Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México

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Los códigos de barras genéticos consisten en secuencias cortas y estandarizadas de DNA que permiten la identificación de las especies de organismos conocidas y el descubrimiento de especies desconocidas. A diferencia de muchos animales (y otros eucariontes) para los que el gen mitocondrial CO1 es fácil de secuenciar y altamente informativo, las plantas terrestres presentan problemas particulares para la selección de un código de barras. Esto se debe a la baja tasa de substitución y la frecuencia de rearreglos del genoma mitocondrial. También existen problemas debidos a poliploidía y paralogía en los genes nucleares. Aunque existe consenso en que el genoma del cloroplasto es la fuente más prometedora de códigos de barras genéticos para plantas, la tasa de evolución relativamente baja de muchos genes de plástidos hace necesaria la concatenación de varias secuencias para incrementar la resolución. En este proyecto se generarán códigos de barras de DNA de cloroplasto de 319 ejemplares de c. 170 especies pertenecientes a nueve familias de plantas vasculares de gran relevancia biológica, ecológica, económica y cultural en México, incluyendo Agavaceae, Cactaceae, Crassulaceae, Cupressaceae, Orchidaceae, Pinaceae, Podocarpaceae y Taxaceae. En la selección de los grupos de estudio se priorizaron los taxones listados en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-ECOL-2001. Los códigos propuestos consistirán de secuencias concatenadas de cuatro regiones en total. Candidatos por evaluar incluyen las regiones codificantes de los genes matK, rbcL y rpoC1, y los espaciadores intergénicos trnH-psbA, psbK-psbI y dos más hipervariables por definir en el curso de este estudio.

Reino: 1 Filo: 1 Clase: 1 Orden: 6 Familia: 9 Género: 73 Subgénero: 2 Especie: 217 Epitetoinfraespecifico: 8

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Gernandt D., G. Salazar, F. Vergara, S. Arias, V. Sosa, A. García, J. Reyes, L. Cabrera y P. Rosas. 2011. Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México. Instituto de Ecología. Instituto de Biología. Universidad Nacional Autónoma de México. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto GE021. México, D. F.

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Keywords

Occurrence; Specimen; Plantas

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Subcoordinadora en Información y Análisis
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 México Tlalpan MX 50045000
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Dirección General de Sistemas
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Geographic Coverage

País: BRASIL (SAO PAULO) País: EL SALVADOR (CHALATENANGO, SANTA ANA, SONSONATE) País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (OREGON) País: GUATEMALA (ALTA VERAPAZ, GUATEMALA, SONSONATE) País: MEXICO (AGUASCALIENTES, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, CHIAPAS, CHIHUAHUA, CIUDAD DE MEXICO, COAHUILA DE ZARAGOZA, COLIMA, DISTRITO FEDERAL, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MICHOACAN DE OCAMPO, MORELOS, NAYARIT, NUEVO LEON, OAXACA, PUEBLA, QUERETARO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TAMAULIPAS, TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, ZACATECAS)

Bounding Coordinates South West [13.872, -124.432], North East [43.115, -89.012]

Taxonomic Coverage

Reino: Plantae Filo: Tracheophyta Clase: Equisetopsida Orden: Asparagales, Caryophyllales, Saxifragales, Cupressales, Ephedrales, Pinales Familia: Orchidaceae, Asparagaceae, Cactaceae, Crassulaceae, Cupressaceae, Ephedraceae, Pinaceae, Podocarpaceae, Taxaceae

Kingdom  Plantae
Phylum  Tracheophyta
Class  Equisetopsida
Order  Asparagales,  Caryophyllales,  Saxifragales,  Cupressales,  Ephedrales,  Pinales
Family  Orchidaceae,  Asparagaceae,  Cactaceae,  Crassulaceae,  Cupressaceae,  Ephedraceae,  Pinaceae,  Podocarpaceae,  Taxaceae
Genus  Eurystyles,  Cyrtochiloides,  Galeandra,  Epidendrum,  Vanilla,  Clowesia,  Oncidium,  Laelia,  Agave,  Yucca,  Aporocactus,  Echeveria,  Furcraea,  Encyclia,  Beschorneria,  Ariocarpus,  Calocedrus,  Ephedra,  Pinus,  Thelocactus,  Sedum,  Lepanthes,  Manfreda,  Cochemiea,  Rhynchostele,  Coryphantha,  Mammillaria,  Galeoglossum,  Podocarpus,  Sobralia,  Abies,  Callitropsis,  Aztekium,  Polianthes,  Epithelantha,  Pelecyphora,  Taxus,  Cumarinia,  Turbinicarpus,  Mormodes,  Rossioglossum,  Graptopetalum,  Mexipedium,  Echinocactus,  Bletia,  Corallorhiza,  Taxodium,  Prosthechea,  Echinocereus,  Papperitzia,  Lophophora,  Helleriella,  Obregonia,  Pseudogoodyera,  Pseudotsuga,  Ortegocactus,  Trichopilia,  Acharagma,  Juniperus,  Tacitus,  Lycaste,  Picea,  Sigmatostalix,  Phragmipedium,  Astrophytum,  Cypripedium,  Masdevallia,  Coelia,  Geohintonia,  Echinomastus,  Plectrophora,  Pelexia,  Cuitlauzina
Subgenus  Agave,  Littaea
Species  Eurystyles borealis,  Cyrtochiloides ochmatochila,  Galeandra greenwoodiana,  Epidendrum lowilliamsii,  Epidendrum dorsocarinatum (epidendrum quillado),  Vanilla pompona (vainilla, platanillo, plátano vainilla, vainillón, vainilla boba, vainilla pompona, vainillán),  Clowesia thylaciochila,  Oncidium pollardii (oncidium de Pollard),  Laelia anceps (camote de San Diego, lirio, calaverita, flor de todos los santos),  Agave (Agave) vizcainoensis (maguey, maguey de El Vizcaíno),  Yucca lacandonica,  Aporocactus flagelliformis (cactus junco floricuerno, flor de cuerno, flor de alferecía, floricuerno, junco),  Echeveria longissima,  Furcraea macdougallii,  Encyclia adenocaula (trompillo, angelitos, encyclia conejo),  Echeveria setosa,  Laelia speciosa (lirio, flor de mayo, flor de corpus, laelia de mayo, lirios),  Beschorneria calcicola (ahuimo mixteco),  Ariocarpus trigonus,  Calocedrus decurrens (cedro colorado, cedro, zopilote, pinabete, pino colorado, cedro de incienso),  Ephedra compacta (sanguinaria, canutillo, comida de víbora, retama real, cañatilla, pitamo real, tepopote),  Pinus attenuata (pino),  Thelocactus hastifer (biznaga pezón hastada),  Furcraea guatemalensis (maguey, maguey cimarrón),  Sedum tortuosum,  Lepanthes tenuiloba,  Oncidium suttonii,  Pinus contorta (pino de San Pedro Mártir, pino),  Agave (Littaea) striata (maguey, maguey espadín, palmita, estoquillo, peinecillo),  Manfreda nanchititlensis (amole de Nanchititla),  Cochemiea halei (biznaga de Isla Magdalena),  Rhynchostele madrensis (odontoglossum de la Sierra Madre),  Rhynchostele aptera,  Pinus lagunae (pino, piñón de la Laguna),  Manfreda guttata,  Coryphantha delicata (biznaga partida de jaumave),  Agave (Littaea) chiapensis (maguey, maguey chamula),  Manfreda longiflora,  Mammillaria varieaculeata (biznaga de espinas variables),  Galeoglossum thysanochilum,  Rhynchostele maculata,  Galeoglossum cactorum,  Podocarpus matudae (sabino, palmito, palmillo, palmilla, olivo),  Furcraea pubescens,  Echeveria derenbergii,  Rhynchostele cervantesii (lirio, mariposa, odontoglossum atigrado),  Sobralia macdougallii,  Agave (Littaea) parviflora (amole, maguey, tauta),  Abies hickelii (oyamel, pinabete, abeto, oyamel blanco, oyamel de Juárez),  Callitropsis lusitanica,  Mammillaria huitzilopochtli (biznaga del dios sol y guerra),  Aztekium ritteri (biznaga piedra viva),  Laelia superbiens (palo de águila, vara de San José, laelia de San José, lirios, flor de la candelaria, tanal),  Beschorneria rigida,  Polianthes longiflora (nardo fragante),  Epithelantha micromeris (biznaga blanca chilona),  Pelecyphora strobiliformis (peotillo escamoso, cacto piña de pino),  Abies hidalgensis,  Mammillaria dixanthocentron (biznaga dos espinas amarillas),  Ariocarpus kotschoubeyanus (pezuña de venado, biznaga maguey pata de venado, peyote, pata de venado),  Pinus coulteri (pino de brea, pino, pino de piña, pino de piña grande, pino piña),  Oncidium unguiculatum (oncidium de uña),  Taxus globosa (romerillo, palmira, tejo mexicano),  Cumarinia odorata (biznaga partida olorosa),  Turbinicarpus beguinii,  Mormodes sotoana (mormodes de Soto),  Rossioglossum splendens (odontoglossum splendens),  Graptopetalum macdougallii,  Agave (Littaea) titanota (maguey, maguey del sol),  Mammillaria crucigera (biznaga con espinas en cruz),  Mexipedium xerophyticum,  Pinus johannis (pino),  Echinocactus grusonii (biznaga tonel dorada, asiento de suegra, biznaga dorada, bola de oro),  Furcraea martinezii,  Callitropsis forbesii (ciprés de Tecate, ciprés negro, ciprés brillante, ciprés Guadalupe, ciprés),  Oncidium oliganthum,  Bletia urbana (bletia urbana),  Rhynchostele candidula,  Corallorhiza maculata,  Ariocarpus agavoides (biznaga maguey pequeño, magueyito),  Pinus maximartinezii (piñón, pino azul, pino),  Sedum torulosum,  Taxodium mucronatum (cedro, árbol de Sta. María del tule, sabino, árbol del tule),  Prosthechea vitellina (manuelitos),  Echinocereus poselgeri (órgano pequeño sacasil, zocoxochitl, sacasil, zacoxóchitl),  Echinocereus schmollii (viejito, órgano pequeño de Querétaro),  Pinus cembroides (ocote, pino cembroides, pino piñonero, pino blanco, pino, piñón, pino piñón, piñonero, pino loco, pino-piñón, piñon prieto),  Oncidium sotoanum,  Echinocereus laui (alicoche de el trigo, órgano pequeño de El Trigo),  Laelia crawshayana,  Pinus nelsonii (pino prieto, piñón, pino, piñón de Nelson, piñonero, pino piñón, piñon colorado, piñón duro),  Ariocarpus scaphirostris (biznaga maguey orejas de conejo),  Pinus devoniana (pino cantaj, pino lacio, pino blanco, pino escobetón, pino, ocote, pino real, pucuri, ocote escobetón, pino michoacana, tsihuirén, mochcotaj),  Echeveria coccinea,  Manfreda pubescens,  Papperitzia leiboldii,  Echinocactus platyacanthus (biznaga gigante, bizmaga burra, biznaga, biznaga burra, biznaga de acitrón, biznaga tonel grande, biznaga de lana),  Lophophora williamsii (peyote, biznaga, hículi, señi),  Helleriella nicaraguensis,  Prosthechea citrina (azucena amarilla),  Echeveria kimnachii,  Mammillaria sanchez-mejoradae,  Obregonia denegrii (biznaga de obregón),  Sedum craigii,  Pseudogoodyera pseudogoodyeroides,  Ortegocactus macdougallii (biznaga pistache de chico ortega, biznaga pistache),  Trichopilia galeottiana (trichopilia amarilla),  Acharagma aguirreanum (biznaga escobar de aguirre),  Trichopilia tortilis,  Pinus radiata (pino, pino de Monterrey, pino radiata),  Galeoglossum tubulosum,  Ariocarpus fissuratus (chaute, peyote cimarrón),  Yucca filifera (palma loca, palma china, palma, palma de San Pedro, flor de palma, palma grande, flor de izote, cuaresmeña, flor de pito, flor de yuca, izote, palma de aparejo, yuca),  Juniperus deppeana (enebro, ciprés, sabino, cedro, cedro chino),  Mammillaria halei (biznaga de Isla Magdalena),  Echinocereus subinermis (alicoche pelón, órgano pequeño pelón),  Echinocactus parryi (biznaga tonel del lago guzmán, biznaga tonel),  Tacitus bellus,  Corallorhiza odontorhiza,  Juniperus monticola (enebro azul, cedro blanco, cedro, enebro, cedro colorado),  Agave petrophila (maguey),  Lycaste crinita,  Mammillaria candida,  Pinus flexilis (pino prieto, pino torcido, pino enano, pino),  Agave (Littaea) guiengola (maguey, maguey plateado),  Agave (Littaea) polianthiflora (maguey),  Echeveria amphoralis,  Echeveria elegans,  Picea chihuahuana (pinabete de Nuevo León, pinabete, pinabete espinoso, pinabeto),  Manfreda potosina (amole cenizo),  Rossioglossum williamsianum (odontoglossum de Williams),  Manfreda maculata,  Sigmatostalix mexicana (sigmatostalix mexicano),  Ariocarpus retusus (chaute, biznaga maguey peyote cimarrón),  Polianthes graminifolia,  Agave (Littaea) stricta (maguey),  Oncidium incurvum (angelitos, oncidium violeta),  Mammillaria theresae (biznaga de coneto),  Furcraea longaeva,  Corallorhiza bulbosa,  Sedum suaveolens,  Laelia furfuracea (lirio, flor de San Francisco),  Pinus jeffreyi (pino jeffrey, pino ponderosa, pino, pino negro),  Corallorhiza macrantha,  Oncidium suave,  Mormodes pardalinata,  Aztekium hintonii (biznaga piedra del yeso),  Pinus muricata (pino peninsular, pino),  Mammillaria plumosa (biznaga plumosa),  Echeveria laui,  Echinocereus adustus (alicoche de cosihuiriáchic, órgano pequeño de Cosihuiriáchic),  Manfreda variegata,  Phragmipedium exstaminodium (tanal de bigotes),  Abies concolor (pinabete, oyamel de California, abeto, oyamel),  Yucca carnerosana (palma loca, palma de San José, palma, palma de San Pedro, palma barreta, palma de ixtle, yuca),  Pinus remota (pino, piñón de Catarina),  Echinocereus leucanthus (alicoche de flor blanca, órgano pequeño de flor blanca),  Laelia gouldiana (monjitas, laelia de Metztitlán, lirios, santorum, flor de muerto, flor de muertos),  Mormodes luxata,  Astrophytum caput-medusae,  Cypripedium irapeanum (flor de calavera, zapatilla de Lexarza, flor del pelícano),  Agave (Littaea) bracteosa (maguey, maguey araña),  Echeveria globulosa,  Abies vejarii (oyamel cenizo),  Yucca mixtecana,  Lycaste aromatica (flor de canela, torito, canela ornamental, canela, canelita),  Pinus quadrifolia (piñón, pino piñonero, piñón de California, pino, piñonero, piñón bueno),  Masdevallia tuerckheimii,  Furcraea parmentieri,  Agave (Agave) lurida,  Pseudotsuga menziesii (hayarín, romerillo, pinabete, falso abeto, cahuite, abeto Douglas),  Coelia macrostachya,  Juniperus flaccida (cedrillo, pinabete, cedro, enebro, ciprés, sabino, cedro colorado, cedro liso, sabino montés, cedro blanco, junípero, cedro tasco),  Oncidium poikilostalix (sigmatostalix guatemalteco),  Mammillaria longimamma (biznaga de dedos largos, biznaga de teta),  Graptopetalum saxifragoides,  Eurystyles auriculata,  Pinus rzedowskii (pino, pino de Coalcomán),  Sedum frutescens (siempreviva),  Galeandra batemanii (galeandra de Bateman),  Coelia densiflora (coelia densa),  Geohintonia mexicana (biznaga del yeso),  Graptopetalum grande,  Rhynchostele stellata,  Echinomastus unguispinus,  Mormodes nagelii,  Pinus pinceana (pino piñonero-llorón, pino piñonero, pino blanco, pino, pino piñón, piñón, pino piñonero llorón),  Cypripedium molle,  Sedum platyphyllum,  Echinocereus delaetii (alicoche viejo chaparro),  Echeveria purpusorum,  Agave (Littaea) dasylirioides (maguey, maguey intrépido),  Echeveria secunda,  Prosthechea brassavolae,  Echeveria shaviana,  Oncidium ornithorhynchum,  Beschorneria tubiflora,  Helleriella guerrerensis,  Phragmipedium humboldtii,  Echinocereus pensilis (alicoche de Baja California),  Prosthechea karwinskii,  Plectrophora alata,  Graptopetalum fruticosum,  Echeveria moranii,  Rhynchostele rossii (odontoglossum de Ross),  Rhynchostele cordata (odontoglossum acorazonado, manuelitos),  Prosthechea chondylobulbon,  Vanilla parviflora,  Prosthechea pseudopygmaea,  Epidendrum parkinsonianum (pata de gallo, pata de paloma, lirio pata de paloma, lirio, baros, lirio pata de gallo),  Pelexia funckiana (spiranthes congesta),  Cuitlauzina pendula (cuitlauzina perfumada, Espiritu Santo),  Oncidium sphacelatum,  Prosthechea cochleata (flor de concha, pulpito, lirio, araña, conchita),  Epidendrum raniferum,  Corallorhiza striata,  Clowesia rosea (clowesia rosada)
Infraspecificname  Pinus cembroides subsp. orizabensis (pino),  Pseudotsuga menziesii var. glauca (pinabete, acahuite, hayarín colorado, romerillo, hayarín, oyamel, abeto, cahuite, oyamel de barranca, oyamel colorado, espinoso, payarín tepehuano, guayane rojo, oyamel de Ballauca),  Echeveria setosa var. deminuta,  Echeveria setosa var. minor,  Mammillaria pondii subsp. setispina (biznaga de espina setosa),  Pinus contorta var. murrayana (pino, pino de San Pedro Mártir),  Echinocereus longisetus subsp. delaetii (alicoche viejo chaparro),  Echeveria setosa var. oteroi

Temporal Coverage

Start Date / End Date 1972-03-01 / 2010-09-13

Project Data

Los códigos de barras genéticos consisten en secuencias cortas y estandarizadas de DNA que permiten la identificación de las especies de organismos conocidas y el descubrimiento de especies desconocidas. A diferencia de muchos animales (y otros eucariontes) para los que el gen mitocondrial CO1 es fácil de secuenciar y altamente informativo, las plantas terrestres presentan problemas particulares para la selección de un código de barras. Esto se debe a la baja tasa de substitución y la frecuencia de rearreglos del genoma mitocondrial. También existen problemas debidos a poliploidía y paralogía en los genes nucleares. Aunque existe consenso en que el genoma del cloroplasto es la fuente más prometedora de códigos de barras genéticos para plantas, la tasa de evolución relativamente baja de muchos genes de plástidos hace necesaria la concatenación de varias secuencias para incrementar la resolución. En este proyecto se generarán códigos de barras de DNA de cloroplasto de 319 ejemplares de c. 170 especies pertenecientes a nueve familias de plantas vasculares de gran relevancia biológica, ecológica, económica y cultural en México, incluyendo Agavaceae, Cactaceae, Crassulaceae, Cupressaceae, Orchidaceae, Pinaceae, Podocarpaceae y Taxaceae. En la selección de los grupos de estudio se priorizaron los taxones listados en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-ECOL-2001. Los códigos propuestos consistirán de secuencias concatenadas de cuatro regiones en total. Candidatos por evaluar incluyen las regiones codificantes de los genes matK, rbcL y rpoC1, y los espaciadores intergénicos trnH-psbA, psbK-psbI y dos más hipervariables por definir en el curso de este estudio.

Title Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México
Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Funding Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Study Area Description Plantas con flores, con semillas, con frutos como acelgas, amarantos, betabeles, biznagas, bugambilias, claveles, epazotes, espinacas, huauhzontles, jojobas, nopales, quelites, quinoas, saguaros, trigos serracenos, tunas, verdolagas, xoconostles con flores, con semillas, con frutos como agapantos, ajos, azafránes, cebollas, espárragos, gladiolas, magueyes, orquídeas, patas de elefante, sábilas, vainillas, yucas con flores, con semillas, con frutos como echeverias, kalanchoes, liquidámbares, siempre vivas Con flores; angiospermas (orquídeas; vainillas; canelitas) sin flores, con semillas, sin frutos como abetos, araucarias, cedros, cícadas, cipreses, efedras, ginkgos, pinos, secuoyas

The personnel involved in the project:

David Gernandt

Collection Data

Collection Name Herbario;SERO;Sociedad para el Estudio de los Recursos Bióticos de Oaxaca, A. C.;SERBO
Collection Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Herbario;AMO;Asociación Mexicana de Orquideología, A. C.;AMO
Collection Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Herbario;XAL;Instituto de Ecología, A. C., Xalapa;INECOL
Collection Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Herbario Luz María Villarreal de Puga;IBUG;Instituto de Botánica, Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, Universidad de Guadalajara;IB-CUCBA-UDG
Collection Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Herbario Nacional de México;MEXU;Instituto de Biología, Universidad Nacional Autónoma de México;IBUNAM
Collection Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA
Collection Name Herbarium;OS;Museum of Biological Diversity, The Ohio State University;MBD-OSU
Collection Identifier SNIB-GE021-GE021_Enlaces-ND
Parent Collection Identifier NO APLICA

Additional Metadata

Alternative Identifiers d54974b5-c680-44fa-b82a-9f84148d46b5
http://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-GE021