Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular

Última versión Publicado por Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad en May 30, 2020 Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad

La diversidad microbiana es un recurso poco estudiado en México. En zonas como Sinaloa en donde la agricultura es un importante motor socioeconómico, la mayor parte de la superficie es empleada para cultivos agrícolas. Este es el caso del municipio de Guasave, en donde la zona de preservación ecológica de centro de población La Uva constituye el único relicto de vegetación original preservada. Es de vital importancia iniciar esfuerzos a nivel local y nacional para conocer y conservar la diversidad microbiana presente en los suelos de esta región y del país en general. Una de las dificultades en el estudio de la diversidad microbiana es que se calcula que sólo se pueden cultivar en el laboratorio del 1 al 5% de la diversidad total de microorganismos. Por lo tanto, la utilización de técnicas moleculares de identificación en las que no se involucre el aislamiento de microorganismos resulta una estrategia que permite describir de manera más real la diversidad de los microorganismos presentes en un ecosistema tan diverso como lo es el suelo. En nuestro grupo iniciamos un primer esfuerzo a partir del 2006 a través de la generación de un banco de germoplasma vivo de microorganismos de suelo asociados a la rizosfera de plantas de tomate en un campo agrícola de la región, el cual consiste de cerca de 750 aislados de microorganismos preservados en ultracongelación a -70°C. Del mismo modo se generó información de la diversidad microbiana total a través del aislamiento de ADN genómico de suelo, y la posterior generación y secuenciación de bibliotecas de ADNr. Mediante esta estrategia se identificaron 500 fragmentos de ADN de origen procariote y 500 de origen eucariote. En el presente proyecto primeramente se propone concluir la identificación de los microorganismos existentes en el banco de tomate para posteriormente utilizar la misma estrategia de generación de un banco de microorganismos vivos y un banco de DNA de suelo a partir de muestras de rizosfera de Datura stramonium, la cual es una planta solanácea silvestre común en la zona de reserva. Posteriormente esta información será utilizada para realizar estudios comparativos entre tipo de organismos presentes en la rizosfera de solanáceas en zonas de cultivo, tal como el tomate, y solanáceas en zonas preservadas. El objetivo del trabajo en la zona de reserva incluirá el análisis de la diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera de D. stramonium a través de la secuenciación masiva de 1,000 fragmentos de ADN ribosomal de una biblioteca generada a partir de ADN genómico de suelo y la generación de un banco de germoplasma vivo de 750 especimenes criopreservados a -70°C. Finalmente se propone elaborar una base de datos compatible con el sistema Biótica con los datos recabados para cada espécimen del banco, el cual incluirá los datos de colecta, georeferencias, características físicas y químicas de los suelos, fotografías que muestren la morfología colonial y microscópica de cada aislado, los datos del procedimiento de identificación molecular y análisis de secuencias. Además se pondrán a disposición los datos de las listas de las especies identificadas en los dos bancos de germoplasma vivos y en los bancos generados a partir de los datos de secuenciación masiva de ADN ribosomal tanto de los suelos de la zona de cultivo como los de la zona de reserva.

Reino: 5 Filo: 18 Clase: 31 Orden: 58 Familia: 95 Género: 146 Especie: 185 Epitetoinfraespecifico: 1

Registros

Los datos en este registros biológicos recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 2,284 registros.

Este IPT archiva los datos, sirviendo así como repositorio de datos. Los datos y metadatos están disponibles para descargar en la sección de descargas. La tabla de versiones muestra otras versiones del recurso que se han hecho accesibles al público y permite el seguimiento de los cambios hechos al recurso en el tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 2,284 registros en Español (424 KB) - Frecuencia de actualización: no planeado
Metadatos como un archivo EML descargar en Español (127 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Español (34 KB)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Maldonado-Mendoza I. E, López-Rivera R. y J. D. Cordero-Ramírez. 2014. Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular. Unidad Sinaloa. Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional. Instituto Politécnico Nacional. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto IE001. México, D. F.

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: bbedc129-ddc2-4651-b64d-f9d7666e4b74.  Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Biodiversity Information System of Mexico.

Palabras Clave

Occurrence; Specimen; Bacterias; Hongos; Invertebrados; NO DISPONIBLE; Plantas; Protoctistas

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

SNIB-IE001-CSV.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/IE001/SNIB-IE001-CSV.zip UTF-8 CSV
SNIB-IE001-BD.ziphttp://www.snib.mx/proyectos/IE001/SNIB-IE001-BD.zip UTF-8 MDB MicrosoftAccess2007

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza
Responsable
Instituto Politécnico NacionalCentro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional-Sinaloa 81101 Guasave Sinaloa MX (687) 87 29626 y 29625

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Sonia Alejandra Careaga Olvera
Subcoordinadora en Información y Análisis
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 México Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

¿Quién documentó los metadatos?:

CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal 14010 MÉXICO Tlalpan MX 50045000
https://www.gob.mx/conabio

Cobertura Geográfica

País: MEXICO (SINALOA)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [25.495, -108.503], Latitud Máxima Longitud Máxima [25.525, -108.453]

Cobertura Taxonómica

Reino: Prokaryotae, Protoctista, Fungi, Plantae, Animalia Filo: Firmicutes, Ciliophora, Acidobacteria, Ascomycota, Cyanobacteria, Proteobacteria, Chytridiomycota, Actinobacteria, Chlorophyta, Zygomycota, Gemmatimonadetes, Basidiomycota, Tracheophyta, Nematoda, Bacteroidetes, Chloroflexi, Planctomycetes, Glomeromycota Clase: Bacilli, Oligotrichea, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, Cyanophyceae, Deltaproteobacteria, Chytridiomycetes, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Dothideomycetes, Incertae sedis, Chlorophyceae, Entomophthoromycetes, Gemmatimonadetes, Betaproteobacteria, Agaricomycetes, Trebouxiophyceae, Equisetopsida, Pezizomycetes, Secernentea, Microbotryomycetes, Oligohymenophorea, Cytophagia, Alphaproteobacteria, Sphingobacteriia, Planctomycetacia, Flavobacteriia, Mortierellomycetes, Hypotrichea, Glomeromycetes, Tremellomycetes Orden: Bacillales, Halteriida, Hypocreales, Eurotiales, Pseudanabaenales, Olpidiales, Vibrionales, Xanthomonadales, Onygenales, Pleosporales, Incertae sedis, Entomophthorales, Pseudomonadales, Sphaeropleales, Sordariales, Gemmatimonadales, Enterobacteriales, Solirubrobacterales, Burkholderiales, Agaricales, Prasiolales, Solanales, Pezizales, Capnodiales, Rhabditida, Lactobacillales, Actinomycetales, Sporidiobolales, Peniculida, Cytophagales, Oscillatoriales, Sapindales, Geastrales, Rhodospirillales, Sphingobacteriales, Myxococcales, Caryophyllales, Planctomycetales, Chroococcales, Russulales, Mucorales, Leucosporidiales, Sphingomonadales, Flavobacteriales, Thelephorales, Chlamydomonadales, Mortierellales, Oxytrichida, Poales, Stichotrichida, Cantharellales, Caulobacterales, Glomerales, Nostocales, Acidobacteriales, Rhizobiales, Tremellales, Rhizophlyctidales Familia: Bacillaceae, Halteriidae, Nectriaceae, Trichocomaceae, Paenibacillaceae, Pseudanabaenaceae, Olpidiaceae, Vibrionaceae, Xanthomonadaceae, Onygenaceae, Pleosporaceae, Incertae sedis, Acholeplasmataceae, Oedogoniaceae, Ancylistaceae, Moraxellaceae, Scenedesmaceae, Sporormiaceae, Chaetomiaceae, Rhizobiaceae, Gemmatimonadaceae, Enterobacteriaceae, Patulibacteraceae, Oxalobacteraceae, Pleurotaceae, Koliellaceae, Solanaceae, Pyronemataceae, Davidiellaceae, Burkholderiaceae, Cortinariaceae, Cephalobidae, Enterococcaceae, Mycobacteriaceae, Lophiostomataceae, Agaricaceae, Parameciidae, Cytophagaceae, Bolbitiaceae, Hoplolaimidae, Ajellomycetaceae, Streptomycetaceae, Microcoleaceae, Didymellaceae, Basidiobolaceae, Psathyrellaceae, Meliaceae, Geastraceae, Acetobacteraceae, Sphingobacteriaceae, Cystobacteraceae, Chenopodiaceae, Pseudomonadaceae, Montagnulaceae, Micrococcaceae, Pluteaceae, Cyanobacteriaceae, Stephanosporaceae, Mucoraceae, Leucosporidiaceae, Myxococcaceae, Geodermatophilaceae, Sphingomonadaceae, Sordariaceae

Reino  Prokaryotae,  Protoctista,  Fungi,  Plantae,  Animalia
Filo  Firmicutes,  Ciliophora,  Acidobacteria,  Ascomycota,  Cyanobacteria,  Proteobacteria,  Chytridiomycota,  Actinobacteria,  Chlorophyta,  Zygomycota,  Gemmatimonadetes,  Basidiomycota,  Tracheophyta,  Nematoda,  Bacteroidetes,  Chloroflexi,  Planctomycetes,  Glomeromycota
Class  Bacilli,  Oligotrichea,  Sordariomycetes,  Eurotiomycetes,  Cyanophyceae,  Deltaproteobacteria,  Chytridiomycetes,  Gammaproteobacteria,  Actinobacteria,  Dothideomycetes,  Incertae sedis,  Chlorophyceae,  Entomophthoromycetes,  Gemmatimonadetes,  Betaproteobacteria,  Agaricomycetes,  Trebouxiophyceae,  Equisetopsida,  Pezizomycetes,  Secernentea,  Microbotryomycetes,  Oligohymenophorea,  Cytophagia,  Alphaproteobacteria,  Sphingobacteriia,  Planctomycetacia,  Flavobacteriia,  Mortierellomycetes,  Hypotrichea,  Glomeromycetes,  Tremellomycetes
Orden  Bacillales,  Halteriida,  Hypocreales,  Eurotiales,  Pseudanabaenales,  Olpidiales,  Vibrionales,  Xanthomonadales,  Onygenales,  Pleosporales,  Incertae sedis,  Entomophthorales,  Pseudomonadales,  Sphaeropleales,  Sordariales,  Gemmatimonadales,  Enterobacteriales,  Solirubrobacterales,  Burkholderiales,  Agaricales,  Prasiolales,  Solanales,  Pezizales,  Capnodiales,  Rhabditida,  Lactobacillales,  Actinomycetales,  Sporidiobolales,  Peniculida,  Cytophagales,  Oscillatoriales,  Sapindales,  Geastrales,  Rhodospirillales,  Sphingobacteriales,  Myxococcales,  Caryophyllales,  Planctomycetales,  Chroococcales,  Russulales,  Mucorales,  Leucosporidiales,  Sphingomonadales,  Flavobacteriales,  Thelephorales,  Chlamydomonadales,  Mortierellales,  Oxytrichida,  Poales,  Stichotrichida,  Cantharellales,  Caulobacterales,  Glomerales,  Nostocales,  Acidobacteriales,  Rhizobiales,  Tremellales,  Rhizophlyctidales
Familia  Bacillaceae,  Halteriidae,  Nectriaceae,  Trichocomaceae,  Paenibacillaceae,  Pseudanabaenaceae,  Olpidiaceae,  Vibrionaceae,  Xanthomonadaceae,  Onygenaceae,  Pleosporaceae,  Incertae sedis,  Acholeplasmataceae,  Oedogoniaceae,  Ancylistaceae,  Moraxellaceae,  Scenedesmaceae,  Sporormiaceae,  Chaetomiaceae,  Rhizobiaceae,  Gemmatimonadaceae,  Enterobacteriaceae,  Patulibacteraceae,  Oxalobacteraceae,  Pleurotaceae,  Koliellaceae,  Solanaceae,  Pyronemataceae,  Davidiellaceae,  Burkholderiaceae,  Cortinariaceae,  Cephalobidae,  Enterococcaceae,  Mycobacteriaceae,  Lophiostomataceae,  Agaricaceae,  Parameciidae,  Cytophagaceae,  Bolbitiaceae,  Hoplolaimidae,  Ajellomycetaceae,  Streptomycetaceae,  Microcoleaceae,  Didymellaceae,  Basidiobolaceae,  Psathyrellaceae,  Meliaceae,  Geastraceae,  Acetobacteraceae,  Sphingobacteriaceae,  Cystobacteraceae,  Chenopodiaceae,  Pseudomonadaceae,  Montagnulaceae,  Micrococcaceae,  Pluteaceae,  Cyanobacteriaceae,  Stephanosporaceae,  Mucoraceae,  Leucosporidiaceae,  Myxococcaceae,  Geodermatophilaceae,  Sphingomonadaceae,  Sordariaceae,  Nocardioidaceae,  Micromonosporaceae,  Flavobacteriaceae,  Thelephoraceae,  Dunaliellaceae,  Mortierellaceae,  Oxytrichidae,  Oscillatoriaceae,  Poaceae,  Strophariaceae,  Testudinaceae,  Comamonadaceae,  Marasmiaceae,  Ceratobasidiaceae,  Leptosphaeriaceae,  Caulobacteraceae,  Lasiosphaeriaceae,  Microbacteriaceae,  Glomeraceae,  Nostocaceae,  Acidobacteriaceae,  Brucellaceae,  Tremellaceae,  Spiromastigaceae,  Propionibacteriaceae,  Carnobacteriaceae,  Solirubrobacteraceae,  Rhodobacteraceae,  Pezizaceae,  Flexibacteraceae,  Rhizophlyctidaceae
Género  Bacillus,  Halteria,  Nectria,  Aspergillus,  Brevibacillus,  Leptolyngbya,  Olpidium,  Vibrio,  Stenotrophomonas,  Emmonsia,  Alternaria,  Paenibacillus,  Heydenia,  Candidatus Phytoplasma,  Oedogonium,  Virgibacillus,  Conidiobolus,  Acinetobacter,  Scenedesmus,  Berkleasmium,  Humicola,  Emericella,  Acremonium,  Agrobacterium,  Gemmatimonas,  Pantoea,  Patulibacter,  Massilia,  Calonectria,  Hohenbuehelia,  Pseudochlorella,  Lycium,  Cheilymenia,  Chaetomium,  Fusarium,  Pyrenochaeta,  Cladosporium,  Burkholderia,  Enterobacter,  Cortinarius,  Zeldia,  Enterococcus,  Mycobacterium,  Rhodosporidium,  Lophiostoma,  Tulostoma,  Paramecium,  Ochroconis,  Aporospora,  Dyadobacter,  Ralstonia,  Conocybe,  Pratylenchus,  Paracoccidioides,  Streptomyces,  Microcoleus,  Chrysosporium,  Phoma,  Basidiobolus,  Coprinellus,  Entandrophragma,  Geastrum,  Eurotium,  Granulibacter,  Stegelleta,  Sphingobacterium,  Anaeromyxobacter,  Xenobotrytis,  Lentibacillus,  Atriplex,  Psathyrella,  Pseudomonas,  Archangium,  Paraconiothyrium,  Arthrobacter ,  Chamaeota,  Rhizopycnis,  Terribacillus,  Cyanobacterium,  Panaeolus,  Lindtneria,  Rhizopus,  Leucosporidium,  Myxococcus,  Blastococcus,  Rhodotorula,  Sphingomonas,  Kribbella,  Micromonospora,  Flavobacterium,  Pseudorobillarda,  Pedobacter,  Dunaliella,  Halobacillus,  Leucoagaricus,  Acrobeles,  Mortierella,  Pontibacter,  Kluyvera,  Cyrtohymena,  Stagonosporopsis,  Rummeliibacillus,  Oscillatoria,  Echinochloa,  Gymnopilus,  Lepidosphaeria,  Sphingosinicella,  Delftia,  Gymnopus,  Acrobeloides,  Scolecobasidium,  Candidatus Entotheonella,  Geobacillus,  Paecilomyces,  Rhizoctonia,  Leptosphaeria,  Cochliobolus,  Caulobacter,  Cladorrhinum,  Microbacterium,  Neosartorya,  Arthrospira,  Cephalosporium,  Glomus,  Stachybotrys,  Nostoc,  Heterocephalobellus,  Ochrobactrum,  Sphingopyxis,  Cryptococcus,  Spiromastix,  Friedmanniella,  Carnobacterium,  Absidia,  Anoxybacillus,  Agaricus,  Corynascus,  Solirubrobacter,  Paracoccus,  Calymmatobacterium,  Terfezia,  Hyalangium,  Rhizophlyctis,  Oxytricha,  Chlorophyllum,  Coprinopsis
Especie  Halteria grandinella,  Nectria mauritiicola,  Bacillus subtilis,  Aspergillus variecolor,  Brevibacillus brevis,  Olpidium brassicae,  Vibrio splendidus,  Emmonsia parva,  Alternaria tenuissima,  Heydenia alpina,  Oedogonium tenerum,  Conidiobolus coronatus,  Bacillus megaterium,  Bacillus cereus,  Acinetobacter baumannii,  Emericella dentata,  Acremonium strictum,  Agrobacterium vitis,  Bacillus pumilus,  Bacillus flexus,  Pantoea eucrina,  Patulibacter minatonensis,  Calonectria hawksworthii,  Bacillus firmus,  Paenibacillus validus,  Hohenbuehelia portegna,  Pseudochlorella pyrenoidosa,  Lycium ruthenicum,  Cheilymenia stercorea,  Paenibacillus popilliae,  Chaetomium globosum,  Cladosporium oxysporum,  Burkholderia phenazinium,  Virgibacillus marismortui,  Cortinarius olearioides,  Alternaria alternata,  Paenibacillus chondroitinus,  Paenibacillus illinoisensis,  Enterococcus avium,  Burkholderia graminis,  Mycobacterium gordonae,  Lophiostoma cynaroidis,  Paramecium tetraurelia,  Ochroconis calidifluminalis,  Aspergillus tamarii,  Zeldia punctatus,  Aporospora terricola,  Emericella nidulans,  Dyadobacter fermentans,  Ralstonia solanacearum,  Paenibacillus polymyxa,  Alternaria mali,  Conocybe crispa,  Alternaria longipes,  Pratylenchus goodeyi,  Paracoccidioides brasiliensis,  Paenibacillus fujiensis,  Tulostoma melanocyclum,  Emericella variecolor,  Microcoleus vaginatus,  Chrysosporium pilosum,  Emmonsia crescens,  Bacillus licheniformis,  Basidiobolus meristosporus,  Bacillus maroccanus,  Coprinellus bisporus,  Bacillus endophyticus,  Acinetobacter calcoaceticus,  Entandrophragma cylindricum,  Geastrum fimbriatum,  Mycobacterium avium,  Geastrum triplex (estrella de tierra, hongo estrella),  Eurotium chevalieri,  Conocybe rickenii,  Bacillus thuringiensis,  Granulibacter bethesdensis,  Fusarium oxysporum,  Bacillus fusiformis,  Cladosporium cladosporioides,  Sphingobacterium spiritivorum,  Anaeromyxobacter dehalogenans,  Alternaria longissima,  Paenibacillus lautus,  Bacillus amyloliquefaciens,  Xenobotrytis acaducospora,  Lentibacillus salinarum,  Pantoea ananatis,  Atriplex centralasiatica,  Bacillus aryabhattai,  Bacillus sonorensis,  Psathyrella candolleana,  Scenedesmus obliquus,  Archangium gephyra,  Paraconiothyrium hawaiiense,  Pseudomonas fluorescens,  Chamaeota sinica,  Rhizopycnis vagum,  Bacillus funiculus,  Pseudomonas mendocina,  Terribacillus goriensis,  Panaeolus cambodginiensis,  Lindtneria trachyspora,  Cladosporium sphaerospermum,  Rhizopus oryzae,  Leucosporidium scottii,  Myxococcus xanthus,  Alternaria gaisen,  Hohenbuehelia tremula,  Panaeolus sphinctrinus (cabeza de víbora, borrachito, mulitas, hongo de los corrales),  Paenibacillus alginolyticus,  Bacillus psychrosaccharolyticus,  Bacillus lentus,  Blastococcus jejuensis,  Rhodotorula ingeniosa,  Bacillus azotoformans,  Humicola fuscoatra,  Scenedesmus naegelii,  Bacillus marisflavi,  Micromonospora echinospora,  Fusarium chlamydosporum,  Emericella undulata,  Pseudorobillarda sojae,  Terribacillus saccharophilus,  Halobacillus kuroshimensis,  Leucoagaricus littoralis,  Mortierella wolfii,  Cyrtohymena citrina,  Bacillus sphaericus,  Stagonosporopsis cucurbitacearum,  Mycobacterium interjectum,  Echinochloa colona (arroz de monte, zacate, arrocillo, arroz del monte, pasto, zacate de agua, zacate gordura),  Gymnopilus junonius,  Emericella corrugata,  Bacillus simplex,  Lepidosphaeria nicotiae,  Acrobeles complexus,  Sphingosinicella microcystinivorans,  Pseudomonas putida,  Delftia tsuruhatensis,  Alternaria arborescens,  Paenibacillus harenae,  Fusarium lunatum,  Terribacillus halophilus,  Geobacillus toebii,  Leptosphaeria senegalensis,  Cochliobolus lunatus,  Virgibacillus dokdonensis,  Caulobacter crescentus,  Cladorrhinum samala,  Neosartorya glabra,  Rhodotorula glutinis,  Paenibacillus lentimorbus,  Arthrospira platensis,  Bacillus oleronius,  Mycobacterium gilvum,  Cephalosporium curtipes,  Atriplex lentiformis,  Bacillus niabensis,  Stachybotrys echinata,  Nostoc muscorum,  Pantoea agglomerans,  Paenibacillus larvae,  Ochrobactrum cytisi,  Sphingopyxis alaskensis,  Bacillus oceanisediminis,  Myxococcus fulvus,  Spiromastix warcupii,  Aspergillus dimorphicus,  Absidia corymbifera,  Streptomyces djakartensis,  Cryptococcus magnus,  Agaricus xanthodermus (champiñón malo, llanero loco),  Corynascus verrucosus,  Acinetobacter junii,  Streptomyces aculeolatus,  Calymmatobacterium granulomatis,  Hyalangium minutum,  Chrysosporium lobatum,  Rhizophlyctis rosea,  Oxytricha longigranulosa,  Cortinarius fulvocitrinus,  Chlorophyllum molybdites (corralito, hongo malo de jardín, paragüas verdecitos, falso champiñón),  Phoma medicaginis,  Vibrio fluvialis,  Coprinopsis cinerea
Infraspecificname  Bacillus circulans subsp. subtilis

Cobertura Temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2006-03-22 / 2009-12-02

Datos del Proyecto

La diversidad microbiana es un recurso poco estudiado en México. En zonas como Sinaloa en donde la agricultura es un importante motor socioeconómico, la mayor parte de la superficie es empleada para cultivos agrícolas. Este es el caso del municipio de Guasave, en donde la zona de preservación ecológica de centro de población La Uva constituye el único relicto de vegetación original preservada. Es de vital importancia iniciar esfuerzos a nivel local y nacional para conocer y conservar la diversidad microbiana presente en los suelos de esta región y del país en general. Una de las dificultades en el estudio de la diversidad microbiana es que se calcula que sólo se pueden cultivar en el laboratorio del 1 al 5% de la diversidad total de microorganismos. Por lo tanto, la utilización de técnicas moleculares de identificación en las que no se involucre el aislamiento de microorganismos resulta una estrategia que permite describir de manera más real la diversidad de los microorganismos presentes en un ecosistema tan diverso como lo es el suelo. En nuestro grupo iniciamos un primer esfuerzo a partir del 2006 a través de la generación de un banco de germoplasma vivo de microorganismos de suelo asociados a la rizosfera de plantas de tomate en un campo agrícola de la región, el cual consiste de cerca de 750 aislados de microorganismos preservados en ultracongelación a -70°C. Del mismo modo se generó información de la diversidad microbiana total a través del aislamiento de ADN genómico de suelo, y la posterior generación y secuenciación de bibliotecas de ADNr. Mediante esta estrategia se identificaron 500 fragmentos de ADN de origen procariote y 500 de origen eucariote. En el presente proyecto primeramente se propone concluir la identificación de los microorganismos existentes en el banco de tomate para posteriormente utilizar la misma estrategia de generación de un banco de microorganismos vivos y un banco de DNA de suelo a partir de muestras de rizosfera de Datura stramonium, la cual es una planta solanácea silvestre común en la zona de reserva. Posteriormente esta información será utilizada para realizar estudios comparativos entre tipo de organismos presentes en la rizosfera de solanáceas en zonas de cultivo, tal como el tomate, y solanáceas en zonas preservadas. El objetivo del trabajo en la zona de reserva incluirá el análisis de la diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera de D. stramonium a través de la secuenciación masiva de 1,000 fragmentos de ADN ribosomal de una biblioteca generada a partir de ADN genómico de suelo y la generación de un banco de germoplasma vivo de 750 especimenes criopreservados a -70°C. Finalmente se propone elaborar una base de datos compatible con el sistema Biótica con los datos recabados para cada espécimen del banco, el cual incluirá los datos de colecta, georeferencias, características físicas y químicas de los suelos, fotografías que muestren la morfología colonial y microscópica de cada aislado, los datos del procedimiento de identificación molecular y análisis de secuencias. Además se pondrán a disposición los datos de las listas de las especies identificadas en los dos bancos de germoplasma vivos y en los bancos generados a partir de los datos de secuenciación masiva de ADN ribosomal tanto de los suelos de la zona de cultivo como los de la zona de reserva.

Título Estudio de la microflora de los suelos de la zona de preservación ecológica 'La Uva' (Sinaloa) con vegetación de selva baja caducifolia empleando taxonomía molecular
Identificador SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Fuentes de Financiación Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Descripción del Área de Estudio Bacterias Hongos Invertebrados NO DISPONIBLE Plantas Protoctistas algas con flores, con semillas, con frutos como acelgas, amarantos, betabeles, biznagas, bugambilias, claveles, epazotes, espinacas, huauhzontles, jojobas, nopales, quelites, quinoas, saguaros, trigos serracenos, tunas, verdolagas, xoconostles con flores, con semillas, con frutos como berenjena, camotes, chiles, floripondios, jitomates, papas, petunias, pimientos, tabacos, toloaches, tomates con flores, con semillas, con frutos como caobas, copales, limas, limones, naranjas, mandarinas, mangos, maples, nueces de la India, pirúles, pistaches, rudas, toronjas, zapotes blancos con flores, con semillas, con frutos como cereales, heno, juncos, pastos terrestres, piña, tules eubacterias fotosintéticas gusanos hongos de saco, levaduras hongos de sombrerito, gelatinosos, setas, tizones micorrizas mohos NO DISPONIBLE protozoarios: ciliados quitridios

Personas asociadas al proyecto:

Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza

Datos de la Colección

Nombre de la Colección Colección de microorganismos asociados a la rizósfera de Datura;CIIDIR-004;Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional;CIIDIR-IPN
Identificador de la Colección SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Identificador de la Colección Parental NO APLICA
Nombre de la Colección Colección de microorganismos asociados a la rizósfera de Tomate;CIIDIR-001;Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional;CIIDIR-IPN
Identificador de la Colección SNIB-IE001-IE0011312F_corregida-ND
Identificador de la Colección Parental NO APLICA
Métodos de preservación de los ejemplares Congelado
Unidades Curatoriales Entre 1 y 1 Ejemplar

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos bbedc129-ddc2-4651-b64d-f9d7666e4b74
http://www.snib.mx/iptconabio/resource?r=SNIB-IE001