| Neotoma tenuicauda Merriam, 1892 |
| Neotoma torquata Ward, 1891 |
| Neotoma tropicalis Goldman, 1904 |
| Neotoma varia Burt, 1932 |
| Neotoma venusta True, 1894 |
| Neotominae Merriam, 1894 |
| Neotomini |
| Neotomodon Merriam, 1898 |
| Neotomodon alstoni Merriam, 1898 |
| Neotomodon alstoni subsp. alstoni Merriam, 1898 |
| Neotomodon alstoni subsp. perotensis Merriam, 1898 |
| Neotomodon orizabae Merriam, 1898 |
| Neotomodon perotensis Merriam, 1898 |
| Nyctomyini |
| Nyctomys Saussure, 1860 |
| Nyctomys sumichrasti (Saussure, 1860) |
| Nyctomys sumichrasti subsp. colimensis Laurie, 1953 |
| Nyctomys sumichrasti subsp. pallidullus Goldman, 1937 |
| Nyctomys sumichrasti subsp. salvini (Tomes, 1862) |
| Nyctomys sumichrasti subsp. sumichrasti (Saussure, 1860) |