| Habenaria rzedowskii R. González, 1997 |
| Habenaria santanae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria schaffneri S. Watson, 1888 |
| Habenaria sebastianensis R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria setifera Lindl., 1840 |
| Habenaria similis Dressler, 2000 |
| Habenaria socorroae R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria sparsiflora S. Watson, 1877 |
| Habenaria sparsiflora var. brevifolia (Greene) Correll, 1943 |
| Habenaria spathacea A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria spithamaea Schltr., 1918 |
| Habenaria stricta A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria strictissima Rchb. f., 1845 |
| Habenaria strictissima var. odontopetala (Rchb. f.) L.O. Williams, 1939 |
| Habenaria subauriculata B.L. Rob. & Greenm., 1896 |
| Habenaria szlachetkoana R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria talaensis R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria tamazulensis R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria tequilana R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria teresae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |