| Encyclia mariaeugeniae Tamayo-Cen & Carnevali, 2022 |
| Encyclia meliosma (Rchb. f.) Schltr., 1918 |
| Encyclia michuacana (Lex.) Schltr., 1918 |
| Encyclia microbulbon (Hook.) Schltr., 1918 |
| Encyclia nematocaulon (A. Rich.) Acuña, 1939 |
| Encyclia nemoralis (Lindl.) Schltr., 1914 |
| Encyclia neurosa (Ames) Dressler & G.E. Pollard, 1971 |
| Encyclia obpiribulbon Hágsater, 1982 |
| Encyclia ochracea (Lindl.) Dressler, 1961 |
| Encyclia oestlundii (Ames, F.T. Hubb. & C. Schweinf.) Hágsater & Stermitz, 1983 |
| Encyclia oncidioides (Lindl.) Schltr., 1914 |
| Encyclia oncidioides var. gravida (Lindl.) Hoehne, 1952 |
| Encyclia oncidioides var. ramonensis (Rchb. f.) Hoehne, 1952 |
| Encyclia ovulum (Lindl.) Schltr., 1918 |
| Encyclia panthera (Rchb. f.) Schltr., 1918 |
| Encyclia papillosa (Bateman) Aguirre-Olav., 1987 |
| Encyclia parviflora (Regel) Withner, 1998 |
| Encyclia pastoris (Lex.) Schltr., 1918 |
| Encyclia pentotis (Rchb. f.) Dressler, 1961 |
| Encyclia phymatoglossa (Rchb. f.) Schltr., 1918 |