| Habenaria odontopetala Rchb. f., 1845 |
| Habenaria ofeliae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria oreophila Greenm., 1903 |
| Habenaria orizabensis A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria ortiziana R. González, 1995 |
| Habenaria pauciflora (Lindl.) Rchb. f., 1854 |
| Habenaria perezii R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria pinzonii R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria pringlei B.L. Rob., 1892 |
| Habenaria protusorostrata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria pseudofilifera R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria pyramidalis Lindl., 1845 |
| Habenaria quinquecarinata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria quinqueseta (Michx.) Sw., 1829 |
| Habenaria repens Nutt., 1818 |
| Habenaria rodriguezii R. González & Lizb. Hern., 2010 |
| Habenaria rosilloana R. González, 1997 |
| Habenaria rosulifolia Espejo & López-Ferr., 2000 |
| Habenaria ruizii R. González, 1992 |
| Habenaria rzedowskiana R. González, 1978 |