| Cyperus sanguineoater Boeckeler, 1881 |
| Cyperus sanguineoater var. floribundus Kük., 1936 |
| Cyperus sanguineoater var. sanguineo-ater Boeckeler, 1881 |
| Cyperus scaberrimus Nees, 1847 |
| Cyperus schaffneri Boeck, 1878 |
| Cyperus schmitzianus Boeckeler, 1896 |
| Cyperus schweinitzii Torr., 1836 |
| Cyperus schweinitzii var. debilis Britton, 1886 |
| Cyperus sellowianus (Kunth) T. Koyama, 1960 |
| Cyperus semiochraceus Boeckeler, 1878 |
| Cyperus semitribrachiatus Boeckeler, 1870 |
| Cyperus sertularinus Liebm., 1850 |
| Cyperus sertularinus var. discigerus (Liebm.) Kük., 1936 |
| Cyperus seslerioides Kunth, 1815 |
| Cyperus seslerioides f. minor C.B. Clarke, 1893 |
| Cyperus seslerioides var. minor (C.B. Clarke) Kük., 1936 |
| Cyperus sesquiflorus (Torr.) Mattf. & Kük., 1936 |
| Cyperus sesquiflorus subsp. sesquiflorus (Torr.) Mattf. & Kük., 1936 |
| Cyperus simplex Kunth, 1815 |
| Cyperus sordidus J. Presl & C. Presl, 1830 |