| Nitzschia sigma var. diminuta Grunow, 1881 |
| Nitzschia sigma var. geniuna Grunow, 1878 |
| Nitzschia sigma var. indica Karsten |
| Nitzschia sigma var. rigida Grunow ex Van Heurck, 1880 |
| Nitzschia sigma var. rigidula Grunow, 1881 |
| Nitzschia sigma var. sigma (Kütz.) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia sigmatiformis Hust., 1955 |
| Nitzschia sigmoidea (Nitzsch) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia silicula Hust., 1955 |
| Nitzschia siliqua Archibald, 1966 |
| Nitzschia simplex Hust., 1956 |
| Nitzschia sinuata (Thwaites) Grunow, 1880 |
| Nitzschia sinuata var. tabellaria (Grunow) Grunow, 1881 |
| Nitzschia sociabilis Hust., 1957 |
| Nitzschia socialis W. Greg., 1857 |
| Nitzschia socialis var. massiliensis Grunow, 1880 |
| Nitzschia socialis var. socialis W. Greg., 1857 |
| Nitzschia solgensis Cleve-Euler, 1952 |
| Nitzschia solita Hust., 1953 |
| Nitzschia soratensis E. Morales & M.L.Vis, 2007 |