| Eupatorium breedlovei (R.M. King & H. Rob.) B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium brevipes DC., 1836 |
| Eupatorium brevipetiolatum Sch. Bip. ex Baker, 1876 |
| Eupatorium brevisetum DC., 1836 |
| Eupatorium bustamenta DC., 1836 |
| Eupatorium caeciliae B.L. Rob., 1930 |
| Eupatorium calaminthifolium Kunth, 1818 |
| Eupatorium calaminthifolium var. irrasum B.L. Rob., 1923 |
| Eupatorium calaminthifolium var. pluridentatum DC., 1836 |
| Eupatorium calderonii B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium calophyllum (Greene) B.L. Rob., 1925 |
| Eupatorium campechense B.L. Rob., 1907 |
| Eupatorium campylocladum B.L. Rob., 1904 |
| Eupatorium canescens Ortega, 1797 |
| Eupatorium capillipes Benth., 1853 |
| Eupatorium capnoresbium B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium cardiophyllum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium carletonii B.L. Rob., 1924 |
| Eupatorium carmonis Standl. & Steyerm., 1940 |
| Eupatorium carnosum Kuntze, 1891 |