Jerarquía taxonómica:
Pinnulariaceae → Caloneis Cleve, 1894

Familia:
Pinnulariaceae

Autor:
Cleve, 1894

Sinónimos:
El catálogo no cuenta con sinónimos para este género

Especies válidas/aceptadas:
Caloneis aerophila
Caloneis affinis
Caloneis alpestris
Caloneis alpestris var. alpestris
Caloneis amphisbaena
Caloneis amphisbaena var. subsalina
Caloneis aquaecaeruleae
Caloneis bacillum
Caloneis bacillum var. bacillum
Caloneis bacillum var. fontinalis
Caloneis branderii
Caloneis budensis
Caloneis consimilis
Caloneis ectorii
Caloneis fontinalis
Caloneis hardmaniana
Caloneis hyalina
Caloneis lancettula
Caloneis latiuscula
Caloneis lauta
Caloneis leptosoma
Caloneis lewisii
Caloneis lewisii var. inflata
Caloneis liber
Caloneis limosa
Caloneis linearis
Caloneis mexicana
Caloneis minuta
Caloneis molaris
Caloneis oregonica
Caloneis patagonica
Caloneis permagna
Caloneis probabilis
Caloneis sabanicola
Caloneis schumanniana
Caloneis silicula
Caloneis silicula var. elliptica
Caloneis stauroneiformis
Caloneis subsalina
Caloneis tenuis
Caloneis trinodis
Caloneis vasileyevae
Caloneis ventricosa
Caloneis ventricosa var. subundulata
Caloneis ventricosa var. truncatula
Caloneis westii