| Nitzschia reversa W. Sm., 1853 |
| Nitzschia rhopalodioides Hust., 1955 |
| Nitzschia robusta Hust., 1949 |
| Nitzschia romana Grunow, 1881 |
| Nitzschia romanoides Mangin, 1952 |
| Nitzschia rosenstockii Lange-Bert., 1980 |
| Nitzschia rostellata Hust., 1922 |
| Nitzschia scalaris (Ehrenb.) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia scaligera Grunow, 1880 |
| Nitzschia scalpelliformis Grunow, 1880 |
| Nitzschia semicostata Boyer, 1920 |
| Nitzschia semirobusta Lange-Bert., 1993 |
| Nitzschia seriata Cleve, 1883 |
| Nitzschia serpentiraphe Lange-Bert., 1993 |
| Nitzschia sicula (Castrac.) Hust., 1958 |
| Nitzschia sicula var. bicuneata (Grunow) Hasle, 1960 |
| Nitzschia sicula var. rostrata Hust., 1958 |
| Nitzschia sicula var. sicula (Castrac.) Hust., 1958 |
| Nitzschia sigma (Kütz.) W. Sm., 1853 |
| Nitzschia sigma var. clausii (Hantzsch) Grunow, 1878 |