| Empusella (Luer) Luer, 2004 |
| Empusella juddii Archila, 2012 |
| Encabarcenia Archila & Szlach., 2015 |
| Encabarcenia aurea (A.V. Navarro) Archila & Szlach., 2014 |
| Encabarcenia perezgarcia Archila & Szlach., 2014 |
| Encabarcenia rubescens (Lindl.) Archila & Szlach., 2014 |
| Encabarcenia rubescens f. peduncularis (Lindl.) Archila & Szlach., 2014 |
| Encyclia Hook., 1828 |
| Encyclia abbreviata (Schltr.) Dressler, 1961 |
| Encyclia acapulcensis Viccon-Esquivel, Cetzal & Carnevali, 2018 |
| Encyclia acicularis (Bateman ex Lindl.) Schltr., 1914 |
| Encyclia adenocarpon (Lex.) Schltr., 1914 |
| Encyclia adenocarpon subsp. trachycarpa (Lindl.) Dressler & G.E. Pollard, 1971 |
| Encyclia adenocaula (Lex.) Schltr., 1918 |
| Encyclia adenocaula subsp. adenocaula (Lex.) Schltr., 1918 |
| Encyclia adenocaula subsp. kennedyi (Fowlie & Withner) Soto Arenas, Salazar & Hágsater, 2002 |
| Encyclia adenocaula var. kennedyi (Fowlie & Withner) Hágsater & R. González, 1975 |
| Encyclia aenicta Dressler & G.E. Pollard, 1971 |
| Encyclia affinis Schltr., 1918 |
| Encyclia alata (Bateman) Schltr., 1914 |