| Epidendrum equitans Lindl., 1838 |
| Epidendrum equitantifolium Ames, 1923 |
| Epidendrum erectifolium Hágsater & L. Sánchez, 1993 |
| Epidendrum erubescens Lindl., 1841 |
| Epidendrum eustirum Ames, F.T. Hubb. & C. Schweinf., 1935 |
| Epidendrum examinis S. Rosillo, 1984 |
| Epidendrum eximium L.O. Williams, 1941 |
| Epidendrum eximium var. amesianum (Correll) C. Schweinf., 1955 |
| Epidendrum falcatum Lindl., 1840 |
| Epidendrum falcatum var. zeledoniae Schltr., 1923 |
| Epidendrum favoris Rchb. f., 1874 |
| Epidendrum flabellatum Lindl., 1853 |
| Epidendrum flabelliforme Sw., 1788 |
| Epidendrum flavovirens Rchb. f., 1866 |
| Epidendrum flexuosum G. Mey., 1818 |
| Epidendrum floribundum Kunth, 1816 |
| Epidendrum formosum Klotzsch, 1853 |
| Epidendrum fragrans Sw., 1788 |
| Epidendrum fragrans var. megalanthum Lindl., 1849 |
| Epidendrum fragrans var. pachypus Schltr., 1922 |