| Hypoxylon ferrugineum G. H. Otth, 1869 |
| Hypoxylon fragiforme (Pers.) J. Kickx, 1835 |
| Hypoxylon fuscellum (Rehm) J.H. Mill., 1933 |
| Hypoxylon fuscum (Pers.) Fr., 1849 |
| Hypoxylon glycyrrhiza Berk. & M. A. Curtis, 1854 |
| Hypoxylon haematostroma Mont., 1845 |
| Hypoxylon howeanum Peck, 1872 |
| Hypoxylon hypomiltum Mont., 1840 |
| Hypoxylon hypophlaeum (Berk. & Ravenel) Teng, 1934 |
| Hypoxylon investiens (Schwein.) M. A. Curtis, 1867 |
| Hypoxylon jecorinum Berk. & Ravenel, 1875 |
| Hypoxylon lenormandii Berk. & M. A. Curtis, 1868 |
| Hypoxylon lividipigmentum F. San Martín, Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon mammatum (Wahlenb.) P. Karst., 1866 |
| Hypoxylon michelianum Ces. & De Not., 1863 |
| Hypoxylon microplacum (Berk. & M. A. Curtis) J. H. Mill., 1941 |
| Hypoxylon monticulosum Mont., 1856 |
| Hypoxylon moriforme Henn., 1896 |
| Hypoxylon mulleri J. H. Mill., 1933 |
| Hypoxylon multiforme (Fr.) Fr., 1849 |