| Hypoxylon nitens (Ces.) Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon notatum Berk. & M. A. Curtis, 1875 |
| Hypoxylon nummularium Bull., 1790 |
| Hypoxylon nummularium var. australe (Cooke) J. H. Mill., 1961 |
| Hypoxylon nummularium var. nummularium Bull., 1790 |
| Hypoxylon nummularium var. rumpens (Cooke) J. H. Mill., 1961 |
| Hypoxylon nummularium var. theissenii (Syd. & P. Syd.) J. H. Mill., 1961 |
| Hypoxylon olivicolor F. San Martín, Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon olliforme F. San Martín, P. Lavín & Port.-Port., 1999 |
| Hypoxylon oodes Berk. & Broome, 1873 |
| Hypoxylon papillatum Ellis & Everh., 1893 |
| Hypoxylon pavimentosum Ces., 1879 |
| Hypoxylon perforatum (Schwein.) Fr., 1849 |
| Hypoxylon placentiforme Berk. & M. A. Curtis, 1868 |
| Hypoxylon polyporus (Starbäck) Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon pseudostipitatum Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon punctulatum (Berk. & Ravenel) Cooke, 1883 |
| Hypoxylon purpureonitens Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon rickii Y. M. Ju & J. D. Rogers, 1996 |
| Hypoxylon riograndense Rehm, 1909 |