| Nitzschia sicula var. rostrata Hust., 1958 |
| Nitzschia sicula var. sicula (Castrac.) Hust., 1958 |
| Nitzschia sigma (Kütz.) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia sigma var. clausii (Hantzsch) Grunow, 1878 |
| Nitzschia sigma var. diminuta Grunow, 1881 |
| Nitzschia sigma var. geniuna Grunow, 1878 |
| Nitzschia sigma var. indica Karsten |
| Nitzschia sigma var. rigida Grunow ex Van Heurck, 1880 |
| Nitzschia sigma var. rigidula Grunow, 1881 |
| Nitzschia sigma var. sigma (Kütz.) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia sigmatiformis Hust., 1955 |
| Nitzschia sigmoidea (Nitzsch) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia silicula Hust., 1955 |
| Nitzschia sinuata (Thwaites) Grunow, 1880 |
| Nitzschia socialis W. Greg., 1857 |
| Nitzschia socialis var. massiliensis Grunow, 1880 |
| Nitzschia socialis var. socialis W. Greg., 1857 |
| Nitzschia spathulata W. Sm., 1853 |
| Nitzschia subfraudulenta G.R. Hasle, 1974 |
| Nitzschia subpacifica Hasle, 1965 |