| Epidendrum mayarum Hágsater, 2022 |
| Epidendrum melanocaulon (A. Rich. & Galeotti) Rchb. f., 1864 |
| Epidendrum meliosmum Rchb. f., 1869 |
| Epidendrum melistagoides Hágsater & L. Sánchez, 2008 |
| Epidendrum melistagum Hágsater, 1988 |
| Epidendrum mesocarpum Hágsater, 1999 |
| Epidendrum michuacanum Lex., 1825 |
| Epidendrum microbulbon Hook., 1841 |
| Epidendrum microcharis Rchb. f., 1870 |
| Epidendrum micropus Rchb. f., 1863 |
| Epidendrum miserum Lindl., 1841 |
| Epidendrum mixtecanum Hágsater & García-Cruz, 1993 |
| Epidendrum mixtum Schltr., 1912 |
| Epidendrum mocinoi Hágsater, 1999 |
| Epidendrum modestiflorum Schltr., 1923 |
| Epidendrum monanthum Steud., 1840 |
| Epidendrum motozintlensis Hágsater & L. Sánchez, 2008 |
| Epidendrum moyobambae Kraenzl., 1905 |
| Epidendrum myodes Rchb. f., 1866 |
| Epidendrum myrianthum Lindl., 1853 |