| Habenaria goyazensis Cogn., 1893 |
| Habenaria greenwoodiana R. González, 2000 |
| Habenaria guadalajarana S. Watson, 1887 |
| Habenaria horaliae R. González, 1997 |
| Habenaria ibarrae R. González, 1992 |
| Habenaria inexspectata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria ixtlanensis E.W. Greenw., 1987 |
| Habenaria jaliscana S. Watson, 1887 |
| Habenaria jamaicensis Fawc. & Rendle, 1909 |
| Habenaria jardeliana R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria kariniae R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria lactiflora A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria leon-ibarrae R. Jiménez & Carnevali, 2001 |
| Habenaria leprieurii Rchb. f., 1846 |
| Habenaria limosa (Lindl.) Hemsl., 1883 |
| Habenaria lizbethae R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria lucaecapensis Fernald, 1894 |
| Habenaria luzmariana R. González, 2000 |
| Habenaria macroceratitis Willd., 1805 |
| Habenaria macroceratitis var. brevicalcarata Ames, 1910 |