhiza maculata, Ariocarpus agavoides (biznaga maguey pequeño, magueycito, magueyito), Sedum torulosum, Prosthechea chondylobulbon (conchitas), Taxodium mucronatum (ahoehuetl (Náhuatl), ahuéhuetl (Náhuatl), cedro, chuche (Huasteco), ciprés, hauoli (Guarijío), jahuolí (Guarijío), jauolí (Guarijío), matéoco (Tarahumara), penhamu (Tarasco), penjamu (Tarasco), quitsincui (Zoque), sabino, t-nuyucul (Mixteco), tnuyucu (Mixteco), ya'ayitz (Zapoteco), yaga-chichicina (Zapoteco), yaga-guichi-ciña (Zapoteco), yaga-quichi (Zapoteco), yaga-quichiciña (Zapoteco), yagachicina (Zapoteco), yucun-datura (Zapoteco), árbol de Sta. María del tule, árbol del tule), Prosthechea vitellina (manuelitos, toalxóchitl (Náhuatl), uts pîj (Mixe)), Oncidium sotoanum, Laelia crawshayana (lirio), Ariocarpus trigonus (biznaga maguey chautle, chaute, chautle (Náhuatl)), Echeveria coccinea, Clowesia rosea, Manfreda pubescens, Papperitzia leiboldii, Helleriella nicaraguensis, Prosthechea citrina (aróracua (Tarasco), azucena amarilla, costicoatexóchitl (Náhuatl), costictexóchitl (Náhuatl), orquídea hojas de cebolla, tatzingueni (Purépecha)), Echeveria kimnachii, Pinus (Strobus) maximartinezii (pino, pino azul, piñonero de Zacatecas, piñón, piñón real), Sedum craigii, Pseudogoodyera pseudogoodyeroides, Ortegocactus macdougallii (biznaga pistache de chico ortega), Trichopilia galeottiana, Acharagma aguirreana, Trichopilia tortilis, Pinus (Pinus) radiata (pino, pino de Monterrey, pino radiata), Galeoglossum tubulosum, Ariocarpus fissuratus (biznaga peyotillo, chaute, chautle (Náhuatl), falso peyote, hikuli sunamé (Tarahumara), híkuli sunami (Tarahumara), peyote, peyote cimarrón, suname (Tarahumara), sunami (Tarahumara), tzuwiri (Tarahumara)), Vanilla parviflora, Pinus (Strobus) johannis (pino, pino piñonero, piñón), Juniperus deppeana (aorí (Tarahumara), cedro, cedro blanco, cedro chino, cedro de incienso, ciprés, enebro, junípero, sabino, táscate), Echinocactus parryi (barrilito, biznaga tonel del lago guzmán), Tacitus bellus, Corallorhiza odontorhiza, Juniperus monticola (cedro, cedro blanco, cedro colorado, ciprés, enebro, enebro azul, sabino), Agave petrophila (maguey), Lycaste crinita, Mammillaria candida (biznaga cabeza de viejo, biznaga de Ortiz-Rubio, bola de nieve, cabeza de viejo, viejita, viejito), Mammillaria sanchez-mejoradae (biznaga de Sánchez-Mejorada, biznaguita), Pinus (Strobus) flexilis (pino, pino enano, pino prieto, pino torcido), Prosthechea pseudopygmaea, Agave (Littaea) polianthiflora (maguey), Epidendrum parkinsonianum (baros, lirio, lirio pata de gallo, lirio pata de paloma, pata de gallo, pata de paloma), Pelexia funckiana, Echeveria amphoralis, Echeveria elegans, Epidendrum lowilliamsii, Cuitlauzina pendula (chorrito, cola de borrego, cuitlauzina perfumada, pozolillo, uts pîj (Mixe)), Manfreda potosina (amole cenizo), Rossioglossum williamsianum, Manfreda maculata, Sigmatostalix mexicana (sigmatostalix mexicano), Oncidium sphacelatum (anis nikte' (Español-Maya), flor de la santa cruz, flor de mayo, mayitos, zuch´ zuch´ jaz (Tseltal)), Polianthes graminifolia, Agave (Littaea) stricta (maguey), Oncidium incurvum (angelitos), Corallorhiza bulbosa, Sedum suaveolens, Picea chihuahuana (pinabete, pinabete de Nuevo Léon, pinabete espinoso, pinabeto), Laelia furfuracea (flor de nochebuena, gihtsl (Mixteco), ita achaca (Mixteco), ita nchaca (Mixteco), ita ndeka morada (Mixteco), laelia de muertos, lirio de San Francisco, monja), Epidendrum dorsocarinatum, Corallorhiza macrantha, Oncidium suave, Vanilla pompona (platanillo, plátano vainilla, segne-xeute (Totonaco), vainilla, vainilla boba, vainilla pompona, vainillán, vainillón), Mormodes pardalinata, Echeveria laui, Manfreda variegata, Phragmipedium exstaminodium (tanal de bigotes), Yucca carnerosana (palma, palma barreta, palma de San José, palma de San Pedro, palma de ixtle, palma loca, yuca), Lophophora williamsii (bacánoc (Tarahumara), beyo (Otomí), biznaga, botones de mescal, camaba (Tepehuano del sur), chice (Cora), chíeé (Cora), curi (Cora), el capullo, el resplandeciente, hicori (Huichol), hicouri (Tarahumara), hikule waname (Huichol), hikuli (Huichol), hikuli walula saeliami (Huichol), ho (Mescalero-Chiricahua Apache), houanamé (Tarahumara), huanamé (Tarahumara), huatari (Cora), hícore (Huichol), hículi, hícuri (Huichol), híkoli (Tarahumara), híkori (Tarahumara), híkuli (Tarahumara), híkuli huanamé (Tarahumara), híkuli walúla (Tarahumara), icuri (Cora), jicore (Huichol), jicori (Huichol), jicule (Huichol), jiculi (Huichol), jiculi huanamé (Tarahumara), jicure (Huichol), jicuri (Huichol), jicurite (Huichol), jikuhl sik (Tepehuano del sur), joutouri (Tarahumara), jícoe, jícoli (Tarahumara), jícori, jíkuli (Tarahumara), jíkuri (Tarahumara), kamaba (Tepehuano del sur), kamba (Tepehuano del sur), meca, mezcal, pejote, pellote, peote, peyori, peyot, peyote, peyote seni, peyotl (Náhuatl), peyule, peyull, pezote, piote, piotl, piule, raíz diabólica, rhaitoumuanitari-hikuri (Huichol), saelíami (Tarahumara), señi, tuna de tierra, tzinouritehua-hikuri (Huichol), venado divino, xicora (Huichol), xicori (Huichol)), Pinus (Strobus) remota (pino, piñón de Catarina), Mormodes luxata, Astrophytum caput-medusae (medusa), Cypripedium irapeanum (flor de calavera, flor del pelícano, pichahuastle (Náhuatl), pichehuastle (Náhuatl), pipixihuatli (Náhuatl), pisahuastle (Náhuatl)), Echeveria globulosa, Abies vejarii, Yucca mixtecana, Prosthechea cochleata (am (Maya), araña, conchita, flor de concha, lirio, pulpito), Lycaste aromatica (canela, canela ornamental, canelita, flor de canela, torito), Pinus (Strobus) quadrifolia (pino, pino piñonero, piñonero, piñón, piñón bueno, piñón de California), Masdevallia tuerckheimii, Clowesia thylaciochila, Epidendrum raniferum (lluvia de estrellas), Furcraea parmentieri, Agave (Agave) lurida, Pseudotsuga menziesii (abeto, abeto Douglas, acahuite, cahuite, falso abeto, hayarín, hayarín colorado, oyamel, oyamel colorado, oyamel de barranca, pinabete, romerillo), Coelia macrostachya, Oncidium pollardii, Oncidium poikilostalix, Graptopetalum saxifragoides, Eurystyles auriculata, Sedum frutescens (siempreviva), Galeandra batemanii, Coelia densiflora, Geohintonia mexicana (biznaga del yeso), Graptopetalum grande, Mormodes nagelii, Cypripedium molle, Sedum platyphyllum, Echinocereus delaetii (alicoche viejo chaparro, viejito), Echeveria purpusiorum, Echinomastus unguispinus (biznaga, biznaga bola de espinas de garra, nido de pájaro), Agave (Littaea) dasylirioides (maguey, maguey intrépido), Echeveria secunda (conchita, oreja de ratón, siempre viva), Prosthechea brassavolae, Echeveria shaviana, Oncidium ornithorhynchum, Beschorneria tubiflora, Helleriella guerrerensis, Phragmipedium humboldtii, Prosthechea karwinskii (ita ndeka (Mixteco), orquídea hojas de cebolla), Plectrophora alata, Graptopetalum fruticosum, Echeveria moranii |
| Infraspecificname | Echeveria setosa var. deminuta, Echeveria setosa var. minor, Pinus (Pinus) contorta var. murrayana (pino, pino de San Pedro Mártir), Echeveria setosa var. oteroi |
Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 1972-03-01 / 2010-09-13 |
|---|
Project Data
Los códigos de barras genéticos consisten en secuencias cortas y estandarizadas de DNA que permiten la identificación de las especies de organismos conocidas y el descubrimiento de especies desconocidas. A diferencia de muchos animales (y otros eucariontes) para los que el gen mitocondrial CO1 es fácil de secuenciar y altamente informativo, las plantas terrestres presentan problemas particulares para la selección de un código de barras. Esto se debe a la baja tasa de substitución y la frecuencia de rearreglos del genoma mitocondrial. También existen problemas debidos a poliploidía y paralogía en los genes nucleares. Aunque existe consenso en que el genoma del cloroplasto es la fuente más prometedora de códigos de barras genéticos para plantas, la tasa de evolución relativamente baja de muchos genes de plástidos hace necesaria la concatenación de varias secuencias para incrementar la resolución. En este proyecto se generarán códigos de barras de DNA de cloroplasto de 319 ejemplares de c. 170 especies pertenecientes a nueve familias de plantas vasculares de gran relevancia biológica, ecológica, económica y cultural en México, incluyendo Agavaceae, Cactaceae, Crassulaceae, Cupressaceae, Orchidaceae, Pinaceae, Podocarpaceae y Taxaceae. En la selección de los grupos de estudio se priorizaron los taxones listados en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-ECOL-2001. Los códigos propuestos consistirán de secuencias concatenadas de cuatro regiones en total. Candidatos por evaluar incluyen las regiones codificantes de los genes matK, rbcL y rpoC1, y los espaciadores intergénicos trnH-psbA, psbK-psbI y dos más hipervariables por definir en el curso de este estudio.
| Title | Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México |
|---|---|
| Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Funding | Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO) |
| Study Area Description | Plantas con flores como acelgas, amarantos, betabeles, biznagas, bugambilias, claveles, epazotes, espinacas, huauhzontles, jojobas, nopales, quelites, quinoas, saguaros, trigos serracenos, tunas, verdolagas, xoconostles con flores como agapantos, ajos, azafránes, cebollas, espárragos, gladiolas, magueyes, orquídeas, patas de elefante, sábilas, vainillas, yucas con flores como echeverias, kalanchoes, liquidámbares, siempre vivas con flores, con semillas, con frutos como acelgas, amarantos, betabeles, biznagas, bugambilias, claveles, epazotes, espinacas, huauhzontles, jojobas, nopales, quelites, quinoas, saguaros, trigos serracenos, tunas, verdolagas, xoconostles con flores, con semillas, con frutos como agapantos, ajos, azafránes, cebollas, espárragos, gladiolas, magueyes, orquídeas, patas de elefante, sábilas, vainillas, yucas Con flores; angiospermas (orquídeas; vainillas; canelitas) sin flores como abetos, araucarias, cedros, cícadas, cipreses, efedras, ginkgos, pinos, secuoyas sin flores, con semillas, sin frutos como abetos, araucarias, cedros, cícadas, cipreses, efedras, ginkgos, pinos, secuoyas |
The personnel involved in the project:
- Content Provider
Collection Data
| Collection Name | Herbario;SERO;Sociedad para el Estudio de los Recursos Bióticos de Oaxaca, A. C.;SERBO |
|---|---|
| Collection Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Parent Collection Identifier | NO APLICA |
| Collection Name | Herbario;AMO;Asociación Mexicana de Orquideología, Instituto Chinoin A.C.;AMO |
|---|---|
| Collection Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Parent Collection Identifier | NO APLICA |
| Collection Name | Herbario;XAL;Instituto de Ecología, A. C., Xalapa;INECOL |
|---|---|
| Collection Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Parent Collection Identifier | NO APLICA |
| Collection Name | Herbario Luz María Villarreal de Puga;IBUG;Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, Universidad de Guadalajara;CUCBA-UDG |
|---|---|
| Collection Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Parent Collection Identifier | NO APLICA |
| Collection Name | Herbario Nacional de México, Plantas Vasculares;MEXU;Instituto de Biología, Universidad Nacional Autónoma de México;IBUNAM |
|---|---|
| Collection Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Parent Collection Identifier | NO APLICA |
| Collection Name | Herbarium;OS;Museum of Biological Diversity, The Ohio State University;MBD-OSU |
|---|---|
| Collection Identifier | SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND |
| Parent Collection Identifier | NO APLICA |
Additional Metadata
| Alternative Identifiers | d54974b5-c680-44fa-b82a-9f84148d46b5 |
|---|---|
| https://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-GE021 |