| Habenaria felipensis Ames, 1910 |
| Habenaria filifera S. Watson, 1891 |
| Habenaria filipensis Ames, 1910 |
| Habenaria flexuosa Lindl., 1835 |
| Habenaria floribunda Lindl., 1835 |
| Habenaria gonzaleztamayoi García-Cruz, R. Jiménez & L. Sánchez, 2000 |
| Habenaria goyazensis Cogn., 1893 |
| Habenaria greenwoodiana R. González, 2000 |
| Habenaria guadalajarana S. Watson, 1887 |
| Habenaria horaliae R. González, 1997 |
| Habenaria ibarrae R. González, 1992 |
| Habenaria inexspectata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria ixtlanensis E.W. Greenw., 1987 |
| Habenaria jaliscana S. Watson, 1887 |
| Habenaria jamaicensis Fawc. & Rendle, 1909 |
| Habenaria jardeliana R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria kariniae R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria lactiflora A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria leon-ibarrae R. Jiménez & Carnevali, 2001 |
| Habenaria limosa (Lindl.) Hemsl., 1883 |